155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1583 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1583  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 198 aa  397  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2994  TetR family transcriptional regulator  55.9 
 
 		 197 aa  215  4e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.383158  normal  0.27329 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1636  TetR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 208 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.836865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0676  putative transcriptional regulator, TetR family  41.11 
 
 		 205 aa  142  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4581  TetR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 215 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0138954  normal  0.0554322 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0734  putative transcriptional regulator, TetR family  38.3 
 
 		 202 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4515  transcriptional regulator, TetR family  41.21 
 
 		 217 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0668  TetR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 196 aa  88.2  8e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.109249  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1779  regulatory protein TetR  31.91 
 
 		 208 aa  87.4  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.16684 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1500  regulatory protein TetR  31.91 
 
 		 216 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.570959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1501  regulatory protein TetR  30.73 
 
 		 210 aa  85.5  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0856799  normal  0.774912 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3021  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 226 aa  79.7  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1943  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1344  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 213 aa  75.5  0.0000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.179136  normal  0.106608 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0193  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 203 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0172  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 203 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.194351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0172  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 203 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0167  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 203 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.266146 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004024  transcriptional regulator  23.71 
 
 		 196 aa  70.5  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000690924  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1551  hypothetical protein  25 
 
 		 196 aa  68.6  0.00000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.494685  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1605  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 208 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.72373  hitchhiker  0.0000763584 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0121  putative transcriptional regulator, TetR family protein  23.86 
 
 		 204 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.778342  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01438  hypothetical protein  23.2 
 
 		 196 aa  65.9  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2518  transcriptional regulator, TetR family  31.41 
 
 		 191 aa  64.7  0.0000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0208752  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4298  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 197 aa  62.4  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5476  TetR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 240 aa  62  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3546  TetR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 203 aa  61.2  0.000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0132  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.817295 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0170  TetR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 203 aa  60.8  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5718  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.283499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2233  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 196 aa  60.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.943574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4083  transcriptional regulator, TetR family  27.12 
 
 		 203 aa  59.7  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4185  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 203 aa  59.3  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1003  putative HTH-type transcriptional regulator  22.53 
 
 		 199 aa  58.2  0.00000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2330  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 225 aa  57.4  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.389066  normal  0.980038 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  29.85 
 
 		 203 aa  57.8  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0174  TetR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 203 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3579  TetR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3824  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 234 aa  55.8  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0186  TetR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 221 aa  55.5  0.0000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.240473 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1032  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 207 aa  55.5  0.0000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0672  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 193 aa  54.7  0.0000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2539  transcriptional regulator, TetR family  26.63 
 
 		 196 aa  55.1  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0784  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 204 aa  54.7  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.42035  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0917  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 195 aa  53.1  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0208731 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0283  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0292147 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2955  TetR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 203 aa  52.8  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01162  transcription regulator, TetR family protein  30.48 
 
 		 201 aa  52.8  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0910  TetR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 195 aa  52  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.843959  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0927  TetR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 195 aa  52  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4675  regulatory protein TetR  28.98 
 
 		 190 aa  52  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1375  regulatory protein TetR  25.14 
 
 		 199 aa  52  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.852149 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2257  TetR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 202 aa  51.6  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.92818  normal  0.36633 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0481  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 225 aa  51.6  0.000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.276366 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1473  transcriptional regulator, TetR family  26.95 
 
 		 207 aa  51.2  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.245471  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3894  regulatory protein TetR  34.31 
 
 		 206 aa  51.2  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2172  transcriptional regulator, TetR family  21.95 
 
 		 199 aa  51.2  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2636  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 196 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2681  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 196 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2665  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 196 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1098  regulatory protein TetR  31.75 
 
 		 206 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4523  TetR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 216 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.382743 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5863  transcriptional regulator, TetR family  35.64 
 
 		 222 aa  50.1  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4429  TetR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 192 aa  49.7  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.247191  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1405  transcriptional regulator, TetR family  36.61 
 
 		 212 aa  49.7  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.408275 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1231  transcriptional regulator, TetR family  29.28 
 
 		 212 aa  49.3  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.814793  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5162  transcriptional regulator, TetR family  25.25 
 
 		 193 aa  49.7  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.134912  normal  0.642196 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0325  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 237 aa  49.3  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1314  TetR family transcriptional regulator  22.62 
 
 		 224 aa  49.3  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.6037  normal  0.969851 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1227  transcriptional regulator, TetR family  31.49 
 
 		 206 aa  49.3  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.43068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2935  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 208 aa  49.3  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.309221  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3070  TetR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 211 aa  49.3  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519807  normal  0.499995 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0005  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 195 aa  48.9  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0931339  normal  0.381518 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2481  TetR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 206 aa  48.5  0.00006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5132  transcriptional regulator, TetR family  32.71 
 
 		 214 aa  48.5  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.493019  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4572  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 234 aa  48.5  0.00006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224675 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1336  TetR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 200 aa  48.5  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010036 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3038  TetR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 186 aa  48.1  0.00008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.815569  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0439  TetR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 199 aa  48.1  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2830  transcriptional regulator, TetR family  32.38 
 
 		 208 aa  48.1  0.00009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.514088 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2110  TetR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 218 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.722857  normal  0.248102 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0194  transcriptional regulator, TetR family  29.01 
 
 		 225 aa  47.4  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2464  transcriptional regulator, TetR family  28.24 
 
 		 193 aa  47.8  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.943089 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2708  regulatory protein TetR  32.38 
 
 		 228 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.333826 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0782  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 295 aa  47.8  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.876045  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4343  regulatory protein TetR  31.86 
 
 		 196 aa  47  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4024  TetR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 207 aa  46.6  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.563014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0017  TetR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 235 aa  47  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.731504 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0870  transcriptional regulator, TetR family  30.64 
 
 		 186 aa  47  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.65823  normal  0.649746 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2825  TetR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 204 aa  47  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0304388 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00523  transcriptional regulator, TetR family protein  25.41 
 
 		 200 aa  46.6  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3021  regulatory protein, TetR  28.28 
 
 		 205 aa  46.2  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.84883  normal  0.636371 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6450  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 205 aa  46.6  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.717411  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05540  transcriptional regulator  29.41 
 
 		 197 aa  46.2  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1492  putative transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 		 216 aa  46.2  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00482  NADH dehydrogenase  31.82 
 
 		 194 aa  46.2  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3984  transcriptional regulator, TetR family  20.67 
 
 		 200 aa  45.8  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.562971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0580  TetR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 236 aa  45.8  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.431523 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6011  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 203 aa  45.8  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1422  transcriptional regulator, TetR family  26.24 
 
 		 223 aa  45.8  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2431  TetR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 214 aa  45.4  0.0005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0857946 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>