More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1255 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1255  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 200 aa  410  1e-114  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0795  TetR family transcriptional regulator  62.63 
 
 		 199 aa  262  3e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00985009  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0335  transcriptional regulator, TetR family  36.27 
 
 		 197 aa  134  9e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0635756  normal  0.0355079 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0888  TetR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 203 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  37.02 
 
 		 193 aa  104  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3816  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 201 aa  102  5e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0181155  normal  0.234249 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 196 aa  93.6  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 215 aa  92.8  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 196 aa  92.4  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0208  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 191 aa  91.3  8e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0064  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 210 aa  85.9  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0436  TetR/AcrR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 193 aa  85.1  6e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00014648  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 209 aa  84.7  7e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1435  TetR family regulatory protein  32.39 
 
 		 219 aa  84.7  8e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0083  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 219 aa  84.7  8e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.201393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5089  transcriptional regulator, TetR family  29.83 
 
 		 198 aa  84.7  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3088  transcriptional regulator of TetR family protein  29.19 
 
 		 198 aa  84.3  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 192 aa  80.5  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1980  transcriptional regulator, TetR family  28.88 
 
 		 206 aa  81.3  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 212 aa  80.9  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0765  transcriptional regulator, TetR family protein  31.25 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0809  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 214 aa  79.3  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 194 aa  78.6  0.00000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0268  TetR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 202 aa  77.4  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 212 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0480  transcriptional regulator, TetR family  31.11 
 
 		 205 aa  76.3  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.318214 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C37  transcriptional regulator  27.23 
 
 		 191 aa  76.3  0.0000000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2754  regulatory protein, TetR  31.4 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.396057  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00236367 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1137  transcriptional regulator, TetR family  31.28 
 
 		 209 aa  75.1  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13929  normal  0.961099 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4870  TetR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 186 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.318456  normal  1 
 
 
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NC_013530  Xcel_2304  transcriptional regulator, TetR family  27.68 
 
 		 201 aa  75.1  0.0000000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 212 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3357  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 211 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0594456 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0187  TetR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 202 aa  72.8  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal  1 
 
 
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NC_010552  BamMC406_5288  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 186 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_003295  RSc1201  transcription regulator protein  30.77 
 
 		 209 aa  72.4  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.871194 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1045  transcriptional regulator, TetR family  30.26 
 
 		 222 aa  72.4  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1527  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 212 aa  71.2  0.000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008700  Sama_0476  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 196 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.146337 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1100  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 194 aa  70.5  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0669836  normal  0.61487 
 
 
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NC_013510  Tcur_2948  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 193 aa  70.1  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000720602  n/a   
 
 
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NC_013422  Hneap_1603  transcriptional regulator, TetR family  29.48 
 
 		 213 aa  69.3  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013517  Sterm_1582  transcriptional regulator, TetR family  25.57 
 
 		 194 aa  68.6  0.00000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000313158  n/a   
 
 
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NC_007492  Pfl01_2231  TetR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 194 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.558633  normal  1 
 
 
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NC_009667  Oant_2426  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 205 aa  68.2  0.00000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 190 aa  67.8  0.00000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0971  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 200 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.325702 
 
 
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NC_009921  Franean1_0479  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 207 aa  67.8  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011661  Dtur_0059  transcriptional regulator, TetR family  25.37 
 
 		 194 aa  67.4  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00007304  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3100  putative transcriptional regulator  27.53 
 
 		 194 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209779  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2546  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 213 aa  67  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.768933 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0541  TetR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 220 aa  66.6  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3721  transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 		 196 aa  66.2  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0437946 
 
 
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NC_013422  Hneap_1699  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 205 aa  65.9  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.502572  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 193 aa  66.2  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2580  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.257801 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0287  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 200 aa  65.1  0.0000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000147212 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4476  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 220 aa  64.7  0.0000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000182515 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5463  transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 212 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  40.78 
 
 		 202 aa  64.3  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1146  TetR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 216 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2638  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18450  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 179 aa  63.2  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 200 aa  63.2  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36300  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 194 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.564712  normal  0.0790295 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1940  TetR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 198 aa  62  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1486  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 201 aa  62  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.260636  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0136  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 201 aa  62  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563717  normal  0.436061 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1103  transcriptional regulator, TetR family  27.34 
 
 		 248 aa  62  0.000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.575371  normal  0.523139 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1674  transcriptional regulator, TetR family  26.55 
 
 		 204 aa  61.6  0.000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2518  TetR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 221 aa  61.2  0.000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3566  transcriptional regulator, TetR family  28.33 
 
 		 225 aa  61.2  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4749  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 207 aa  61.2  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.590058  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4813  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 223 aa  60.8  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0027  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 209 aa  61.2  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2969  hypothetical protein  32.39 
 
 		 162 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0448916  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 195 aa  60.1  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5016  transcriptional regulator, TetR family  25.56 
 
 		 191 aa  60.1  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000793722  normal  0.491919 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 		 199 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.403978 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08040  transcriptional regulator  27.23 
 
 		 203 aa  59.7  0.00000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2113  transcriptional regulator, TetR family  25.54 
 
 		 194 aa  58.9  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.508898 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0162  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 201 aa  59.3  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1777  regulatory protein TetR  25.54 
 
 		 195 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.731609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0482  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 213 aa  58.9  0.00000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4778  transcriptional regulator, TetR family  28.12 
 
 		 227 aa  58.9  0.00000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0545614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  27.59 
 
 		 200 aa  58.5  0.00000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007406  Nwi_3052  TetR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 183 aa  58.2  0.00000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.186092 
 
 
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NC_013037  Dfer_2110  transcriptional regulator, TetR family  26.6 
 
 		 200 aa  58.5  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0942807  normal  0.362877 
 
 
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NC_010468  EcolC_0730  TetR family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 214 aa  58.2  0.00000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009075  BURPS668_A1058  TetR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 200 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009079  BMA10247_A1493  TetR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 200 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_006349  BMAA1408  TetR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 200 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009078  BURPS1106A_A0974  TetR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 200 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.543907  n/a   
 
 
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NC_008835  BMA10229_0121  TetR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 200 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008784  BMASAVP1_0527  TetR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 200 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.474473  n/a   
 
 
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NC_011761  AFE_2209  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 204 aa  58.2  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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