More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A3653 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011094  SeSA_A3581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  99.55 
 
 
220 aa  457  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3653  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  100 
 
 
220 aa  458  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.451581 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3750  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  99.09 
 
 
220 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.833551 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3687  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  98.64 
 
 
220 aa  453  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0386851 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3580  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  99.09 
 
 
220 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.344721  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3647  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  68.25 
 
 
220 aa  306  1.0000000000000001e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0126984  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03122  DNA-binding transcriptional regulator  68.25 
 
 
220 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889925  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0442  transcriptional regulator, TetR family  68.25 
 
 
220 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.671353  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0442  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  68.25 
 
 
220 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.114804  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03073  hypothetical protein  68.25 
 
 
220 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.807649  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3457  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  68.25 
 
 
220 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000315342  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  68.25 
 
 
220 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00305215  normal  0.159786 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3749  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  68.25 
 
 
220 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000431628  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3559  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  68.25 
 
 
220 aa  304  6e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00735263  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3703  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  56.93 
 
 
215 aa  246  2e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.83778 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  41.2 
 
 
227 aa  160  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3066  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40.09 
 
 
218 aa  160  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.283852  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2881  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40.09 
 
 
218 aa  160  1e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.531949 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3206  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40.09 
 
 
218 aa  160  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0521  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.6 
 
 
217 aa  148  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0327711  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0580  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.6 
 
 
217 aa  148  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0809226  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0537  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.6 
 
 
217 aa  148  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355505  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.6 
 
 
217 aa  148  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0518  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.6 
 
 
217 aa  148  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35266  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  37.8 
 
 
212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  38.36 
 
 
215 aa  146  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  38.36 
 
 
215 aa  146  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.36 
 
 
215 aa  146  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.36 
 
 
215 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  37.91 
 
 
213 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.36 
 
 
215 aa  146  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.36 
 
 
215 aa  146  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  37.62 
 
 
217 aa  146  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0507  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.36 
 
 
215 aa  146  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  38.36 
 
 
215 aa  146  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3240  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  37.62 
 
 
213 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.36 
 
 
215 aa  146  3e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.97 
 
 
216 aa  140  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3714  TetR family transcriptional regulator  37.2 
 
 
212 aa  122  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
210 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3439  TetR family transcriptional regulator  30.84 
 
 
239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10080  Transcriptional regulator, TetR family  33 
 
 
217 aa  114  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.530554  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  35.24 
 
 
223 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3587  TetR family transcriptional regulator  30.84 
 
 
242 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1027  TetR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
210 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4006  regulatory protein, TetR  35.47 
 
 
219 aa  109  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722695  normal  0.0616898 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4336  TetR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
210 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.426629 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
210 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0947  TetR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
205 aa  105  6e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0946183  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
210 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1569  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 
212 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3421  transcriptional regulator, TetR family  31.28 
 
 
223 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288907  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  34.88 
 
 
211 aa  102  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  34.88 
 
 
211 aa  102  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  34.88 
 
 
211 aa  102  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
211 aa  101  8e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  34.58 
 
 
211 aa  101  8e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  34.58 
 
 
211 aa  101  8e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  34.58 
 
 
211 aa  101  8e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18080  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
212 aa  101  8e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  33.97 
 
 
213 aa  101  9e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  33.97 
 
 
234 aa  101  9e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  33.97 
 
 
234 aa  101  9e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0012  putative AcrAB operon repressor transcription regulator protein  30.7 
 
 
219 aa  100  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.0464367 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3744  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 
223 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  35.58 
 
 
211 aa  100  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
211 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2530  TetR family transcriptional regulator  33.49 
 
 
213 aa  98.6  7e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.704068 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2657  TetR family transcriptional regulator  33.49 
 
 
213 aa  98.2  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
261 aa  97.1  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
213 aa  97.4  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0390  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 
230 aa  95.5  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
238 aa  94  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0707  TetR family transcriptional regulator  30.7 
 
 
219 aa  92.4  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
216 aa  91.3  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0824  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 
206 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2888  TetR family transcriptional regulator  28.96 
 
 
231 aa  89.4  4e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.465905  normal  0.0499957 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3259  transcriptional regulator, TetR family  29.82 
 
 
219 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147915  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4830  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 
226 aa  86.7  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.456248  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0290  TetR family transcriptional regulator  28.44 
 
 
209 aa  85.9  4e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.547414  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0304  TetR family transcriptional regulator  28.44 
 
 
209 aa  85.9  4e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661097  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0693  TetR family transcriptional regulator  31.13 
 
 
207 aa  85.1  8e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000831417  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2034  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
228 aa  84.3  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.743283  decreased coverage  0.000716409 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0324  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
203 aa  82  0.000000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.720161 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0374  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
215 aa  81.6  0.000000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.120665  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
202 aa  80.5  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1410  TetR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
228 aa  80.5  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.398203  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3469  transcriptional regulator, TetR family  28.1 
 
 
219 aa  79.7  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.930137  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0319  transcriptional regulator, TetR family  27.62 
 
 
206 aa  79.7  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3715  TetR family transcriptional regulator  36.8 
 
 
208 aa  79  0.00000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1594  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 
210 aa  78.6  0.00000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000148614  unclonable  0.000000209189 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3397  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 
222 aa  77.4  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.15089  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2159  TetR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
205 aa  75.9  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2537  TetR family transcriptional regulator  54.84 
 
 
87 aa  75.5  0.0000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0502  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
221 aa  74.3  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1362  TetR family transcriptional regulator  29.74 
 
 
211 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0578  TetR family transcriptional regulator  26.96 
 
 
204 aa  67  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.209309 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1141  TetR family transcriptional regulator  26.43 
 
 
215 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.412477  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1621  TetR family transcriptional regulator  26.43 
 
 
215 aa  62  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38380  putative transcriptional regulator  29.57 
 
 
210 aa  61.6  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0126427 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>