More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5866 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5866  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
236 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6105  TetR family transcriptional regulator  98.01 
 
 
201 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.93473  normal  0.666323 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6545  TetR family transcriptional regulator  81.42 
 
 
227 aa  351  7e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.129926 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5697  TetR family transcriptional regulator  79.65 
 
 
227 aa  338  4e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.949992  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6061  TetR family transcriptional regulator  87.83 
 
 
191 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.660328  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5991  TetR family transcriptional regulator  81.82 
 
 
244 aa  322  3e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0553876 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7518  TetR family transcriptional regulator  83.89 
 
 
185 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4404  TetR family transcriptional regulator  35.98 
 
 
199 aa  115  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0114676  normal  0.191291 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2329  TetR family transcriptional regulator  38.25 
 
 
186 aa  111  8.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.148714  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3260  transcriptional regulator, TetR family  35.91 
 
 
187 aa  97.8  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3009  transcriptional regulator, TetR family  35.91 
 
 
187 aa  95.5  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0730  TetR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
187 aa  90.5  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0041  TetR family transcriptional regulator  34.94 
 
 
192 aa  89.7  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0872  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
190 aa  90.1  3e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.956466  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0981  TetR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
178 aa  89  6e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4211  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 
178 aa  85.5  6e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.954356 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3328  regulatory protein, TetR  32.63 
 
 
187 aa  85.5  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1094  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 
168 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1991  transcriptional regulator, TetR family  34.36 
 
 
188 aa  83.6  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5284  TetR family transcriptional regulator  37.43 
 
 
208 aa  83.2  0.000000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0597036  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2202  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 
186 aa  82.8  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.243165 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2349  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 
357 aa  79.7  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00426882  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13730  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 
181 aa  79.3  0.00000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.839534  normal  0.161793 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1067  transcriptional regulator, TetR family  36.47 
 
 
212 aa  79  0.00000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.530116 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2113  transcriptional regulator, TetR family  33.89 
 
 
182 aa  78.2  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2786  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 
190 aa  74.7  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.06199  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2002  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 
183 aa  74.3  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.700466  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0827  transcriptional regulator, TetR family  29.12 
 
 
179 aa  74.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.843783  normal  0.883408 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4974  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 
186 aa  73.2  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0603654 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4428  transcriptional regulator, TetR family  35.68 
 
 
187 aa  73.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.89429  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2362  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
179 aa  72.4  0.000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1320  TetR family transcriptional regulator  35.83 
 
 
203 aa  71.2  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.010897  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3570  transcriptional regulator, TetR family  36.67 
 
 
175 aa  68.9  0.00000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00083347  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8111  putative transcriptional regulator, TetR family  33.97 
 
 
168 aa  67  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5494  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.769028  normal  0.39499 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0622  transcriptional regulator, TetR family  28.95 
 
 
181 aa  62.8  0.000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2794  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 
184 aa  62  0.000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2152  transcriptional regulator, TetR family  28.07 
 
 
185 aa  61.6  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1884  TetR family transcriptional regulator  43.94 
 
 
189 aa  61.6  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.652086  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5248  transcriptional regulator, TetR family  44.83 
 
 
178 aa  60.8  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4803  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 
193 aa  60.1  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.539659  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5677  regulatory protein  45.33 
 
 
201 aa  58.2  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.106455  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2360  regulatory protein, TetR  31.89 
 
 
190 aa  57  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.173305 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2511  transcriptional regulator, TetR family  30.21 
 
 
172 aa  57.4  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2025  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 
196 aa  57.4  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0232401  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
238 aa  57  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2157  TetR family transcriptional regulator  39.76 
 
 
187 aa  57  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.105803  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3984  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
191 aa  56.6  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.567303 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0886  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
231 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2620  TetR family transcriptional regulator  45.9 
 
 
194 aa  57  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.727172  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2838  transcriptional regulator, TetR family  34.41 
 
 
183 aa  56.2  0.0000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  36.7 
 
 
196 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0439  transcriptional regulator, TetR family  34.81 
 
 
180 aa  55.8  0.0000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4107  transcriptional regulator  50.98 
 
 
187 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.198218  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47610  putative transcriptional regulator  50.98 
 
 
186 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
261 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2530  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 
213 aa  54.7  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.704068 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  34.32 
 
 
218 aa  55.1  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4571  transcriptional regulator, TetR family  35.06 
 
 
231 aa  55.1  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
213 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
234 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2657  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
213 aa  54.7  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
234 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1090  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
188 aa  53.9  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 
210 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2801  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 
189 aa  53.9  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5941  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
213 aa  54.3  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1196  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
235 aa  53.9  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0270816  normal  0.528782 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0052  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 
188 aa  53.5  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.612692  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1498  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 
189 aa  53.9  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.437225  normal  0.170332 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1051  TetR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
188 aa  53.5  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4572  TetR family transcriptional regulator  39.47 
 
 
234 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.224675 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4336  TetR family transcriptional regulator  47.62 
 
 
210 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.426629 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0953  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 
184 aa  53.5  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.712721  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1828  regulatory protein TetR  38.33 
 
 
207 aa  53.1  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.790266  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  47.62 
 
 
210 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0824  TetR family transcriptional regulator  41.27 
 
 
206 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3290  transcriptional regulator, TetR family  33.02 
 
 
225 aa  53.5  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.413178  normal  0.0802991 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  47.62 
 
 
210 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3960  TetR family transcriptional regulator  38.74 
 
 
201 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110455  normal  0.471806 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4488  transcriptional regulator, TetR family  30.89 
 
 
190 aa  52.8  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.14916  normal  0.0536152 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1866  TetR family transcriptional regulator  38.74 
 
 
201 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3094  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 
237 aa  53.1  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1329  transcriptional regulator, TetR family  41.54 
 
 
205 aa  53.1  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.851315 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5273  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 
237 aa  53.1  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.461714  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2686  TetR family transcriptional regulator  30.49 
 
 
181 aa  53.1  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.39833  hitchhiker  0.00361312 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1515  putative transcriptional regulator, TetR family  43.55 
 
 
219 aa  52.8  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254086  hitchhiker  0.00363064 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1114  transcriptional regulator, TetR family  35.63 
 
 
186 aa  52.4  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.213128 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4995  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 
224 aa  52.8  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.11542  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10440  transcriptional regulator  36.54 
 
 
211 aa  52.4  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0189255  normal  0.0235057 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0124  transcriptional regulator, TetR family  26.98 
 
 
298 aa  52.4  0.000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5162  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 
224 aa  52.4  0.000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.122941 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1153  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 
189 aa  52.4  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.23421  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4633  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 
224 aa  52.4  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458937  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1027  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 
210 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
207 aa  52.4  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3637  TetR family transcriptional regulator  41.1 
 
 
228 aa  52  0.000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3035  transcriptional regulator, TetR family  32.08 
 
 
225 aa  52.4  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.489456  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2132  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
231 aa  52  0.000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.273159  normal  0.36697 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3397  TetR family transcriptional regulator  46.77 
 
 
222 aa  52  0.000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.15089  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>