More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5677 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5677  regulatory protein  100 
 
 		 201 aa  410  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.106455  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3587  TetR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 208 aa  101  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3397  TetR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 222 aa  96.7  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.15089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1027  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 210 aa  92  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 210 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 210 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4336  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 210 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.426629 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 216 aa  89.7  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0374  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 215 aa  89.7  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.120665  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 210 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0319  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 206 aa  87.8  9e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4830  transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 		 226 aa  87  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.456248  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0824  TetR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 206 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0290  TetR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 209 aa  85.9  4e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.547414  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0304  TetR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 209 aa  85.9  4e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661097  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4006  regulatory protein, TetR  29.57 
 
 		 219 aa  85.5  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722695  normal  0.0616898 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 223 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1569  putative transcriptional regulator  32.52 
 
 		 212 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18080  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 212 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0502  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 221 aa  80.9  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3715  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 208 aa  80.9  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10080  Transcriptional regulator, TetR family  32.5 
 
 		 217 aa  81.3  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.530554  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2888  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.465905  normal  0.0499957 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  27.98 
 
 		 216 aa  78.6  0.00000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0947  TetR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 205 aa  79  0.00000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0946183  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3206  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  29.48 
 
 		 218 aa  78.2  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3066  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  29.48 
 
 		 218 aa  78.2  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.283852  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2881  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  29.48 
 
 		 218 aa  78.2  0.00000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.531949 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0012  putative AcrAB operon repressor transcription regulator protein  30.05 
 
 		 219 aa  77.8  0.00000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.0464367 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30 
 
 		 217 aa  76.6  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3587  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 242 aa  76.6  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0521  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.37 
 
 		 217 aa  75.9  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0327711  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  27.72 
 
 		 215 aa  75.5  0.0000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  27.72 
 
 		 215 aa  75.5  0.0000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 		 215 aa  75.5  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0507  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  27.72 
 
 		 215 aa  75.5  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  27.72 
 
 		 215 aa  75.5  0.0000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  27.72 
 
 		 215 aa  75.5  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  27.72 
 
 		 215 aa  75.5  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  27.72 
 
 		 215 aa  75.5  0.0000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3714  TetR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 212 aa  75.1  0.0000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  27.72 
 
 		 215 aa  75.1  0.0000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3744  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 223 aa  75.1  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3421  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 223 aa  74.7  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 211 aa  74.7  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1594  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 210 aa  74.7  0.0000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000148614  unclonable  0.000000209189 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3439  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 239 aa  73.9  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.62 
 
 		 217 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0537  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.62 
 
 		 217 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0518  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.62 
 
 		 217 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35266  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0580  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.62 
 
 		 217 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0809226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0390  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 230 aa  73.9  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3259  transcriptional regulator, TetR family  31.35 
 
 		 219 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 238 aa  72.8  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0707  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 219 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.06 
 
 		 227 aa  72  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3469  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 219 aa  71.2  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.930137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 261 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0324  TetR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 203 aa  70.1  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.720161 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2530  TetR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 213 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.704068 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2657  TetR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 213 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  27.17 
 
 		 212 aa  68.6  0.00000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  29.63 
 
 		 211 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  29.63 
 
 		 211 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  29.63 
 
 		 211 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 211 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  29.63 
 
 		 211 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 211 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  29.63 
 
 		 211 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  29.63 
 
 		 211 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2034  TetR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 228 aa  64.7  0.0000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.743283  decreased coverage  0.000716409 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3703  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  26.67 
 
 		 215 aa  64.3  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83778 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0972  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 233 aa  64.3  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.93446  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 210 aa  64.3  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1410  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 228 aa  64.3  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.398203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2537  TetR family transcriptional regulator  45 
 
 		 87 aa  63.5  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0693  TetR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 207 aa  63.5  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000831417  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.04 
 
 		 213 aa  63.2  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2159  TetR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 202 aa  62.8  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3240  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  25.27 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 231 aa  62  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3493  TetR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 211 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729173  normal  0.75311 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0571  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.530829  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5697  TetR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 227 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.949992  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6545  TetR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 227 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.129926 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6061  TetR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 191 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.660328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1636  TetR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 200 aa  59.7  0.00000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 199 aa  59.7  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2408  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 192 aa  58.9  0.00000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0238  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 191 aa  58.2  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5866  TetR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 236 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6105  TetR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 201 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.93473  normal  0.666323 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4863  transcriptional regulator, TetR family  40.3 
 
 		 209 aa  57.4  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3647  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  23.53 
 
 		 220 aa  56.6  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0126984  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5867  TetR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 193 aa  56.6  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0832592  normal  0.676846 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>