More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3328 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3328  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 187 aa  381  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2202  transcriptional regulator, TetR family  47.83 
 
 		 186 aa  181  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.243165 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1991  transcriptional regulator, TetR family  45.41 
 
 		 188 aa  173  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0041  TetR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 192 aa  163  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2329  TetR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 186 aa  152  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.148714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2349  TetR family transcriptional regulator  44.65 
 
 		 357 aa  147  7e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00426882  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0730  TetR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 187 aa  141  5e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3009  transcriptional regulator, TetR family  38.92 
 
 		 187 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3260  transcriptional regulator, TetR family  39.46 
 
 		 187 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0872  TetR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 190 aa  133  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.956466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4428  transcriptional regulator, TetR family  44.79 
 
 		 187 aa  128  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.89429  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5494  transcriptional regulator, TetR family  60.47 
 
 		 141 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.769028  normal  0.39499 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2786  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 190 aa  94.4  9e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.06199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6061  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 191 aa  93.2  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.660328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5697  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 227 aa  92.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.949992  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6545  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 227 aa  90.1  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.129926 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4404  TetR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 199 aa  88.6  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0114676  normal  0.191291 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4211  transcriptional regulator, TetR family  33.54 
 
 		 178 aa  86.7  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.954356 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5866  TetR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 236 aa  85.5  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0981  TetR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 178 aa  85.5  5e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6105  TetR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 201 aa  85.1  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.93473  normal  0.666323 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1094  transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 		 168 aa  82.8  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3570  transcriptional regulator, TetR family  34.19 
 
 		 175 aa  81.6  0.000000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00083347  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2794  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 184 aa  81.3  0.000000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5533  transcriptional regulator, TetR family  31.07 
 
 		 222 aa  79  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5991  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 244 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0553876 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2025  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 196 aa  75.5  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0232401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0622  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 181 aa  74.3  0.0000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1320  TetR family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 203 aa  74.3  0.0000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.010897  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0827  transcriptional regulator, TetR family  29.88 
 
 		 179 aa  72.8  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.843783  normal  0.883408 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5284  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 208 aa  71.6  0.000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0597036  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8111  putative transcriptional regulator, TetR family  32.21 
 
 		 168 aa  68.9  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2511  transcriptional regulator, TetR family  43.75 
 
 		 172 aa  65.9  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7518  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 185 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5248  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 178 aa  62.4  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2002  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 183 aa  62.8  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.700466  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2362  TetR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 179 aa  61.6  0.000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0953  TetR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 184 aa  61.2  0.000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.712721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4101  TetR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4290  transcriptional regulator, TetR family  35.8 
 
 		 226 aa  58.5  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567463  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4302  transcriptional regulator, TetR family  36.73 
 
 		 223 aa  58.2  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2801  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 189 aa  58.2  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0871  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 202 aa  57.8  0.00000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3252  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 200 aa  57.8  0.00000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0658  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 195 aa  57  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.609022  normal  0.929409 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3750  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 230 aa  57  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  43.55 
 
 		 206 aa  57.4  0.0000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1498  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 189 aa  57.4  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.437225  normal  0.170332 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 206 aa  57.4  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4006  regulatory protein, TetR  35.71 
 
 		 219 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722695  normal  0.0616898 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1933  AcrR family transcriptional regulator  40 
 
 		 243 aa  57  0.0000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.189914  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2620  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 194 aa  56.6  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.727172  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3151  TetR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 202 aa  56.6  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2765  regulatory protein, TetR  34.02 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.267077  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0880  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 181 aa  55.8  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1067  transcriptional regulator, TetR family  27.22 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.530116 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1483  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 197 aa  55.8  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4803  transcriptional regulator, TetR family  27.92 
 
 		 193 aa  56.2  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.539659  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1039  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 201 aa  55.8  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.747573 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2580  TetR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.257801 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0421  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 198 aa  55.8  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2157  TetR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 187 aa  55.8  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.105803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1027  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 		 201 aa  55.5  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3584  regulatory protein TetR  39.29 
 
 		 204 aa  55.1  0.0000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0125026  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3333  TetR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 201 aa  54.3  0.0000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4974  transcriptional regulator, TetR family  29.7 
 
 		 186 aa  54.3  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0603654 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5527  transcriptional regulator, TetR family  36.9 
 
 		 203 aa  53.9  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  39.66 
 
 		 204 aa  53.9  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1153  TetR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 189 aa  53.9  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.23421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0810  transcriptional regulator  28.85 
 
 		 206 aa  53.9  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.490663  normal  0.19914 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2113  transcriptional regulator, TetR family  29.24 
 
 		 182 aa  54.3  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10440  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 211 aa  53.9  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0189255  normal  0.0235057 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3104  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 194 aa  53.9  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.428011 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13730  transcriptional regulator, TetR family  29.09 
 
 		 181 aa  53.1  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.839534  normal  0.161793 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5143  transcriptional regulator  27.56 
 
 		 200 aa  53.5  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.269687  normal  0.0526166 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5076  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 215 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175697 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0693  TetR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 207 aa  53.5  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000831417  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2692  transcriptional regulator, TetR family  29.75 
 
 		 249 aa  53.1  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1426  TetR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 260 aa  53.1  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4488  transcriptional regulator, TetR family  28.34 
 
 		 190 aa  53.1  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.14916  normal  0.0536152 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4691  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 205 aa  53.1  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.771858  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1027  TetR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 210 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2838  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 183 aa  53.5  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1287  regulatory protein, TetR  33.33 
 
 		 234 aa  53.1  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 193 aa  53.1  0.000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4777  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 205 aa  53.1  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.681727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2686  TetR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 181 aa  53.1  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.39833  hitchhiker  0.00361312 
 
 
-
 
NC_002936  DET1436  TetR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 125 aa  52.8  0.000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000772402  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2983  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 190 aa  52.8  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2783  TetR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 187 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 210 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0439  transcriptional regulator, TetR family  47.27 
 
 		 180 aa  52.8  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47610  putative transcriptional regulator  31.67 
 
 		 186 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1006  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 189 aa  53.1  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 229 aa  52.4  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 190 aa  52.4  0.000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5283  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 208 aa  52.4  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261053 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0215  transcriptional regulator, TetR family  27.66 
 
 		 246 aa  52.4  0.000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.674801 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2482  transcriptional regulator, TetR family  34.41 
 
 		 196 aa  52  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>