239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0189 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0189  DNA-binding transcriptional repressor FabR  100 
 
 		 213 aa  429  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.368893  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0195  DNA-binding transcriptional repressor FabR  98.59 
 
 		 213 aa  425  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.685771  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0129  DNA-binding transcriptional repressor FabR  93.9 
 
 		 218 aa  399  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.555645  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03848  DNA-binding transcriptional repressor  90 
 
 		 234 aa  390  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0143191  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4023  transcriptional regulator, TetR family  90 
 
 		 234 aa  390  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5426  DNA-binding transcriptional repressor FabR  90 
 
 		 234 aa  390  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0614494  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4053  DNA-binding transcriptional repressor FabR  90 
 
 		 234 aa  390  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.506107  normal  0.0185922 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4410  DNA-binding transcriptional repressor FabR  90 
 
 		 234 aa  390  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0500651  normal  0.0177189 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03797  hypothetical protein  90 
 
 		 234 aa  390  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0112282  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3786  DNA-binding transcriptional repressor FabR  92.38 
 
 		 212 aa  387  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4504  DNA-binding transcriptional repressor FabR  90.43 
 
 		 215 aa  389  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00559066  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4197  DNA-binding transcriptional repressor FabR  89.95 
 
 		 215 aa  389  1e-107  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00988726  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4449  DNA-binding transcriptional repressor FabR  89.95 
 
 		 215 aa  389  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.563556  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0120  DNA-binding transcriptional repressor FabR  93.1 
 
 		 211 aa  386  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102544  normal  0.553113 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4773  DNA-binding transcriptional repressor FabR  91.22 
 
 		 212 aa  383  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00222933  hitchhiker  0.00284138 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4076  DNA-binding transcriptional repressor FabR  93.1 
 
 		 211 aa  386  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0139  DNA-binding transcriptional repressor FabR  93.1 
 
 		 211 aa  386  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0390891  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4023  DNA-binding transcriptional repressor FabR  91.75 
 
 		 213 aa  386  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.23914  normal  0.0336938 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002153  unsaturated fatty acid biosythesis repressor FabR  75.86 
 
 		 213 aa  305  2.0000000000000002e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000110455  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00264  DNA-binding transcriptional repressor FabR  73.89 
 
 		 213 aa  300  2e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2369  DNA-binding transcriptional repressor FabR  73.89 
 
 		 213 aa  298  3e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123396  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2889  DNA-binding transcriptional repressor FabR  71.57 
 
 		 232 aa  294  9e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0192  DNA-binding transcriptional repressor FabR  68.5 
 
 		 204 aa  274  6e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0188643  normal  0.031406 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0137  DNA-binding transcriptional repressor FabR  67.65 
 
 		 205 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00297198  normal  0.372296 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0198  DNA-binding transcriptional repressor FabR  67.98 
 
 		 204 aa  272  3e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4078  DNA-binding transcriptional repressor FabR  67.98 
 
 		 204 aa  272  3e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00684362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0177  DNA-binding transcriptional repressor FabR  67.98 
 
 		 204 aa  272  3e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0234685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0172  DNA-binding transcriptional repressor FabR  67.98 
 
 		 204 aa  272  3e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.291893  normal  0.0249459 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0179  DNA-binding transcriptional repressor FabR  67.98 
 
 		 204 aa  272  3e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00396424  normal  0.0559762 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4180  DNA-binding transcriptional repressor FabR  67.98 
 
 		 204 aa  272  3e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0026827  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0175  DNA-binding transcriptional repressor FabR  67.98 
 
 		 204 aa  272  3e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0116142  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0178  DNA-binding transcriptional repressor FabR  67.98 
 
 		 204 aa  271  4.0000000000000004e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00155373  normal  0.944765 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3541  DNA-binding transcriptional repressor FabR  67.98 
 
 		 204 aa  271  5.000000000000001e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.018845  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0124  DNA-binding transcriptional repressor FabR  68 
 
 		 205 aa  271  6e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000427607  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0163  DNA-binding transcriptional repressor FabR  68.16 
 
 		 225 aa  270  8.000000000000001e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000509997  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0230  DNA-binding transcriptional repressor FabR  68 
 
 		 205 aa  269  2.9999999999999997e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220471  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4339  DNA-binding transcriptional repressor FabR  66.67 
 
