145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0564 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0564  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 210 aa  426  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0896844  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4450  regulatory protein, TetR  79.52 
 
 		 210 aa  344  5e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.870367  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4908  transcriptional regulator, TetR family  78.57 
 
 		 210 aa  340  7e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4916  TetR family transcriptional regulator  73.81 
 
 		 211 aa  321  6e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00715752  hitchhiker  0.000000000695443 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4737  TetR family transcriptional regulator  74.04 
 
 		 222 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0397829  hitchhiker  0.000000987598 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4859  TetR family transcriptional regulator  74.04 
 
 		 211 aa  319  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.203125  hitchhiker  0.0000563821 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4652  TetR family transcriptional regulator  73.08 
 
 		 210 aa  313  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104872  hitchhiker  0.00491998 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0667  TetR family transcriptional regulator  73.56 
 
 		 232 aa  308  4e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.764927  normal  0.0361684 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5613  hypothetical protein  75.98 
 
 		 209 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64640  TetR family transcriptional regulator  75.49 
 
 		 209 aa  299  2e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4816  TetR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 244 aa  136  2e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0244477 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3068  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 207 aa  135  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0906512  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1578  regulatory protein TetR  39.05 
 
 		 231 aa  129  3e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.358729  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1626  TetR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 222 aa  128  8.000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432632 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1708  DNA-binding transcriptional repressor FabR  39.22 
 
 		 219 aa  127  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000453712  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5663  transcriptional regulator, TetR family  42.16 
 
 		 214 aa  126  3e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0335  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.27 
 
 		 210 aa  123  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1730  regulatory protein, TetR  37.13 
 
 		 201 aa  122  3e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0139  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.5 
 
 		 211 aa  120  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0390891  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0120  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.5 
 
 		 211 aa  120  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102544  normal  0.553113 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4076  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.5 
 
 		 211 aa  120  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4031  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.62 
 
 		 199 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.224768  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2889  DNA-binding transcriptional repressor FabR  39.68 
 
 		 232 aa  119  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0892  hypothetical protein  34.38 
 
 		 226 aa  118  4.9999999999999996e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.303522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4449  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.5 
 
 		 215 aa  118  4.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.563556  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4773  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.5 
 
 		 212 aa  119  4.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00222933  hitchhiker  0.00284138 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03848  DNA-binding transcriptional repressor  36.5 
 
 		 234 aa  118  6e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0143191  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4023  transcriptional regulator, TetR family  36.5 
 
 		 234 aa  118  6e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03797  hypothetical protein  36.5 
 
 		 234 aa  118  6e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0112282  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4197  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.5 
 
 		 215 aa  118  6e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00988726  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4504  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.5 
 
 		 215 aa  118  6e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00559066  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4053  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.5 
 
 		 234 aa  118  6e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.506107  normal  0.0185922 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4410  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.5 
 
 		 234 aa  118  6e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0500651  normal  0.0177189 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5426  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.5 
 
 		 234 aa  118  6e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0614494  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0189  DNA-binding transcriptional repressor FabR  35.5 
 
 		 213 aa  118  7e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.368893  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1257  TetR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 224 aa  118  7e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1274  TetR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 224 aa  118  7e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.941811 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1283  TetR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 224 aa  118  7e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20735  normal  0.25464 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0195  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36 
 
 		 213 aa  117  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.685771  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4023  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.5 
 
 		 213 aa  117  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.23914  normal  0.0336938 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1526  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 226 aa  116  3e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.97703  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3786  DNA-binding transcriptional repressor FabR  35.98 
 
 		 212 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0163  DNA-binding transcriptional repressor FabR  44.16 
 
 		 225 aa  115  5e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000509997  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0137  DNA-binding transcriptional repressor FabR  46.62 
 
 		 205 aa  115  6e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00297198  normal  0.372296 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0129  DNA-binding transcriptional repressor FabR  35.89 
 
 		 218 aa  115  6e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.555645  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03580  DNA-binding transcriptional repressor FabR  35.86 
 
 		 197 aa  114  6.9999999999999995e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.163329  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4711  DNA-binding transcriptional repressor FabR  46.62 
 
 		 204 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000633687  normal  0.0908035 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0230  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.05 
 
