More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3021 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3021  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 205 aa  411  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.84883  normal  0.636371 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2431  TetR family transcriptional regulator  91.71 
 
 		 214 aa  377  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2257  TetR family transcriptional regulator  87.56 
 
 		 202 aa  348  3e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.92818  normal  0.36633 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4804  TetR family transcriptional regulator  52.74 
 
 		 210 aa  190  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0360919  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2373  TetR family transcriptional regulator  42.13 
 
 		 205 aa  140  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3938  transcriptional regulator, TetR family  37.63 
 
 		 231 aa  129  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00284915  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1225  TetR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 208 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.657492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1751  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 206 aa  85.5  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6341  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 206 aa  85.5  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0497044  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1738  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 206 aa  85.5  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2291  transcriptional regulator, TetR family  32.45 
 
 		 205 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.857741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1969  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0320964 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1659  TetR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 206 aa  78.2  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5987  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1264  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 206 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1659  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 206 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5034  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 206 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.553825 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9154  putative transcriptional regulator, TetR family  28.22 
 
 		 226 aa  71.2  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.231214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1521  TetR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 206 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.375612 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0955  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 212 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2294  TetR family regulatory protein  30.81 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2161  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.720901  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2102  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.526616  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1428  TetR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 204 aa  68.6  0.00000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.530378  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1116  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 209 aa  68.2  0.00000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.863597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5280  TetR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 175 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0397  transcriptional regulator, TetR family  31.76 
 
 		 211 aa  65.1  0.0000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0669765  normal  0.062689 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1991  transcriptional regulator, TetR family  27.86 
 
 		 199 aa  62  0.000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000115862  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1980  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 199 aa  62  0.000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00264568  hitchhiker  0.00106159 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1841  transcriptional regulator, TetR family  27.86 
 
 		 199 aa  62  0.000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.170954  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1726  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 199 aa  62  0.000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.716564  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1549  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 199 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0686  transcriptional regulator, TetR family  24.59 
 
 		 247 aa  60.5  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2290  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.721121  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4364  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3219  transcriptional regulator, TetR family  30.94 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2361  transcriptional regulator, TetR family  27.86 
 
 		 199 aa  59.7  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000141293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5045  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 206 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906168  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5815  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 206 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1860  TetR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 199 aa  58.9  0.00000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0204447  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3354  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 210 aa  58.2  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.216649  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1747  TetR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4385  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6328  transcriptional regulator, TetR family  31.13 
 
 		 199 aa  54.3  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00138827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1150  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 222 aa  54.3  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5812  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 188 aa  54.7  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0159111 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1534  transcriptional regulator, TetR family  25.89 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.239413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3524  TetR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 187 aa  53.5  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0005  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 195 aa  53.9  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0931339  normal  0.381518 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2996  TetR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 237 aa  53.5  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0035  TetR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 206 aa  53.9  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00656395  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3995  transcriptional regulator, TetR family  29.2 
 
 		 197 aa  53.1  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.200757  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1607  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 199 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4608  TetR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 206 aa  52.8  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.198377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1906  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 199 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1547  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 199 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.58457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5150  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 204 aa  52.4  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.491017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22630  transcriptional regulator  29.49 
 
 		 202 aa  52.4  0.000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3892  regulatory protein TetR  28.95 
 
 		 214 aa  52  0.000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0741  regulatory protein, TetR  35.9 
 
 		 211 aa  51.6  0.000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1737  transcriptional regulator, TetR family  25.38 
 
 		 199 aa  51.6  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.151738  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0687  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 261 aa  51.2  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.794796  normal  0.223624 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 200 aa  50.8  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1763  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 199 aa  50.8  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139552  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1872  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 199 aa  50.8  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0047199  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4587  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 199 aa  51.2  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.358268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2800  transcriptional regulator, TetR family  25.7 
 
 		 206 aa  50.8  0.00001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2564  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 199 aa  50.8  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000186036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5087  TetR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 196 aa  50.1  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.305126  normal  0.842071 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0483  transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 		 226 aa  50.4  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1897  transcriptional regulator, TetR family  46.94 
 
 		 200 aa  50.1  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0417503  decreased coverage  0.000000883258 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1293  TetR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 199 aa  50.4  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0195  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 194 aa  49.7  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.5282  normal  0.427112 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3545  transcriptional regulator, TetR family  38.36 
 
 		 192 aa  49.7  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2000  TetR family transcriptional regulator  26 
 
 		 234 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.920156  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5341  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 194 aa  49.7  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.601109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4799  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 195 aa  49.7  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.914161 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2610  TetR family transcriptional regulator  26 
 
 		 234 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341012  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2639  TetR family transcriptional regulator  26 
 
 		 213 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01619  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.06 
 
 		 171 aa  49.3  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000798557  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6204  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 		 199 aa  49.3  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308886  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01609  hypothetical protein  27.06 
 
 		 171 aa  49.3  0.00004  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000476829  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2657  TetR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 213 aa  49.3  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22050  transcriptional regulator  36.67 
 
 		 199 aa  49.3  0.00004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0903673 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2530  TetR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 213 aa  48.9  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.704068 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0628  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 218 aa  48.5  0.00006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.504351 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47520  putative transcriptional regulator  38.27 
 
 		 197 aa  48.9  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3906  TetR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 189 aa  48.5  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0242743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28270  transcriptional regulator  40.74 
 
 		 205 aa  48.5  0.00007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.188874 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0107  TetR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 199 aa  48.1  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267531  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4813  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 195 aa  48.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.800631  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0408  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 		 212 aa  48.1  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4193  TetR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 200 aa  48.1  0.00008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0744  regulatory protein TetR  32.94 
 
 		 191 aa  48.1  0.00009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5405  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 195 aa  48.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5456  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 195 aa  48.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.31437 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4037  TetR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 185 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0431559  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0331  transcriptional regulator, TetR family  28.26 
 
 		 209 aa  47.4  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5257  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 194 aa  47.8  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.570583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1101  TetR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 188 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.205673  normal  0.0164026 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>