More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2248 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2248  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 222 aa  435  1e-121  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0660336  normal  0.0152181 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1731  transcriptional regulator, TetR family  54.55 
 
 		 196 aa  191  9e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0465827  normal  0.0150851 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6231  transcriptional regulator, TetR family  50.74 
 
 		 197 aa  183  2.0000000000000003e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2155  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 195 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30540  transcriptional regulator, TetR family  49.74 
 
 		 195 aa  172  3.9999999999999995e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3263  transcriptional regulator, TetR family  52.58 
 
 		 194 aa  170  2e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.392887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0949  TetR family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 190 aa  169  4e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0189696  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3637  TetR family transcriptional regulator  46.95 
 
 		 207 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.262942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2551  TetR family transcriptional regulator  52.35 
 
 		 206 aa  165  4e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48532  normal  0.51431 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3632  TetR family transcriptional regulator  53.25 
 
 		 207 aa  164  8e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3705  TetR family transcriptional regulator  53.25 
 
 		 207 aa  164  8e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4092  TetR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 206 aa  160  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1469  transcriptional regulator, TetR family  51.7 
 
 		 197 aa  159  4e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12528  TetR family transcriptional regulator  51.48 
 
 		 215 aa  157  9e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0275989 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0140  TetR family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 182 aa  156  2e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4052  TetR family transcriptional regulator  51.46 
 
 		 160 aa  153  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.587614  normal  0.259475 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1384  TetR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 225 aa  150  1e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00670258  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0030  TetR family transcriptional regulator  47.72 
 
 		 193 aa  144  9e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.19641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1978  transcriptional regulator, TetR family  48.89 
 
 		 195 aa  143  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000952091  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0024  TetR family transcriptional regulator  47.72 
 
 		 193 aa  143  2e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0122  transcriptional regulator, TetR family  45.88 
 
 		 204 aa  140  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.288839  decreased coverage  0.00195597 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1402  transcriptional regulator, TetR family  44.63 
 
 		 220 aa  133  3e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000946721 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6414  putative transcriptional regulator, TetR family  46.88 
 
 		 199 aa  130  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.275703  normal  0.0113093 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3322  transcriptional regulator, TetR family  49.67 
 
 		 206 aa  128  8.000000000000001e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1353  regulatory protein TetR  44.25 
 
 		 210 aa  128  9.000000000000001e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.273808  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4599  TetR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 220 aa  105  4e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3205  TetR family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 197 aa  104  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3267  TetR family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 197 aa  104  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0261097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3216  TetR family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 197 aa  104  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.278224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0360  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 193 aa  100  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06840  transcriptional regulator, tetR family  39.61 
 
 		 215 aa  96.7  2e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30260  transcriptional regulator  34.78 
 
 		 400 aa  89  5e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.473296 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3260  putative transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.235559  hitchhiker  0.000147183 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0186  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 410 aa  82.8  0.000000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.291821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0719  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 408 aa  82.4  0.000000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0260522 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2475  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 363 aa  79.7  0.00000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.161368 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3131  regulatory protein TetR  31.07 
 
 		 403 aa  78.6  0.00000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 238 aa  77  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4505  regulatory protein TetR  31.84 
 
 		 390 aa  77.4  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.215764  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3985  TetR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 425 aa  77.4  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0559  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 451 aa  75.9  0.0000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.932394  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0571  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 428 aa  75.9  0.0000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.108649  hitchhiker  0.00715519 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0549  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 451 aa  75.5  0.0000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.166167  normal  0.823365 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5264  transcriptional regulator, TetR family  28.12 
 
 		 470 aa  74.7  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.641699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1507  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 412 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.759911  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1530  TetR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 412 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1507  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 412 aa  72.4  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0340  transcriptional regulator, TetR family  31.76 
 
 		 388 aa  68.6  0.00000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 193 aa  68.2  0.0000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3994  TetR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 391 aa  67.8  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.777734 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0402  TetR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 196 aa  67.4  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.498778  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0013  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 424 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0542947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11992  MarR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 406 aa  66.2  0.0000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2996  TetR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 193 aa  65.9  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.542374  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  52.63 
 
 		 280 aa  65.1  0.0000000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4481  transcriptional regulator, TetR family  39.82 
 
 		 216 aa  64.7  0.0000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.918639  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4683  transcriptional regulator, TetR family  29.67 
 
 		 385 aa  63.9  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1640  TetR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 393 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.234723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1538  TetR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 394 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112139  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1561  TetR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 394 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.447454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2055  TetR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 206 aa  64.3  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1509  TetR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 394 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.27867  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  30.37 
 
 		 204 aa  62.8  0.000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11350  transcriptional regulator  30.22 
 
 		 220 aa  62.4  0.000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4179  transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 		 396 aa  62  0.000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  55.36 
 
 		 332 aa  61.6  0.000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0266  TetR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.437766  hitchhiker  0.000931508 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 212 aa  61.2  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5475  putative transcriptional regulator, TetR family  35.83 
 
 		 232 aa  61.6  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0120226 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 210 aa  61.6  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2271  transcriptional regulator  33.59 
 
 		 209 aa  61.2  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.850012 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 241 aa  60.5  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3299  transcriptional regulator, TetR family  30.71 
 
 		 307 aa  60.5  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0269  TetR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.60794  normal  0.358976 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3827  transcriptional regulator, TetR family  37.84 
 
 		 190 aa  60.5  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0518  TetR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 206 aa  59.7  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.290772  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  33.58 
 
 		 200 aa  59.7  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0381  TetR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.336534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5887  TetR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825874 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0855  transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.835032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3223  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 228 aa  59.7  0.00000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3285  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 228 aa  59.7  0.00000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.678887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5283  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 208 aa  59.3  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261053 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0835  TetR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 201 aa  59.3  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.861936  normal  0.897725 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3234  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 228 aa  59.7  0.00000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001979  transcriptional regulator TetR family  37.88 
 
 		 193 aa  59.7  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.507988  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 231 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0184  TetR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 335 aa  58.9  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000505732  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1052  TetR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.857726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 		 210 aa  58.5  0.00000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0432  transcriptional regulator, TetR family  28.83 
 
 		 214 aa  58.5  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0796504  hitchhiker  0.00000000967411 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  46.43 
 
 		 222 aa  58.5  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1046  TetR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0255  transcriptional regulator, TetR family  28.83 
 
 		 243 aa  58.2  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.540416  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0740  TetR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 205 aa  58.2  0.00000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.891023  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1283  transcriptional regulator, TetR family  30.53 
 
 		 212 aa  58.2  0.00000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 200 aa  57.8  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4369  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 204 aa  58.2  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.645452 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 212 aa  58.2  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0974  regulatory protein, TetR  29.52 
 
 		 205 aa  58.2  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>