More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C0578 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007953  Bxe_C0578  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 204 aa  409  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.209309 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3493  TetR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 211 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729173  normal  0.75311 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1196  TetR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 235 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0270816  normal  0.528782 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 213 aa  94.7  8e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 234 aa  94.4  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 213 aa  94.4  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 234 aa  94.4  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  33.17 
 
 		 211 aa  92  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  33.17 
 
 		 211 aa  92  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  33.17 
 
 		 211 aa  92  5e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 261 aa  91.7  7e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 211 aa  91.7  7e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  34.55 
 
 		 211 aa  91.7  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  34.55 
 
 		 211 aa  91.7  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 211 aa  91.7  8e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  34.55 
 
 		 211 aa  91.7  8e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2530  TetR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 213 aa  90.9  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.704068 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2657  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 213 aa  89.7  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0707  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 219 aa  89  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 211 aa  85.1  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3744  transcriptional regulator, TetR family  32.34 
 
 		 223 aa  85.1  6e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3714  TetR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 212 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3259  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 219 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2888  TetR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.465905  normal  0.0499957 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3421  transcriptional regulator, TetR family  31.14 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288907  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0012  putative AcrAB operon repressor transcription regulator protein  32.34 
 
 		 219 aa  82  0.000000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.0464367 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 210 aa  78.6  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3469  transcriptional regulator, TetR family  35.03 
 
 		 219 aa  78.6  0.00000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.930137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2034  TetR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 228 aa  78.2  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.743283  decreased coverage  0.000716409 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3439  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 239 aa  77  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4830  transcriptional regulator, TetR family  56.06 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.456248  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0319  transcriptional regulator, TetR family  34.71 
 
 		 206 aa  76.3  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 216 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0390  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 230 aa  74.7  0.0000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3587  TetR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 242 aa  73.9  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3715  TetR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 208 aa  73.6  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 212 aa  72.4  0.000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0824  TetR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 206 aa  71.2  0.000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.7 
 
 		 227 aa  70.9  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0693  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 207 aa  70.5  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000831417  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0947  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 205 aa  70.5  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0946183  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  32.94 
 
 		 223 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0502  TetR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 221 aa  69.3  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4006  regulatory protein, TetR  33.53 
 
 		 219 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722695  normal  0.0616898 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18080  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 212 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 238 aa  68.9  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1569  putative transcriptional regulator  41.51 
 
 		 212 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3206  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.62 
 
 		 218 aa  67.4  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3066  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.62 
 
 		 218 aa  67.4  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.283852  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2881  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.62 
 
 		 218 aa  67.4  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.531949 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3653  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  26.96 
 
 		 220 aa  67  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.451581 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  29.76 
 
 		 213 aa  67  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1594  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 210 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000148614  unclonable  0.000000209189 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  26.96 
 
 		 220 aa  66.2  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3750  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  26.96 
 
 		 220 aa  66.2  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.833551 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3580  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  26.96 
 
 		 220 aa  66.2  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.344721  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3687  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  26.96 
 
 		 220 aa  65.1  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0386851 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3647  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  26.15 
 
 		 220 aa  63.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0126984  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  29.14 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3240  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.05 
 
 		 213 aa  63.9  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3559  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  28.57 
 
 		 220 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00735263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0324  TetR family transcriptional regulator  40.18 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.720161 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03122  DNA-binding transcriptional regulator  26.15 
 
 		 220 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889925  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0442  transcriptional regulator, TetR family  26.15 
 
 		 220 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.671353  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  26.15 
 
 		 220 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00305215  normal  0.159786 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0442  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  26.15 
 
 		 220 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.114804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3749  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  26.15 
 
 		 220 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000431628  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3457  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  26.15 
 
 		 220 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000315342  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 190 aa  62.8  0.000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03073  hypothetical protein  26.15 
 
 		 220 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.807649  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3587  TetR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 208 aa  62  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2159  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 205 aa  60.8  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4336  TetR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.426629 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 190 aa  60.8  0.00000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1362  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0518  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.42 
 
 		 217 aa  59.7  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35266  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.42 
 
 		 217 aa  59.7  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0521  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.42 
 
 		 217 aa  59.7  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0327711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0537  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.42 
 
 		 217 aa  59.7  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0580  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.42 
 
 		 217 aa  59.7  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0809226  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0290  TetR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.547414  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  42.17 
 
 		 217 aa  58.9  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0304  TetR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661097  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0513  transcriptional regulator, TetR family  47.5 
 
 		 193 aa  58.9  0.00000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.826847 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10080  Transcriptional regulator, TetR family  55.77 
 
 		 217 aa  58.9  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.530554  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3397  TetR family transcriptional regulator  54.24 
 
 		 222 aa  58.5  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.15089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3703  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  27.08 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83778 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1027  TetR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  36.08 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2446  regulator AmrR  32.18 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.584689  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  27.18 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  39.76 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  39.76 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0507  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.76 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.76 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.76 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3314  TetR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>