More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_4488 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_4488  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 190 aa  371  1e-102  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.14916  normal  0.0536152 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0439  transcriptional regulator, TetR family  48.1 
 
 		 180 aa  135  3.0000000000000003e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3407  transcriptional regulator, TetR family  42.54 
 
 		 178 aa  121  7e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0763  TetR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 183 aa  118  7e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.673415  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0538  transcriptional regulator, TetR family  44.15 
 
 		 195 aa  115  3e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0880  transcriptional regulator, TetR family  41.94 
 
 		 181 aa  106  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02650  transcriptional regulator, tetR family  41.29 
 
 		 179 aa  102  2e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1114  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 186 aa  96.3  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.213128 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0052  transcriptional regulator, TetR family  32.39 
 
 		 188 aa  90.9  9e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.612692  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37450  transcriptional regulator  40.3 
 
 		 177 aa  90.5  1e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0726232  normal  0.587989 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2002  TetR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 183 aa  80.5  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.700466  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4211  transcriptional regulator, TetR family  32.34 
 
 		 178 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.954356 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0981  TetR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 178 aa  67.8  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2362  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 179 aa  67  0.0000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5248  transcriptional regulator, TetR family  63.64 
 
 		 178 aa  67  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1094  transcriptional regulator, TetR family  32.5 
 
 		 168 aa  64.7  0.0000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5284  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 208 aa  63.9  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0597036  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8111  putative transcriptional regulator, TetR family  32.6 
 
 		 168 aa  63.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2157  TetR family transcriptional regulator  54.1 
 
 		 187 aa  63.9  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.105803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0622  transcriptional regulator, TetR family  30.52 
 
 		 181 aa  63.5  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0041  TetR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 192 aa  63.5  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3009  transcriptional regulator, TetR family  30.37 
 
 		 187 aa  62.4  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2794  transcriptional regulator, TetR family  52.73 
 
 		 184 aa  60.8  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2838  transcriptional regulator, TetR family  32.5 
 
 		 183 aa  59.7  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3260  transcriptional regulator, TetR family  29.79 
 
 		 187 aa  60.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3570  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 175 aa  59.3  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00083347  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3701  TetR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 178 aa  58.9  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.076632  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0872  TetR family transcriptional regulator  23.12 
 
 		 190 aa  58.9  0.00000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.956466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4404  TetR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 199 aa  58.2  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0114676  normal  0.191291 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1498  TetR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 189 aa  57  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.437225  normal  0.170332 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1515  putative transcriptional regulator, TetR family  39.25 
 
 		 219 aa  57.8  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254086  hitchhiker  0.00363064 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0286  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 177 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.945519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0730  TetR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 187 aa  56.6  0.0000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2801  TetR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 189 aa  57  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2349  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 357 aa  56.2  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00426882  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2686  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 181 aa  56.2  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.39833  hitchhiker  0.00361312 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2511  transcriptional regulator, TetR family  52.83 
 
 		 172 aa  55.8  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1451  transcriptional regulator, TetR family  38.55 
 
 		 428 aa  55.8  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5533  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 222 aa  55.8  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2114  TetR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.328011  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2202  transcriptional regulator, TetR family  34.83 
 
 		 186 aa  55.5  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.243165 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2329  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 186 aa  54.7  0.0000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.148714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2152  transcriptional regulator, TetR family  44.23 
 
 		 185 aa  54.3  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  35.19 
 
 		 260 aa  54.3  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0827  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 179 aa  53.5  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.843783  normal  0.883408 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2783  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 187 aa  53.1  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3328  regulatory protein, TetR  28.34 
 
 		 187 aa  53.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6105  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 201 aa  53.1  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.93473  normal  0.666323 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3500  transcriptional regulator, TetR family  41.56 
 
 		 186 aa  52.8  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.711575  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5866  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 236 aa  52.8  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47610  putative transcriptional regulator  40.98 
 
 		 186 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4107  transcriptional regulator  40.98 
 
 		 187 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.198218  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5991  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 244 aa  52.4  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0553876 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  50.79 
 
 		 219 aa  52.4  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5492  transcriptional regulator, TetR family  43.75 
 
 		 177 aa  52.4  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.56711 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1153  TetR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 189 aa  52  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.23421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3347  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 187 aa  52  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.084846  normal  0.752924 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4711  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 186 aa  51.2  0.000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.492793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4342  regulatory protein TetR  50 
 
 		 186 aa  51.2  0.000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.525641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5527  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 203 aa  51.6  0.000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0778  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 192 aa  51.2  0.000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  39.29 
 
 		 211 aa  51.2  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 211 aa  51.2  0.000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  39.29 
 
 		 211 aa  51.2  0.000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  39.29 
 
 		 211 aa  51.2  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  39.29 
 
 		 211 aa  51.2  0.000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  39.29 
 
 		 211 aa  51.2  0.000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1840  transcriptional regulator, TetR family  38.67 
 
 		 415 aa  51.2  0.000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  39.29 
 
 		 211 aa  51.2  0.000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 211 aa  50.4  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3888  transcriptional regulator, TetR family  32.43 
 
 		 206 aa  50.4  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.693202 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  32.79 
 
 		 280 aa  50.8  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1991  transcriptional regulator, TetR family  37.68 
 
 		 188 aa  50.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1067  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 		 212 aa  50.8  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.530116 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5257  transcriptional regulator, TetR family  45.28 
 
 		 194 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.570583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 238 aa  49.7  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4803  transcriptional regulator, TetR family  35.43 
 
 		 193 aa  50.1  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.539659  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0124  transcriptional regulator, TetR family  40.98 
 
 		 298 aa  50.1  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1985  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 206 aa  50.1  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5697  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 227 aa  49.7  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.949992  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2620  TetR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 194 aa  50.1  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.727172  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6061  TetR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 191 aa  49.7  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.660328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2205  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 202 aa  50.1  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.270822 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01587  DNA-binding transcriptional repressor  36.76 
 
 		 196 aa  49.3  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2012  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 196 aa  49.3  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.952906  normal  0.615913 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1826  transcriptional regulator UidR  36.76 
 
 		 196 aa  49.3  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01577  hypothetical protein  36.76 
 
 		 196 aa  49.3  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.98021  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1805  transcriptional regulator UidR  36.76 
 
 		 196 aa  49.3  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.947665  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1693  transcriptional regulator UidR  36.76 
 
 		 196 aa  49.3  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1049  TetR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 230 aa  49.7  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0599696  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4859  transcriptional regulator, TetR family  48 
 
 		 186 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.205859 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2024  transcriptional regulator, TetR family  36.76 
 
 		 192 aa  49.3  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.180766  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2330  transcriptional regulator UidR  36.76 
 
 		 195 aa  49.3  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1581  transcriptional regulator UidR  36.76 
 
 		 192 aa  49.3  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2113  transcriptional regulator, TetR family  30.67 
 
 		 182 aa  49.3  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1320  TetR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 203 aa  49.3  0.00004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.010897  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6913  putative transcriptional regulator, TetR family  44.23 
 
 		 183 aa  48.9  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.128918  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1601  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 194 aa  48.5  0.00005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1775  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 194 aa  48.5  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>