More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6173 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6173  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 202 aa  413  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0635  transcription regulator protein  72.34 
 
 		 216 aa  289  2e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2308  transcriptional regulator, TetR family  55.84 
 
 		 200 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.594902 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1275  transcriptional regulator, TetR family  43.68 
 
 		 200 aa  185  4e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5885  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 203 aa  159  3e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.687121 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2372  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 236 aa  95.1  5e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0103  transcriptional regulator, TetR family  32.24 
 
 		 210 aa  94  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0113  transcriptional regulator, TetR family  32.57 
 
 		 211 aa  86.3  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.987214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1927  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 198 aa  84  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14590  transcriptional regulator, tetR family  28.21 
 
 		 200 aa  78.6  0.00000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5861  transcriptional regulator, TetR family  34.81 
 
 		 197 aa  77.8  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.356858 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0274  transcriptional regulator, TetR family  35.62 
 
 		 192 aa  77.8  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.160629  normal  0.0104752 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4596  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 204 aa  75.1  0.0000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.887184 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3328  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 226 aa  73.2  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.524569 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4939  transcriptional regulator, TetR family  34.85 
 
 		 203 aa  73.2  0.000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5092  putative transcriptional regulator, TetR family  31.34 
 
 		 206 aa  72.4  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.318569  normal  0.657816 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3896  transcriptional regulator, TetR family  30.72 
 
 		 202 aa  72  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.673039  normal  0.0314346 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1646  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 233 aa  71.2  0.000000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1155  transcriptional regulator, TetR family  48 
 
 		 223 aa  70.9  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.931412 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4216  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 215 aa  70.1  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3839  TetR family transcriptional regulator  40.95 
 
 		 251 aa  69.7  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0665  transcriptional regulator, TetR family  28.98 
 
 		 195 aa  69.3  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11957  normal  0.196161 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0716  TetR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 289 aa  68.2  0.00000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.673391 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0267  transcriptional regulator, TetR family  34.32 
 
 		 217 aa  68.2  0.00000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.173198  hitchhiker  0.00351225 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1711  putative transcriptional regulator, TetR family  31.13 
 
 		 208 aa  67.8  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.195446 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4296  transcriptional regulator, TetR family  38.54 
 
 		 212 aa  66.6  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23360  transcriptional regulator, tetR family  28.87 
 
 		 206 aa  66.2  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.445238  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2350  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 		 230 aa  66.2  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000443807  hitchhiker  0.00368666 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6288  transcriptional regulator, TetR family  33.06 
 
 		 237 aa  65.9  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0709  regulatory protein TetR  29.47 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5390  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 202 aa  65.5  0.0000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4794  transcriptional regulator, TetR family  35.63 
 
 		 187 aa  65.1  0.0000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3949  transcriptional regulator, TetR family  53.45 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0865952  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7494  transcriptional regulator, TetR family  30.19 
 
 		 188 aa  64.7  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2672  TetR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 217 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6254  putative transcriptional regulator, TetR family  53.45 
 
 		 208 aa  63.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.170118  normal  0.0153866 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0350  TetR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 194 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.378963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4757  TetR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 247 aa  63.2  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2710  TetR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.466457  normal  0.498996 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2236  TetR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.226682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7250  transcriptional regulator, TetR family  39.33 
 
 		 252 aa  63.9  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5636  transcriptional regulator, TetR family  42.47 
 
 		 202 aa  63.5  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.500793 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2370  transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 		 215 aa  62.8  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00377718  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0384  TetR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 191 aa  62.8  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4029  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 196 aa  62.8  0.000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2375  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 191 aa  62.4  0.000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.826028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2422  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 191 aa  62.4  0.000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.04833  normal  0.11925 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2416  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 191 aa  62.4  0.000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3652  regulatory protein TetR  29.45 
 
 		 188 aa  62.4  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6361  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 198 aa  62  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2298  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 207 aa  62  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 209 aa  61.6  0.000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4457  TetR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 215 aa  61.6  0.000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4583  putative transcriptional regulator, TetR family  45.9 
 
 		 200 aa  61.6  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.181423  normal  0.302497 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4544  TetR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 215 aa  61.6  0.000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.317306 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4839  TetR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 215 aa  61.6  0.000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0941729 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3406  putative transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 		 222 aa  61.2  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209005  normal  0.472724 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1028  regulatory protein TetR  33.33 
 
 		 262 aa  61.2  0.000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.190494  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0998  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 199 aa  60.8  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1016  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 199 aa  60.8  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.355321  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1547  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 194 aa  60.8  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0308789 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4397  transcriptional regulator, TetR family  29.79 
 
 		 209 aa  60.8  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4559  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 		 192 aa  61.2  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.685616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0780  transcriptional regulator, TetR family  35.25 
 
 		 205 aa  61.2  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00331259  decreased coverage  0.000414604 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0172  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 208 aa  60.8  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1026  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 199 aa  60.8  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2488  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 215 aa  60.5  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.930531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06680  transcriptional regulator  25.62 
 
 		 200 aa  60.5  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8533  putative transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 199 aa  60.1  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00958176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0758  transcriptional regulator, TetR family  35.61 
 
 		 197 aa  60.5  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00251208 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0726  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 203 aa  60.1  0.00000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2460  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.953634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4988  transcriptional regulator, TetR family  27.66 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4412  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 252 aa  58.9  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0102  transcriptional regulator, TetR family  45.9 
 
 		 192 aa  58.5  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.351493 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5175  putative transcriptional regulator, TetR family  28.77 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0125916  hitchhiker  0.00846982 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  29.71 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0203  regulatory protein TetR  29.55 
 
 		 186 aa  58.5  0.00000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.041689  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4347  transcriptional regulator, TetR family  28.34 
 
 		 191 aa  58.5  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.685734 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0409  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 192 aa  58.5  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0418  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 192 aa  58.5  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.602911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0397  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 192 aa  58.5  0.00000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.188282 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4877  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.268958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 211 aa  58.2  0.00000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0053  transcriptional regulator, TetR family  27.81 
 
 		 188 aa  58.2  0.00000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.573004  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 256 aa  58.2  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2366  transcriptional regulator, TetR family  64.1 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000270806  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5173  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 194 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.319514 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  36.96 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5062  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 208 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1118  transcriptional regulator, TetR family  43.1 
 
 		 201 aa  57.4  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00548751  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04630  transcriptional regulator, tetR family  28.65 
 
 		 216 aa  57  0.0000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1728  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 214 aa  57  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.689181 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0786  putative transcriptional regulator, TetR family  33.67 
 
 		 215 aa  57  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000169887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1380  transcriptional regulator, TetR family  35.16 
 
 		 214 aa  57  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000685689  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>