More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1116 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1116  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 209 aa  409  1e-113  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.863597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1225  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 208 aa  95.5  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.657492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2373  TetR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 205 aa  94.4  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3938  transcriptional regulator, TetR family  32.76 
 
 		 231 aa  94  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00284915  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2996  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 237 aa  89.7  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1969  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 205 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0320964 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2291  transcriptional regulator, TetR family  32.67 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.857741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1428  TetR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 204 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.530378  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1751  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 206 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6341  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 206 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0497044  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1738  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 206 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0955  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 212 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2294  TetR family regulatory protein  31.79 
 
 		 206 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9154  putative transcriptional regulator, TetR family  32.31 
 
 		 226 aa  77.8  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.231214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2102  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 206 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.526616  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2161  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 206 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.720901  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2327  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 199 aa  76.3  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.194102 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3995  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 197 aa  76.3  0.0000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.200757  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5987  transcriptional regulator, TetR family  38.1 
 
 		 204 aa  74.7  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3524  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 187 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3219  transcriptional regulator, TetR family  36.09 
 
 		 215 aa  72.8  0.000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1264  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 206 aa  72  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6268  TetR family transcriptional regulator  48.05 
 
 		 182 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.700387  normal  0.409486 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4364  TetR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1659  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 206 aa  68.6  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5812  TetR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 188 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0159111 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3021  regulatory protein, TetR  31.15 
 
 		 205 aa  68.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.84883  normal  0.636371 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2290  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 206 aa  67  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.721121  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5045  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 206 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906168  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5815  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 206 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4321  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 199 aa  67.4  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.675467  normal  0.0583361 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5280  TetR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 175 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1521  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 206 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.375612 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3716  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 199 aa  65.9  0.0000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3703  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 199 aa  65.5  0.0000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1659  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 206 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3776  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 199 aa  65.5  0.0000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.450606 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3035  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 219 aa  64.7  0.0000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.514093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2431  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 214 aa  64.3  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5034  TetR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 206 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.553825 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0483  transcriptional regulator, TetR family  34.19 
 
 		 226 aa  63.5  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2257  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 202 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.92818  normal  0.36633 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4804  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0360919  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0397  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0669765  normal  0.062689 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15710  transcriptional regulator  47.46 
 
 		 221 aa  61.2  0.000000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.274511  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4250  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 		 225 aa  61.2  0.000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3312  transcriptional regulator UidR  32.58 
 
 		 198 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2461  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.460998  normal  0.536684 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6941  transcriptional regulator, TetR family  28.41 
 
 		 221 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3734  TetR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 202 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0165853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3722  TetR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 202 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.869277  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3795  TetR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 202 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796114  normal  0.124585 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6828  TetR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 225 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196798  normal  0.216852 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  45.68 
 
 		 291 aa  58.9  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2460  TetR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.315446  normal  0.37249 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0518  TetR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 206 aa  57.4  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.290772  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4533  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.505005  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3550  putative transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 374 aa  57.4  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0101342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1845  transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.025211  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  43.28 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 201 aa  57  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2110  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 200 aa  57  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0942807  normal  0.362877 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1372  TetR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027491 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28480  transcriptional regulator  34.86 
 
 		 326 aa  57.4  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.552525 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0686  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 247 aa  57.4  0.0000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2619  transcriptional regulator, TetR family  28.43 
 
 		 221 aa  57.4  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4557  TetR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 199 aa  56.6  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0403  TetR family transcriptional regulator  53.7 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.101074  normal  0.152412 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1798  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30610  transcriptional regulator  45.9 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5659  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 194 aa  56.6  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0433662  hitchhiker  0.00993278 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3360  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 197 aa  56.6  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3354  transcriptional regulator, TetR family  46.3 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.216649  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 196 aa  55.8  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0693  TetR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 207 aa  55.8  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000831417  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1775  transcriptional regulator, TetR family  25.76 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1613  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 189 aa  55.5  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.066311 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1726  TetR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 216 aa  55.5  0.0000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.379747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1745  TetR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 216 aa  55.5  0.0000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1792  TetR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 216 aa  55.5  0.0000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.651799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4194  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0046  transcriptional regulator, TetR family  30.51 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5087  TetR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 196 aa  55.1  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.305126  normal  0.842071 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24090  transcriptional regulator  47.37 
 
 		 209 aa  54.7  0.0000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  30.51 
 
 		 219 aa  54.3  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0167  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 213 aa  54.3  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1605  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 187 aa  54.3  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013521  Sked_28390  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 195 aa  54.3  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007530  GBAA_1725  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 194 aa  54.3  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007925  RPC_3587  TetR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 208 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
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NC_013510  Tcur_1778  transcriptional regulator, TetR family  44.29 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_0030  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 196 aa  54.3  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.100703  normal  1 
 
 
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NC_014165  Tbis_3071  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008726  Mvan_4193  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 200 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010172  Mext_0395  regulatory protein TetR  27.11 
 
 		 211 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.796791 
 
 
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NC_014210  Ndas_2939  transcriptional regulator, TetR family  36.99 
 
 		 360 aa  53.5  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0355871  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  38.16 
 
 		 194 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 195 aa  53.9  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009972  Haur_1965  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 206 aa  53.9  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0526053  n/a   
 
 
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