More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3856 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3856  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 199 aa  407  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0005  TetR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 195 aa  139  3e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0931339  normal  0.381518 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2565  transcriptional regulator, TetR family  30.08 
 
 		 248 aa  59.3  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000672076  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 212 aa  58.5  0.00000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0731  TetR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 227 aa  57  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250469 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0787  regulatory protein, TetR  33.33 
 
 		 226 aa  57  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1516  transcriptional regulator, TetR family  27.03 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  42.59 
 
 		 246 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2434  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 188 aa  54.3  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 211 aa  53.1  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1515  putative transcriptional regulator, TetR family  35.42 
 
 		 219 aa  53.1  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254086  hitchhiker  0.00363064 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 214 aa  52.4  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  27.33 
 
 		 195 aa  52.8  0.000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0651  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 218 aa  52.8  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0025795  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3702  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 204 aa  52.4  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 243 aa  52.4  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2762  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  52  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4171  TetR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 203 aa  52  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0201849  hitchhiker  0.000462956 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 257 aa  52  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  37.33 
 
 		 255 aa  52  0.000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 		 225 aa  52  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 242 aa  52  0.000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  37.18 
 
 		 218 aa  51.6  0.000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  37.33 
 
 		 247 aa  51.6  0.000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 324 aa  51.6  0.000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1910  TetR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 207 aa  51.6  0.000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0010144  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 212 aa  51.6  0.000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 232 aa  51.2  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3943  transcriptional regulator, TetR family  35.21 
 
 		 218 aa  51.2  0.000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.938406  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1986  TetR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 218 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0191052  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 243 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 233 aa  50.8  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5987  transcriptional regulator, TetR family  34.52 
 
 		 204 aa  51.2  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 266 aa  50.8  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3965  transcriptional regulator, TetR family  30.85 
 
 		 208 aa  51.2  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4245  regulatory protein, TetR  27.88 
 
 		 221 aa  51.2  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.933468  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 226 aa  50.8  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4304  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 202 aa  51.2  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.148025  normal  0.676238 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3136  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 205 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.495546  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  32.31 
 
 		 195 aa  50.1  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2411  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 205 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.147912 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3992  transcriptional regulator, TetR family  29.2 
 
 		 218 aa  50.1  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2214  transcriptional regulator, TetR family  32.89 
 
 		 219 aa  50.1  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.411668  normal  0.665917 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5527  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 203 aa  50.4  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05370  transcriptional regulator, TetR family  22.12 
 
 		 205 aa  50.4  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000643211  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 231 aa  50.1  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3960  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 201 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110455  normal  0.471806 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4604  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 214 aa  49.7  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.980038 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2867  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 211 aa  49.7  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.451195  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 291 aa  49.7  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1550  transcriptional regulator, TetR family  30.37 
 
 		 209 aa  49.7  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1866  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 201 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1216  transcriptional regulator, TetR family  43.64 
 
 		 224 aa  49.3  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.187428 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2402  transcriptional regulator, TetR family  29.91 
 
 		 259 aa  49.7  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0404395  hitchhiker  0.00830545 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0348  TetR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 198 aa  48.9  0.00004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0698  putative transcription regulator protein  36 
 
 		 264 aa  49.3  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00682473  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2898  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 205 aa  48.9  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0059  transcriptional regulator, TetR family  40.82 
 
 		 194 aa  49.3  0.00004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00007304  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 218 aa  49.3  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 219 aa  49.3  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3115  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 205 aa  48.9  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3750  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 230 aa  49.3  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  32.65 
 
 		 217 aa  48.9  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1381  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 184 aa  49.3  0.00004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.419771  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4327  regulatory protein, TetR  31.51 
 
 		 182 aa  49.3  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.809003  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4820  transcriptional regulator, TetR family  28.97 
 
 		 203 aa  49.3  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.353068 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2628  transcriptional regulator, TetR family  24.32 
 
 		 194 aa  49.3  0.00004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00732346  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2168  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 188 aa  49.3  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3118  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 205 aa  48.9  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2131  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 205 aa  48.9  0.00005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6770  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 220 aa  48.9  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0166  transcriptional regulator, TetR family  29.13 
 
 		 221 aa  48.9  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0611363  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2824  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 211 aa  48.9  0.00005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.551621  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3106  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 205 aa  48.9  0.00005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001979  transcriptional regulator TetR family  41.67 
 
 		 193 aa  48.9  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.507988  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0361  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 212 aa  48.9  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.23201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4076  putative transcriptional regulator  41.56 
 
 		 204 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462339  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2116  transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 		 192 aa  48.9  0.00005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0870  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 186 aa  48.5  0.00006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.65823  normal  0.649746 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0412  TetR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 216 aa  48.5  0.00006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.742667  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  35.23 
 
 		 218 aa  48.5  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1794  TetR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 218 aa  48.5  0.00006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1606  TetR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 225 aa  48.1  0.00007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.912424  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2650  transcriptional regulator, TetR family  27.16 
 
 		 211 aa  48.1  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  35.48 
 
 		 310 aa  48.1  0.00007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 235 aa  48.5  0.00007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2373  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 205 aa  48.5  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0114  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 197 aa  48.5  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3581  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 209 aa  48.1  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2397  regulatory protein, TetR  27.45 
 
 		 225 aa  48.1  0.00008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0015  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 189 aa  48.1  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3386  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 221 aa  48.1  0.00008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 211 aa  48.1  0.00008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2816  hypothetical protein  28.1 
 
 		 222 aa  48.1  0.00009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0366008  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6881  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 224 aa  48.1  0.00009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0734971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 193 aa  48.1  0.00009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0604  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 205 aa  48.1  0.00009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229279 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1603  transcriptional regulator, TetR family  36.11 
 
 		 189 aa  48.1  0.00009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0115969  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>