More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2297 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2297  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  609  1e-173  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0935054  hitchhiker  0.00257224 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7278  Transcriptional regulator  37.82 
 
 		 216 aa  87  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1538  TetR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 222 aa  84.7  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.891192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3516  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 235 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3748  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 275 aa  72.4  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2990  TetR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.989251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3022  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 233 aa  71.2  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5271  transcriptional regulator, TetR family  33.03 
 
 		 223 aa  67.4  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0132  TetR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 204 aa  64.3  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.410533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  29.6 
 
 		 202 aa  62.8  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1179  TetR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 290 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.669252  normal  0.155031 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1305  TetR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 181 aa  61.2  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3329  transcriptional regulator, TetR family  27.86 
 
 		 217 aa  61.6  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181798  normal  0.116616 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0908  TetR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 200 aa  60.8  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.376971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1650  TetR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 218 aa  58.9  0.00000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0727  transcriptional regulator, TetR family  27.59 
 
 		 216 aa  58.2  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1458  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  58.2  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121951 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 212 aa  57.8  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1896  transcriptional regulator, TetR family  32.52 
 
 		 196 aa  57  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.589186 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3810  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 191 aa  57  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5087  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 259 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5773  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 259 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.669739 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4405  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 259 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.630882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3533  TetR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 237 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0909277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5273  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 241 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0264263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5341  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 194 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.601109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2028  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 222 aa  55.1  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.578288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3200  TetR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 224 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.415485  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3209  TetR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 224 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4799  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 195 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.914161 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26760  putative transcriptional regulator  32.05 
 
 		 198 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5318  transcriptional regulator, TetR family  32.65 
 
 		 197 aa  55.1  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3262  TetR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 224 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.376016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15710  transcriptional regulator  31.08 
 
 		 221 aa  54.7  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.274511  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1924  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 189 aa  54.3  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147097  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  26.36 
 
 		 201 aa  54.7  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4442  TetR family transcriptional regulator  53.06 
 
 		 192 aa  54.3  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0026  TetR family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 201 aa  55.1  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000327076  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5804  TetR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 254 aa  53.9  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000100556  hitchhiker  0.000892453 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51850  Transcriptional regulatory protein, TetR family  42.31 
 
 		 186 aa  53.9  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2269  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 207 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.629172  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3546  transcriptional regulator, TetR family  48.08 
 
 		 206 aa  54.3  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.726096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1572  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 200 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0865  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 211 aa  53.9  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2497  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 221 aa  54.3  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000693939 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6259  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 200 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6735  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 200 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0005  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 195 aa  53.9  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0931339  normal  0.381518 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3493  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 211 aa  53.5  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729173  normal  0.75311 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0612  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 202 aa  53.5  0.000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0141452  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6467  transcriptional regulator, TetR family  31.39 
 
 		 217 aa  53.5  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 211 aa  53.1  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5281  TetR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 257 aa  53.1  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0130  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 212 aa  53.1  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1646  TetR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 233 aa  52.8  0.000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2688  TetR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 207 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.357002  normal  0.760245 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0068  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 193 aa  52.8  0.000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2775  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 228 aa  52.8  0.000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0212844  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2644  putative transcriptional regulator, TetR family  34.09 
 
 		 205 aa  52.8  0.000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1843  transcriptional regulatory protein  43.64 
 
 		 201 aa  52.4  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.677238  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  32.38 
 
 		 219 aa  52.8  0.000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0870  transcriptional regulator, TetR family  43.42 
 
 		 186 aa  52.8  0.000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.65823  normal  0.649746 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3944  TetR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 215 aa  52.4  0.000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1922  transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 		 201 aa  52.4  0.000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2925  transcriptional regulator, TetR family  28.87 
 
 		 198 aa  52.4  0.000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1632  transcriptional regulator, TetR family  30.12 
 
 		 239 aa  52  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5710  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 222 aa  52.4  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0250  transcriptional regulator, TetR family  54.35 
 
 		 201 aa  52  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.804071  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2965  TetR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 175 aa  52  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3170  transcriptional regulator, TetR family  46 
 
 		 216 aa  52.4  0.00001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4191  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 236 aa  52  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.513173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3482  TetR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 248 aa  52  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0660414  normal  0.032442 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2817  transcriptional regulator, TetR family  25.25 
 
 		 210 aa  52  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.318929  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  26.17 
 
 		 192 aa  51.6  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4543  putative transcriptional regulator, TetR family  30.33 
 
 		 205 aa  52.4  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0569885  normal  0.220748 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3750  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 230 aa  52.4  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1794  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 218 aa  51.6  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6173  transcriptional regulator, TetR family  35.53 
 
 		 202 aa  52  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2556  transcriptional regulator, TetR family  25.25 
 
 		 208 aa  52.4  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000489141  normal  0.182844 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0239  transcriptional regulator, TetR family  54.35 
 
 		 201 aa  52  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0220692  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1426  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 		 204 aa  52  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0803354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5045  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 208 aa  52  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.301448 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  35.48 
 
 		 211 aa  51.6  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 211 aa  51.6  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 211 aa  51.6  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 211 aa  51.6  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3919  transcriptional regulator, TetR family  35.38 
 
 		 209 aa  51.6  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.738583 
 
 
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NC_007347  Reut_A1987  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 211 aa  51.2  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.15936  n/a   
 
 
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NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 211 aa  51.6  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
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NC_010678  Rpic_3806  transcriptional regulator, TetR family  35.38 
 
 		 209 aa  51.6  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.238661 
 
 
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NC_013739  Cwoe_4481  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 216 aa  51.2  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.918639  normal  1 
 
 
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NC_009656  PSPA7_4076  putative transcriptional regulator  36.92 
 
 		 204 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462339  n/a   
 
 
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NC_009921  Franean1_0626  TetR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 244 aa  51.6  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.852372 
 
 
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NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  35.48 
 
 		 211 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009077  Mjls_4182  TetR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 201 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.368627  normal  1 
 
 
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NC_009512  Pput_3566  TetR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 187 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730164  normal  1 
 
 
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NC_008347  Mmar10_0313  TetR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 202 aa  51.2  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.121906  hitchhiker  0.00929139 
 
 
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NC_013739  Cwoe_5407  transcriptional regulator, TetR family  31.13 
 
 		 211 aa  51.6  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.924589  normal  1 
 
 
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NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  35.48 
 
 		 211 aa  51.6  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_009943  Dole_1600  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 288 aa  50.8  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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