More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0005 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0005  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 195 aa  399  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0931339  normal  0.381518 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3856  transcriptional regulator, TetR family  38.66 
 
 		 199 aa  139  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0870  transcriptional regulator, TetR family  35.2 
 
 		 186 aa  65.1  0.0000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.65823  normal  0.649746 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  26.36 
 
 		 201 aa  60.8  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0412  TetR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.742667  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  46.3 
 
 		 195 aa  59.3  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0908  transcriptional regulator, TetR family  30.2 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.469028  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3604  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 204 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.657199  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2504  putative transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 188 aa  58.2  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.228654 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2565  transcriptional regulator, TetR family  29.82 
 
 		 248 aa  57.8  0.00000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000672076  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4962  transcriptional regulator, TetR family  47.54 
 
 		 196 aa  56.6  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0320648  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2692  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 195 aa  57  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5460  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 206 aa  57  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7518  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 185 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5412  TetR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00435132  normal  0.234222 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0787  regulatory protein, TetR  31.37 
 
 		 226 aa  55.5  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2681  transcriptional regulator, TetR family  40.85 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.387724  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1190  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.106163  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0731  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 227 aa  55.1  0.0000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250469 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3992  transcriptional regulator, TetR family  32.43 
 
 		 218 aa  55.1  0.0000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0661  transcriptional regulator, TetR family  29.32 
 
 		 205 aa  54.7  0.0000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3021  regulatory protein, TetR  31 
 
 		 205 aa  53.9  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.84883  normal  0.636371 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1238  AcrR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 273 aa  53.5  0.000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0931  transcriptional regulator, TetR family  31.37 
 
 		 215 aa  53.1  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.588864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1381  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 184 aa  53.5  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.419771  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2297  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  53.9  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0935054  hitchhiker  0.00257224 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1515  putative transcriptional regulator, TetR family  41.43 
 
 		 219 aa  53.5  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254086  hitchhiker  0.00363064 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5697  TetR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 227 aa  52.8  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.949992  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2776  transcriptional regulator, TetR family  41.79 
 
 		 209 aa  53.1  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.376535  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6545  TetR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 227 aa  52.8  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.129926 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  33.96 
 
 		 218 aa  52.8  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0984  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 245 aa  52.4  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.50937  hitchhiker  0.00233885 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1709  transcriptional regulator, TetR family  27.43 
 
 		 198 aa  52.4  0.000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6105  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 201 aa  52.4  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.93473  normal  0.666323 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 196 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6061  TetR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 191 aa  52.4  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.660328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 195 aa  52.4  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 232 aa  52  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  41.07 
 
 		 219 aa  52  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2388  TetR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 206 aa  52  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1442  transcriptional regulator, TetR family  25.9 
 
 		 167 aa  52  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.111459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  38.46 
 
 		 246 aa  52  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1897  TetR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 202 aa  52.4  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3095  transcriptional regulator, TetR family  28.74 
 
 		 192 aa  52  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000942813  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20280  transcriptional regulator, TetR family  42.59 
 
 		 213 aa  51.6  0.000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.612683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1210  regulatory protein, TetR  36.25 
 
 		 207 aa  51.6  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2434  TetR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 188 aa  52  0.000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 214 aa  51.6  0.000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2431  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 214 aa  51.6  0.000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0355  TetR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 192 aa  51.2  0.000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0481105 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0132  TetR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 204 aa  51.6  0.000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.410533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 198 aa  51.2  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5987  transcriptional regulator, TetR family  34.18 
 
 		 204 aa  51.2  0.000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1320  TetR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 203 aa  51.2  0.000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.010897  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2482  transcriptional regulator, TetR family  41.51 
 
 		 196 aa  51.2  0.000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 212 aa  51.2  0.000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3960  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 201 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110455  normal  0.471806 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3801  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 206 aa  50.8  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.657762 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3380  regulatory protein, TetR  43.64 
 
 		 222 aa  50.8  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386273  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1866  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 201 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 243 aa  51.2  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2508  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 195 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332011  normal  0.924216 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2788  transcriptional regulator, TetR family  41.51 
 
 		 201 aa  50.8  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2786  transcriptional regulator, TetR family  37.84 
 
 		 190 aa  51.2  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.06199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4211  transcriptional regulator, TetR family  39.39 
 
 		 178 aa  50.4  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.954356 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 211 aa  50.1  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2893  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 205 aa  50.4  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0699347  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1118  transcriptional regulator, TetR family  27.47 
 
 		 201 aa  49.7  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00548751  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 206 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3092  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 185 aa  50.1  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0725563 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1603  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 189 aa  50.1  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0115969  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6821  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 186 aa  49.7  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0166  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 221 aa  49.3  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0611363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5713  transcriptional regulator, TetR family  29.76 
 
 		 190 aa  49.7  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 		 196 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4643  TetR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 206 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.609609  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3720  TetR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 206 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0838127 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5866  TetR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 236 aa  49.3  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4635  regulatory protein, TetR  26.87 
 
 		 226 aa  48.9  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5991  TetR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 244 aa  48.9  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0553876 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3157  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 330 aa  49.3  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3692  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 244 aa  49.3  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.674174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5028  transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 		 194 aa  49.3  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0394  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 186 aa  49.3  0.00004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.509635  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08110  transcriptional regulator  34.29 
 
 		 198 aa  48.9  0.00004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.792237 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30260  transcriptional regulator  34.58 
 
 		 400 aa  48.9  0.00005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.473296 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5007  TetR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 239 aa  48.9  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.908463 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 212 aa  48.9  0.00005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1327  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 191 aa  48.9  0.00005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385081  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3317  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 214 aa  48.9  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.305506  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1944  transcriptional regulator, TetR family  27.54 
 
 		 205 aa  48.9  0.00005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00538978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1583  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 198 aa  48.9  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1050  transcriptional regulator, TetR family  31.13 
 
 		 225 aa  48.9  0.00005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.549541 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2038  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 208 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.473719 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4044  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 214 aa  48.9  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5107  TetR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 225 aa  48.9  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.346129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4165  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 232 aa  48.9  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.367589  normal  0.612517 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  31.25 
 
 		 213 aa  48.5  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 228 aa  48.5  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31550  transcriptional regulator  34.09 
 
 		 191 aa  48.5  0.00006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>