106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2288 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_2288  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 205 aa  408  1e-113  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2413  TetR family transcriptional regulator  78.87 
 
 		 195 aa  308  4e-83  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.311533 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5749  transcriptional regulator, TetR family  47.4 
 
 		 193 aa  122  5e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.808729 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2686  transcriptional regulator, TetR family  40.82 
 
 		 196 aa  99.8  3e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3382  putative transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 202 aa  85.1  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.60132 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23720  transcriptional regulator, tetR family  37.64 
 
 		 192 aa  84.3  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.232738 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7011  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 190 aa  80.9  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0394296  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2860  regulatory protein, TetR  28.72 
 
 		 217 aa  63.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.409771 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3046  TetR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 199 aa  52  0.000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  25.77 
 
 		 215 aa  52  0.000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4357  regulatory protein TetR  28.14 
 
 		 201 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3234  transcriptional regulator, TetR family  24.36 
 
 		 191 aa  51.2  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1756  transcriptional regulator, TetR family  31.98 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000229906 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 195 aa  50.1  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.98 
 
 		 210 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 210 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  26.98 
 
 		 210 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 236 aa  49.3  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 210 aa  49.3  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 217 aa  49.3  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  26.98 
 
 		 236 aa  49.3  0.00004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  26.98 
 
 		 210 aa  49.3  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556415 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4180  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 204 aa  48.9  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0804485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0896  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 186 aa  48.9  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.678038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0143  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 202 aa  48.1  0.00008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  26.46 
 
 		 210 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0391  TetR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 206 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.799275  normal  0.207381 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3984  transcriptional regulator, TetR family protein  27.36 
 
 		 211 aa  47.8  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4185  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 203 aa  47.8  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1233  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 236 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0636137  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1028  transcriptional regulator, TetR family  28.12 
 
 		 189 aa  47.8  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3984  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 191 aa  47  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.567303 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4423  regulatory protein TetR  32.61 
 
 		 223 aa  46.6  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310024  normal  0.345836 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27500  transcriptional regulator  30.43 
 
 		 214 aa  47  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0174  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 203 aa  46.2  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4083  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 203 aa  46.6  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3293  regulatory protein TetR  37.93 
 
 		 208 aa  46.2  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.147599  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3410  TetR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 196 aa  46.2  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000655293  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0170  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 203 aa  46.2  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0301  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 		 199 aa  46.2  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0864199  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1059  TetR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 212 aa  45.4  0.0005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.659814 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0778  TetR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 192 aa  45.8  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0744  TetR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 217 aa  45.8  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3546  TetR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 203 aa  45.4  0.0005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2878  TetR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 202 aa  45.4  0.0006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5463  transcriptional regulator, TetR family  34.72 
 
 		 212 aa  45.4  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 211 aa  45.4  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 211 aa  45.4  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1146  TetR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 216 aa  45.1  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  24.12 
 
 		 211 aa  45.1  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1666  transcriptional regulator, TetR family  23.12 
 
 		 209 aa  45.1  0.0008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.40268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2619  transcriptional regulator, TetR family  40.68 
 
 		 221 aa  45.1  0.0008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  24.12 
 
 		 211 aa  44.7  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0658  TetR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 195 aa  44.3  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.609022  normal  0.929409 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0087  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 211 aa  43.9  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0096  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 211 aa  43.9  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0589326 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0077  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 211 aa  44.3  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3714  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 212 aa  44.3  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0124  transcriptional regulator, TetR family  38.55 
 
 		 298 aa  44.7  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1834  transcriptional regulator, TetR family  36.51 
 
 		 196 aa  44.3  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.353647 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 211 aa  44.3  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17710  transcriptional regulator  27 
 
 		 203 aa  44.7  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0632938  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3739  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 210 aa  43.9  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.461772  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47610  putative transcriptional regulator  35.21 
 
 		 186 aa  43.9  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2986  regulatory protein, TetR  42.59 
 
 		 241 aa  43.5  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3812  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 210 aa  43.9  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.246252 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3751  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 210 aa  43.9  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4107  transcriptional regulator  35.21 
 
 		 187 aa  43.9  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.198218  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5116  TetR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 207 aa  43.1  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1283  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 199 aa  43.5  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.255686  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0039  transcriptional regulator, TetR family  39.06 
 
 		 228 aa  43.5  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618128  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2314  transcriptional regulator, TetR family  23.12 
 
 		 213 aa  43.5  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.251224 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3004  regulatory protein TetR  41.82 
 
 		 230 aa  43.9  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.587932  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0193  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 203 aa  43.1  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 205 aa  43.1  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3709  TetR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 205 aa  43.1  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4204  TetR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 213 aa  43.1  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0286  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 177 aa  43.1  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.945519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5677  regulatory protein  28.57 
 
 		 201 aa  43.1  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.106455  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0520  transcriptional regulator, TetR family  23.43 
 
 		 197 aa  43.1  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.711752  normal  0.521102 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1434  transcriptional regulator, TetR family  32.46 
 
 		 185 aa  43.1  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3341  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 196 aa  42.7  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26580  transcriptional regulator, TetR family  23.16 
 
 		 205 aa  42.4  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0994293 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2504  putative transcriptional regulator, TetR family  37.29 
 
 		 188 aa  42.7  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.228654 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1191  TetR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 219 aa  42.4  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00105223  normal  0.516093 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3449  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 209 aa  42.4  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1142  transcriptional regulator, TetR family  42.31 
 
 		 260 aa  42.4  0.005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1901  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 201 aa  42  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.665453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1747  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 221 aa  42  0.006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0873  TetR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 196 aa  42  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.682179 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1884  TetR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 189 aa  42  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.652086  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0223  transcriptional regulator, TetR family  24.28 
 
 		 195 aa  42  0.006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000853805  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15250  transcriptional regulator, tetR family  27.03 
 
 		 218 aa  42  0.006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.110377  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20280  transcriptional regulator, TetR family  40.35 
 
 		 213 aa  42  0.006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.612683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4603  regulatory protein TetR  26.49 
 
 		 211 aa  42  0.006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.204139  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3310  transcriptional regulator, TetR family  26.44 
 
 		 205 aa  42  0.006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0639272  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2606  transcriptional regulator, TetR family  24.1 
 
 		 209 aa  41.6  0.007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.417971  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0602  transcriptional regulator, TetR family  26 
 
 		 209 aa  41.6  0.007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4343  regulatory protein TetR  31.63 
 
 		 196 aa  42  0.007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>