More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4830 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4830  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 226 aa  458  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.456248  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2034  TetR family transcriptional regulator  58.56 
 
 		 228 aa  247  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.743283  decreased coverage  0.000716409 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2888  TetR family transcriptional regulator  56.05 
 
 		 231 aa  244  6.999999999999999e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.465905  normal  0.0499957 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  54.11 
 
 		 216 aa  204  1e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0319  transcriptional regulator, TetR family  48.79 
 
 		 206 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0390  TetR family transcriptional regulator  50.24 
 
 		 230 aa  182  5.0000000000000004e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0502  TetR family transcriptional regulator  46.19 
 
 		 221 aa  167  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0324  TetR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 203 aa  165  5.9999999999999996e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.720161 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3714  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 212 aa  149  4e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3587  TetR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 242 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3715  TetR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 208 aa  146  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  40.57 
 
 		 211 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  40.57 
 
 		 211 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 211 aa  145  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  40.57 
 
 		 211 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 211 aa  146  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 211 aa  145  5e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  40.57 
 
 		 211 aa  145  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  40.57 
 
 		 211 aa  145  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  40.57 
 
 		 211 aa  145  5e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3439  TetR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 239 aa  142  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 261 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 234 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 234 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2530  TetR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 213 aa  138  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.704068 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 213 aa  138  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2657  TetR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 213 aa  138  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 213 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 210 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3744  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 223 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0707  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 219 aa  134  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3421  transcriptional regulator, TetR family  37.38 
 
 		 223 aa  134  8e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288907  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0012  putative AcrAB operon repressor transcription regulator protein  39.68 
 
 		 219 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.0464367 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3259  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 		 219 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  37.44 
 
 		 217 aa  132  5e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  35.65 
 
 		 223 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0824  TetR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 206 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4006  regulatory protein, TetR  34.55 
 
 		 219 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722695  normal  0.0616898 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  38.58 
 
 		 215 aa  128  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  38.58 
 
 		 215 aa  128  7.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0507  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.58 
 
 		 215 aa  128  7.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.58 
 
 		 215 aa  128  7.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  38.58 
 
 		 215 aa  128  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.58 
 
 		 215 aa  128  7.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.58 
 
 		 215 aa  128  7.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.58 
 
 		 215 aa  128  7.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.58 
 
 		 215 aa  128  7.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0521  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.07 
 
 		 217 aa  127  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0327711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0537  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.07 
 
 		 217 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1569  putative transcriptional regulator  41.88 
 
 		 212 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0580  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.07 
 
 		 217 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0809226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.07 
 
 		 217 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1027  TetR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 210 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18080  TetR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 212 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0518  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.07 
 
 		 217 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35266  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0290  TetR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 209 aa  122  4e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.547414  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0304  TetR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 209 aa  122  4e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661097  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 212 aa  121  8e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 210 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4336  TetR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 210 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.426629 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 210 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  35.94 
 
 		 213 aa  118  7.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0947  TetR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 205 aa  115  5e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0946183  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  35.45 
 
 		 216 aa  115  5e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0374  TetR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 215 aa  115  6e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.120665  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.19 
 
 		 227 aa  114  7.999999999999999e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3240  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  35.94 
 
 		 213 aa  114  8.999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3066  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.32 
 
 		 218 aa  112  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.283852  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3206  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.32 
 
 		 218 aa  112  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2881  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.32 
 
 		 218 aa  112  4.0000000000000004e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.531949 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3397  TetR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 222 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.15089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10080  Transcriptional regulator, TetR family  33.51 
 
 		 217 aa  107  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.530554  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0693  TetR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 207 aa  105  4e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000831417  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2159  TetR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 205 aa  104  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1410  TetR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 228 aa  103  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.398203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1594  TetR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 210 aa  102  5e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000148614  unclonable  0.000000209189 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3703  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  31.63 
 
 		 215 aa  101  7e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83778 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3587  TetR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 208 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3469  transcriptional regulator, TetR family  30.2 
 
 		 219 aa  100  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.930137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 238 aa  98.2  8e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3653  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  32.12 
 
 		 220 aa  95.1  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.451581 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  32.12 
 
 		 220 aa  95.1  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 202 aa  94.4  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3750  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  32.12 
 
 		 220 aa  94.4  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.833551 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3580  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  32.12 
 
 		 220 aa  94.4  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.344721  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5677  regulatory protein  31.55 
 
 		 201 aa  92.8  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.106455  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3493  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 211 aa  91.3  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729173  normal  0.75311 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3687  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  31.61 
 
 		 220 aa  91.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0386851 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3559  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  31.19 
 
 		 220 aa  88.6  7e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00735263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3647  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  30.53 
 
 		 220 aa  87.8  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0126984  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03122  DNA-binding transcriptional regulator  30.85 
 
 		 220 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889925  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0442  transcriptional regulator, TetR family  30.85 
 
 		 220 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.671353  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3457  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  30.85 
 
 		 220 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000315342  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3749  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  30.85 
 
 		 220 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000431628  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0442  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  30.85 
 
 		 220 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.114804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  30.85 
 
 		 220 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00305215  normal  0.159786 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03073  hypothetical protein  30.85 
 
 		 220 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.807649  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2446  regulator AmrR  37.12 
 
 		 209 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.584689  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2537  TetR family transcriptional regulator  49.3 
 
 		 87 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0578  TetR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 204 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.209309 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>