 		 205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220471  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0192  DNA-binding transcriptional repressor FabR  45.86 
 
 		 204 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0188643  normal  0.031406 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4339  DNA-binding transcriptional repressor FabR  46.21 
 
 		 205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000022912  hitchhiker  0.00000127177 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0124  DNA-binding transcriptional repressor FabR  46.62 
 
 		 205 aa  112  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000427607  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002153  unsaturated fatty acid biosythesis repressor FabR  37 
 
 		 213 aa  112  4.0000000000000004e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000110455  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2369  DNA-binding transcriptional repressor FabR  35.5 
 
 		 213 aa  112  4.0000000000000004e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123396  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0198  DNA-binding transcriptional repressor FabR  45.86 
 
 		 204 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0177  DNA-binding transcriptional repressor FabR  45.86 
 
 		 204 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0234685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0172  DNA-binding transcriptional repressor FabR  45.86 
 
 		 204 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.291893  normal  0.0249459 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4078  DNA-binding transcriptional repressor FabR  45.86 
 
 		 204 aa  111  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00684362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0178  DNA-binding transcriptional repressor FabR  45.86 
 
 		 204 aa  111  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00155373  normal  0.944765 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4180  DNA-binding transcriptional repressor FabR  45.86 
 
 		 204 aa  111  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0026827  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3541  DNA-binding transcriptional repressor FabR  45.86 
 
 		 204 aa  111  8.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.018845  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0175  DNA-binding transcriptional repressor FabR  45.86 
 
 		 204 aa  111  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0116142  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0179  DNA-binding transcriptional repressor FabR  45.86 
 
 		 204 aa  111  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00396424  normal  0.0559762 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00264  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36 
 
 		 213 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0359  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 		 233 aa  108  5e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1493  DNA-binding transcriptional repressor FabR  35.29 
 
 		 202 aa  100  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.132494  normal  0.0684627 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1912  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 235 aa  99.8  3e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000376024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3792  hypothetical protein  27.87 
 
 		 279 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44540  hypothetical protein  26.78 
 
 		 284 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.508928  normal  0.389288 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03880  transcriptional regulator TetR family  30.33 
 
 		 226 aa  82  0.000000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.568548  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2287  transcriptional regulator, TetR family  30.1 
 
 		 218 aa  81.3  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.101004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2300  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 		 229 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1957  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 229 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0421083  normal  0.138407 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2619  TetR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 235 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0254896  normal  0.89864 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1272  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 226 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3820  TetR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 212 aa  58.5  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1467  transcriptional regulator, TetR family  44.12 
 
 		 217 aa  51.2  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1845  transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 		 211 aa  49.7  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.025211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1493  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 200 aa  48.5  0.00008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4467  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 206 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0963408 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0444  TetR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 220 aa  48.1  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.275459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25170  transcriptional regulator, tetR family  32.41 
 
 		 222 aa  47  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193218  normal  0.642579 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1225  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 208 aa  46.2  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.657492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1709  transcriptional regulator, TetR family  26.76 
 
 		 198 aa  46.6  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2373  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 205 aa  45.4  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1893  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 206 aa  45.4  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3533  TetR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 237 aa  45.4  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0909277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2496  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 333 aa  45.1  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2444  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 211 aa  45.1  0.0007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0505938 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4304  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 202 aa  45.1  0.0008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.148025  normal  0.676238 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  35.94 
 
 		 196 aa  45.1  0.0008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  35.14 
 
 		 207 aa  45.1  0.0008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37010  transcriptional regulator  43.1 
 
 		 195 aa  44.3  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.545642 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1741  transcriptional regulator, TetR family  33.71 
 
 		 307 aa  44.3  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0132  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 204 aa  44.3  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.410533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0354  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 214 aa  44.3  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.774788 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3274  transcriptional regulator, TetR family  43.14 
 
 		 233 aa  44.7  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.570938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35560  transcriptional regulator  34.29 
 
 		 200 aa  44.3  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0144  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 224 aa  44.3  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.522541  decreased coverage  0.0000264507 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2159  TetR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 205 aa  43.5  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1653  TetR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 248 aa  43.5  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal  0.0709901 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>