More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2475 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2475  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 363 aa  712    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.161368 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3985  TetR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 425 aa  266  5.999999999999999e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30260  transcriptional regulator  36.29 
 
 		 400 aa  195  1e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.473296 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3131  regulatory protein TetR  30.29 
 
 		 403 aa  154  2.9999999999999998e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11992  MarR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 406 aa  149  5e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3994  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 391 aa  149  7e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.777734 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1507  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 412 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1507  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 412 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.759911  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1530  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 412 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5264  transcriptional regulator, TetR family  37.05 
 
 		 470 aa  136  5e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.641699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0013  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 424 aa  134  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0542947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0549  TetR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 451 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.166167  normal  0.823365 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0559  TetR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 451 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.932394  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0571  TetR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 428 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.108649  hitchhiker  0.00715519 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0719  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 408 aa  130  3e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0260522 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0186  TetR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 410 aa  128  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.291821  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4505  regulatory protein TetR  29.5 
 
 		 390 aa  124  3e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.215764  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1509  TetR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 394 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.27867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1538  TetR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 394 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112139  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1561  TetR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 394 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.447454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1640  TetR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 393 aa  110  3e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.234723  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4683  transcriptional regulator, TetR family  28.77 
 
 		 385 aa  109  8.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3260  putative transcriptional regulator, TetR family  35.87 
 
 		 309 aa  106  5e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.235559  hitchhiker  0.000147183 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3637  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 207 aa  106  7e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.262942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3632  TetR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 207 aa  106  7e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3705  TetR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 207 aa  106  7e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0340  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 		 388 aa  103  3e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0122  transcriptional regulator, TetR family  39.05 
 
 		 204 aa  100  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.288839  decreased coverage  0.00195597 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2551  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 206 aa  99.8  8e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48532  normal  0.51431 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4599  TetR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 220 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0360  TetR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 193 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12528  TetR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 215 aa  96.7  6e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0275989 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1384  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 225 aa  96.3  7e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00670258  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30540  transcriptional regulator, TetR family  35.8 
 
 		 195 aa  95.9  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4092  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 206 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4179  transcriptional regulator, TetR family  24.66 
 
 		 396 aa  93.2  6e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6231  transcriptional regulator, TetR family  34.34 
 
 		 197 aa  90.1  5e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2155  TetR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 195 aa  89.7  7e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0024  TetR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 193 aa  89.4  8e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3263  transcriptional regulator, TetR family  36.81 
 
 		 194 aa  89.4  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.392887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0030  TetR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 193 aa  88.2  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.19641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1469  transcriptional regulator, TetR family  36.2 
 
 		 197 aa  86.7  6e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0140  TetR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 182 aa  86.3  9e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4052  TetR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 160 aa  84.7  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.587614  normal  0.259475 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2248  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 222 aa  83.6  0.000000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0660336  normal  0.0152181 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0949  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 190 aa  83.2  0.000000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0189696  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06840  transcriptional regulator, tetR family  33.33 
 
 		 215 aa  81.6  0.00000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1353  regulatory protein TetR  31.74 
 
 		 210 aa  80.5  0.00000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.273808  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1402  transcriptional regulator, TetR family  33.72 
 
 		 220 aa  80.5  0.00000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000946721 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1731  transcriptional regulator, TetR family  31.07 
 
 		 196 aa  80.1  0.00000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0465827  normal  0.0150851 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6414  putative transcriptional regulator, TetR family  35.37 
 
 		 199 aa  73.6  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.275703  normal  0.0113093 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3216  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 197 aa  71.6  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.278224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3205  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 197 aa  71.6  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3267  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 197 aa  71.6  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0261097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1978  transcriptional regulator, TetR family  34.29 
 
 		 195 aa  70.5  0.00000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000952091  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3322  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 206 aa  70.1  0.00000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26580  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 205 aa  68.2  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0994293 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  56.25 
 
 		 200 aa  64.3  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3508  regulatory protein, TetR  29.68 
 
 		 200 aa  63.9  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0988004  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1795  TetR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 224 aa  62  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141886 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4672  TetR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 224 aa  61.6  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.959951  normal  0.170381 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  25.24 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0760  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 192 aa  60.8  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0913287  normal  0.16222 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3827  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 190 aa  60.5  0.00000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 208 aa  59.7  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  24.79 
 
 		 251 aa  59.7  0.00000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6780  TetR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 196 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.188016 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1372  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 210 aa  59.3  0.0000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.487007  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1397  TetR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 224 aa  59.3  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.515474  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1451  TetR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 224 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1415  TetR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 224 aa  59.3  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  26 
 
 		 256 aa  58.2  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2109  TetR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 206 aa  58.5  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.901149 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0370  TetR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 223 aa  58.5  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0234884  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13232  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 228 aa  58.2  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.414971 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2411  transcriptional regulator, TetR family  34.69 
 
 		 236 aa  57.8  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16270  transcriptional regulator  36.79 
 
 		 287 aa  57.4  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4429  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 197 aa  57.8  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.679698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 238 aa  58.2  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0293  TetR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 226 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4040  TetR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 191 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3482  TetR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 191 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.342598  normal  0.760921 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0061  TetR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 187 aa  57  0.0000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2358  transcriptional regulator, TetR family  29.77 
 
 		 216 aa  57  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0281012 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0710  transcriptional regulator, TetR family  26.5 
 
 		 248 aa  56.6  0.0000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0772  transcriptional regulator, TetR family  36.14 
 
 		 223 aa  56.2  0.0000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 241 aa  56.2  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
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NC_012856  Rpic12D_2017  transcriptional regulator, TetR family  39.39 
 
 		 236 aa  56.2  0.0000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0110  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 225 aa  55.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009675  Anae109_2507  TetR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 211 aa  55.5  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142913 
 
 
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NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  24 
 
 		 193 aa  55.8  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
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NC_013739  Cwoe_0194  transcriptional regulator, TetR family  31.11 
 
 		 225 aa  55.8  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013441  Gbro_3892  regulatory protein TetR  33.75 
 
 		 214 aa  55.1  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013159  Svir_28930  transcriptional regulator  26.62 
 
 		 205 aa  54.3  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.218384 
 
 
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NC_009077  Mjls_4104  TetR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 438 aa  54.7  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007509  Bcep18194_C7113  TetR family transcriptional regulator  21.76 
 
 		 240 aa  53.9  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007760  Adeh_1261  TetR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 214 aa  53.9  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.100849  n/a   
 
 
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NC_008025  Dgeo_0788  TetR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 221 aa  53.9  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.796627 
 
 
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NC_012856  Rpic12D_0117  transcriptional regulator, TetR family  24.12 
 
 		 225 aa  54.3  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.678219 
 
 
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