248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1578 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_1578  regulatory protein TetR  100 
 
 		 231 aa  456  1e-127  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.358729  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0359  transcriptional regulator, TetR family  54.85 
 
 		 233 aa  211  1e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5663  transcriptional regulator, TetR family  47.06 
 
 		 214 aa  177  1e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4816  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 244 aa  149  3e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0244477 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1626  TetR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 222 aa  149  4e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432632 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1730  regulatory protein, TetR  41.15 
 
 		 201 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1257  TetR family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 224 aa  145  6e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1274  TetR family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 224 aa  145  6e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.941811 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1283  TetR family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 224 aa  145  6e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20735  normal  0.25464 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3068  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 207 aa  131  9e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0906512  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0564  TetR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 210 aa  129  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0896844  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4450  regulatory protein, TetR  37.75 
 
 		 210 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.870367  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4859  TetR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 211 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.203125  hitchhiker  0.0000563821 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4908  transcriptional regulator, TetR family  37.75 
 
 		 210 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4737  TetR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 222 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0397829  hitchhiker  0.000000987598 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4652  TetR family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 210 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104872  hitchhiker  0.00491998 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0667  TetR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 232 aa  125  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.764927  normal  0.0361684 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1912  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 235 aa  125  6e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000376024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4916  TetR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 211 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00715752  hitchhiker  0.000000000695443 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1708  DNA-binding transcriptional repressor FabR  35.41 
 
 		 219 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000453712  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3786  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.62 
 
 		 212 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0892  hypothetical protein  35.14 
 
 		 226 aa  113  3e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.303522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0139  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.13 
 
 		 211 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0390891  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0120  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.13 
 
 		 211 aa  113  3e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102544  normal  0.553113 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4076  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.13 
 
 		 211 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0189  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.89 
 
 		 213 aa  112  5e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.368893  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0129  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.67 
 
 		 218 aa  112  6e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.555645  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4504  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.62 
 
 		 215 aa  111  8.000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00559066  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4449  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.62 
 
 		 215 aa  111  9e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.563556  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03848  DNA-binding transcriptional repressor  37.62 
 
 		 234 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0143191  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4023  transcriptional regulator, TetR family  37.62 
 
 		 234 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4410  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.62 
 
 		 234 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0500651  normal  0.0177189 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5426  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.62 
 
 		 234 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0614494  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0195  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.89 
 
 		 213 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.685771  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4053  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.62 
 
 		 234 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.506107  normal  0.0185922 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1526  TetR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 226 aa  110  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.97703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4197  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.62 
 
 		 215 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00988726  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03797  hypothetical protein  37.62 
 
 		 234 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0112282  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4773  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.75 
 
 		 212 aa  110  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00222933  hitchhiker  0.00284138 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4023  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.75 
 
 		 213 aa  110  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.23914  normal  0.0336938 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002153  unsaturated fatty acid biosythesis repressor FabR  36.89 
 
 		 213 aa  107  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000110455  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0335  DNA-binding transcriptional repressor FabR  35.68 
 
 		 210 aa  106  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64640  TetR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 209 aa  105  9e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00264  DNA-binding transcriptional repressor FabR  35.86 
 
 		 213 aa  104  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2369  DNA-binding transcriptional repressor FabR  35.92 
 
 		 213 aa  104  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123396  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5613  hypothetical protein  33.8 
 
 		 209 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0137  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.62 
 
 		 205 aa  101  8e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00297198  normal  0.372296 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03580  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.16 
 
 		 197 aa  101  9e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.163329  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0230  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.55 
 
 		 205 aa  101  9e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220471  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0124  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.63 
 
 		 205 aa  101  9e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000427607  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4711  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.62 
 
 		 204 aa  100  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000633687  normal  0.0908035 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0192  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.07 
 
 		 204 aa  99.4  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0188643  normal  0.031406 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0178  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.64 
 
 		 204 aa  99  5e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00155373  normal  0.944765 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3541  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.64 
 
 		 204 aa  99  5e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.018845  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0198  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.64 
 
 		 204 aa  99  6e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0177  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.64 
 
 		 204 aa  99  6e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0234685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0172  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.64 
 
 		 204 aa  99  6e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.291893  normal  0.0249459 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4339  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.13 
 
 		 205 aa  99  6e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000022912  hitchhiker  0.00000127177 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0163  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.63 
 
 		 225 aa  98.6  6e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000509997  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0175  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.64 
 
 		 204 aa  98.6  7e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0116142  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0179  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.64 
 
 		 204 aa  98.6  7e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00396424  normal  0.0559762 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4078  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.64 
 
 		 204 aa  98.6  7e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00684362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4180  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.64 
 
 		 204 aa  98.6  7e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0026827  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2889  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.88 
 
 		 232 aa  97.4  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4031  DNA-binding transcriptional repressor FabR  33.83 
 
 		 199 aa  91.7  8e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.224768  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1493  DNA-binding transcriptional repressor FabR  30.26 
 
 		 202 aa  86.3  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.132494  normal  0.0684627 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2287  transcriptional regulator, TetR family  30.99 
 
 		 218 aa  84.3  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.101004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3792  hypothetical protein  29.47 
 
 		 279 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44540  hypothetical protein  30.09 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.508928  normal  0.389288 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03880  transcriptional regulator TetR family  28.64 
 
 		 226 aa  73.2  0.000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.568548  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2300  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 		 229 aa  72  0.000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1957  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 229 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0421083  normal  0.138407 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2619  TetR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 235 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0254896  normal  0.89864 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1272  TetR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 226 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3820  TetR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3992  transcriptional regulator, TetR family  32.69 
 
 		 218 aa  54.7  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2194  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 193 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.789913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2147  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 193 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.576982  hitchhiker  0.00198138 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2007  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 193 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28270  transcriptional regulator  27.83 
 
 		 205 aa  52.8  0.000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.188874 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3756  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 193 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3256  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 205 aa  52  0.000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.20288  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00750  transcriptional regulator  31.62 
 
 		 197 aa  51.2  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.935342  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4701  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 205 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000742649  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36300  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 194 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.564712  normal  0.0790295 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0665  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 195 aa  50.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11957  normal  0.196161 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0130  TetR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5563  transcriptional regulator, TetR family  36.76 
 
 		 246 aa  49.7  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.811394 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3100  putative transcriptional regulator  36.67 
 
 		 194 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209779  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05195  transcriptional regulator  39.66 
 
 		 195 aa  49.3  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5527  transcriptional regulator, TetR family  27.85 
 
 		 203 aa  49.3  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1458  TetR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 209 aa  48.9  0.00006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121951 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2353  TetR family transcriptional regulator  23.03 
 
 		 217 aa  48.9  0.00006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.384863  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4466  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 205 aa  48.9  0.00007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00176628  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4301  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 205 aa  48.9  0.00007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000465082  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4312  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 205 aa  48.9  0.00007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0243746  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4814  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 205 aa  48.9  0.00007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00735833  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4685  transcriptional regulator, TetR family  24.19 
 
 		 205 aa  48.9  0.00007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.17076e-49 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0994  transcriptional regulator, TetR family  25.88 
 
 		 271 aa  48.9  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001314  transcriptional regulator  36.21 
 
 		 199 aa  48.5  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>