168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0124 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0124  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 298 aa  617  1e-176  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0778  TetR family transcriptional regulator  97.4 
 
 		 192 aa  383  1e-105  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1116  TetR family transcriptional regulator  50.27 
 
 		 184 aa  182  7e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3984  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 191 aa  102  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.567303 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1451  transcriptional regulator, TetR family  27.32 
 
 		 428 aa  75.1  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2940  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 188 aa  74.7  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.333542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1840  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 415 aa  71.2  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4107  transcriptional regulator  27.08 
 
 		 187 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.198218  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2192  transcriptional regulator, TetR family  29.67 
 
 		 191 aa  64.7  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47610  putative transcriptional regulator  27.17 
 
 		 186 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2783  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 187 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2114  TetR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 183 aa  61.2  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.328011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1884  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 189 aa  60.8  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.652086  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2620  TetR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 194 aa  58.9  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.727172  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5533  transcriptional regulator, TetR family  29.26 
 
 		 222 aa  57.4  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4859  transcriptional regulator, TetR family  29.82 
 
 		 186 aa  56.2  0.0000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.205859 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6061  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 191 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.660328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6105  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 201 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.93473  normal  0.666323 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5284  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 208 aa  55.8  0.0000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0597036  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1329  transcriptional regulator, TetR family  39.19 
 
 		 205 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.851315 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5697  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 227 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.949992  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20280  transcriptional regulator, TetR family  38.75 
 
 		 213 aa  54.3  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.612683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5991  TetR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 244 aa  55.1  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0553876 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1664  transcriptional regulator, TetR family  36.17 
 
 		 197 aa  53.5  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.294171  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0286  TetR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 177 aa  53.9  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.945519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6545  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 227 aa  53.5  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.129926 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5492  transcriptional regulator, TetR family  29.68 
 
 		 177 aa  53.5  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.56711 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0538  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 		 195 aa  53.1  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4711  transcriptional regulator, TetR family  52.83 
 
 		 186 aa  52.8  0.000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.492793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4342  regulatory protein TetR  52.83 
 
 		 186 aa  52.8  0.000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.525641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2686  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 181 aa  52.4  0.000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.39833  hitchhiker  0.00361312 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5866  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 236 aa  52.4  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0439  transcriptional regulator, TetR family  29.6 
 
 		 180 aa  51.6  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2511  transcriptional regulator, TetR family  25.86 
 
 		 172 aa  51.2  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 216 aa  50.4  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2157  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 187 aa  50.8  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.105803  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5248  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 178 aa  50.8  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4488  transcriptional regulator, TetR family  40.98 
 
 		 190 aa  50.1  0.00005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.14916  normal  0.0536152 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0052  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 188 aa  49.7  0.00006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.612692  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3701  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 178 aa  49.3  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.076632  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5162  TetR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 193 aa  49.3  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.186575 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0981  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 178 aa  49.3  0.00008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4211  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 178 aa  49.3  0.00009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.954356 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1114  transcriptional regulator, TetR family  40.74 
 
 		 186 aa  48.5  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.213128 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0870  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 		 186 aa  48.9  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.65823  normal  0.649746 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2560  putative transcription regulator protein  27.22 
 
 		 209 aa  47.8  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0102643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2482  transcriptional regulator, TetR family  27.03 
 
 		 230 aa  48.1  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1320  TetR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 203 aa  48.1  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.010897  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2838  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 183 aa  47.8  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3570  transcriptional regulator, TetR family  42 
 
 		 175 aa  47.8  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00083347  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0502  TetR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 221 aa  47.8  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2816  hypothetical protein  33.85 
 
 		 222 aa  47.4  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0366008  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2973  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 198 aa  47.4  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1836  transcriptional regulator, TetR family  32.37 
 
 		 207 aa  47  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0359893  normal  0.350648 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0041  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 192 aa  47  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0319  transcriptional regulator, TetR family  40.74 
 
 		 206 aa  47  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0919  TetR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 215 aa  47  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.563199 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0748  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 		 194 aa  47  0.0004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.866187  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1601  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 194 aa  46.6  0.0005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1553  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 194 aa  46.6  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8111  putative transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 168 aa  46.6  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1725  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 194 aa  46.6  0.0005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1775  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 194 aa  46.6  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1790  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 251 aa  46.6  0.0005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2329  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 186 aa  46.6  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.148714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  36.23 
 
 		 230 aa  46.2  0.0007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0763  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 183 aa  46.2  0.0007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.673415  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2360  regulatory protein, TetR  37.14 
 
 		 190 aa  46.2  0.0007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.173305 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1991  transcriptional regulator, TetR family  27.08 
 
 		 188 aa  45.8  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0361  TetR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 212 aa  45.8  0.0009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.23201  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5527  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 203 aa  45.4  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1798  TetR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 194 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7518  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 185 aa  45.4  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0880  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 181 aa  45.4  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 215 aa  45.8  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0069  transcriptional regulator, TetR family  26.04 
 
 		 219 aa  45.4  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3407  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 178 aa  45.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2413  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 195 aa  45.4  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.311533 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003766  predicted transcriptional regulator for fatty acid degradation FadQ TetR family  26.53 
 
 		 214 aa  45.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2362  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 179 aa  44.7  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2202  transcriptional regulator, TetR family  26.39 
 
 		 186 aa  44.3  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.243165 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 234 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2996  TetR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 237 aa  44.7  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 234 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1094  transcriptional regulator, TetR family  34.33 
 
 		 168 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0955  TetR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 218 aa  44.3  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3539  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 203 aa  44.3  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.318561 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2288  regulatory protein, TetR  38.55 
 
 		 205 aa  44.7  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1153  TetR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 189 aa  45.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.23421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3493  TetR family transcriptional regulator  42 
 
 		 222 aa  44.3  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  42 
 
 		 215 aa  43.9  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2657  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 213 aa  43.9  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3293  regulatory protein TetR  42.86 
 
 		 208 aa  44.3  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.147599  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0390  TetR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 230 aa  44.3  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1498  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 189 aa  44.3  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.437225  normal  0.170332 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1137  transcriptional regulator, TetR family  33.93 
 
 		 193 aa  43.9  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0366  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 232 aa  44.3  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.024079 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0414  TetR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 215 aa  43.9  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.462572  normal  0.0664832 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1844  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 242 aa  44.3  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000808903 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 213 aa  43.9  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>