 		 205 aa  268  4e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000022912  hitchhiker  0.00000127177 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4711  DNA-binding transcriptional repressor FabR  66.67 
 
 		 204 aa  268  5e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000633687  normal  0.0908035 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0335  DNA-binding transcriptional repressor FabR  68.56 
 
 		 210 aa  261  4.999999999999999e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4031  DNA-binding transcriptional repressor FabR  66.49 
 
 		 199 aa  250  9.000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.224768  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1708  DNA-binding transcriptional repressor FabR  60.41 
 
 		 219 aa  236  2e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000453712  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03580  DNA-binding transcriptional repressor FabR  62.3 
 
 		 197 aa  235  3e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.163329  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1493  DNA-binding transcriptional repressor FabR  57.81 
 
 		 202 aa  220  9.999999999999999e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.132494  normal  0.0684627 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03880  transcriptional regulator TetR family  44.79 
 
 		 226 aa  132  5e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.568548  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2287  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 218 aa  129  3e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.101004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0667  TetR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 232 aa  124  8.000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.764927  normal  0.0361684 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4450  regulatory protein, TetR  38.5 
 
 		 210 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.870367  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4908  transcriptional regulator, TetR family  38.5 
 
 		 210 aa  119  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0564  TetR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 210 aa  118  7e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0896844  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4737  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 222 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0397829  hitchhiker  0.000000987598 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4916  TetR family transcriptional regulator  37 
 
 		 211 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00715752  hitchhiker  0.000000000695443 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4859  TetR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 211 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.203125  hitchhiker  0.0000563821 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3068  TetR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 207 aa  113  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0906512  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1578  regulatory protein TetR  36.89 
 
 		 231 aa  112  4.0000000000000004e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.358729  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4652  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 210 aa  111  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104872  hitchhiker  0.00491998 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5613  hypothetical protein  36.32 
 
 		 209 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64640  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 209 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5663  transcriptional regulator, TetR family  38.5 
 
 		 214 aa  107  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1257  TetR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 224 aa  104  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1274  TetR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 224 aa  104  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.941811 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1283  TetR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 224 aa  104  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20735  normal  0.25464 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1626  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 222 aa  103  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432632 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4816  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 244 aa  101  9e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0244477 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1730  regulatory protein, TetR  35.2 
 
 		 201 aa  100  1e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3792  hypothetical protein  33.16 
 
 		 279 aa  99  5e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44540  hypothetical protein  32.63 
 
 		 284 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.508928  normal  0.389288 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1526  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 226 aa  93.2  3e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.97703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0892  hypothetical protein  31.72 
 
 		 226 aa  92  6e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.303522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1957  TetR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 229 aa  88.6  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0421083  normal  0.138407 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0359  transcriptional regulator, TetR family  33.97 
 
 		 233 aa  87.4  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2300  transcriptional regulator, TetR family  36.32 
 
 		 229 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1912  TetR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 235 aa  85.1  7e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000376024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2619  TetR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 235 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0254896  normal  0.89864 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3820  TetR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 212 aa  75.1  0.0000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1272  TetR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 226 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3091  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 224 aa  54.7  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1135  TetR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 206 aa  52.8  0.000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1827  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 246 aa  52.8  0.000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1874  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 246 aa  52.8  0.000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0418563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13066  AsnC family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 246 aa  52.8  0.000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.117427 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1808  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 246 aa  52.8  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.229482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2778  TetR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 205 aa  51.6  0.000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3756  TetR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 193 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0130  TetR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0444  TetR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 220 aa  49.7  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.275459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06690  transcriptional regulator  27.53 
 
 		 256 aa  49.7  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1204  transcriptional regulator, TetR family  27.42 
 
 		 206 aa  50.1  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.260768  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1032  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 207 aa  49.3  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28270  transcriptional regulator  27.97 
 
 		 205 aa  49.3  0.00004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.188874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2007  TetR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 193 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0381  TetR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 212 aa  49.7  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.336534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1283  TetR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 194 aa  48.9  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000248972  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  30.91 
 
 		 203 aa  48.5  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 207 aa  48.5  0.00007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1987  TetR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 211 aa  48.1  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.15936  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4626  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 211 aa  48.1  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.110176  hitchhiker  0.00755279 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0482  TetR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 213 aa  48.1  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 256 aa  47.8  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1473  TetR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 195 aa  47.8  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3204  TetR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 211 aa  47.4  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.109794  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>