187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03580 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03580  DNA-binding transcriptional repressor FabR  100 
 
 		 197 aa  398  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.163329  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4031  DNA-binding transcriptional repressor FabR  73.6 
 
 		 199 aa  289  2e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.224768  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4023  DNA-binding transcriptional repressor FabR  62.3 
 
 		 213 aa  237  1e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.23914  normal  0.0336938 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002153  unsaturated fatty acid biosythesis repressor FabR  64.4 
 
 		 213 aa  236  1e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000110455  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2889  DNA-binding transcriptional repressor FabR  64.4 
 
 		 232 aa  236  1e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0120  DNA-binding transcriptional repressor FabR  61.78 
 
 		 211 aa  236  2e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102544  normal  0.553113 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4076  DNA-binding transcriptional repressor FabR  61.78 
 
 		 211 aa  236  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0139  DNA-binding transcriptional repressor FabR  61.78 
 
 		 211 aa  236  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0390891  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4773  DNA-binding transcriptional repressor FabR  62.3 
 
 		 212 aa  236  2e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00222933  hitchhiker  0.00284138 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0189  DNA-binding transcriptional repressor FabR  62.3 
 
 		 213 aa  235  3e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.368893  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03848  DNA-binding transcriptional repressor  61.78 
 
 		 234 aa  235  4e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0143191  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4023  transcriptional regulator, TetR family  61.78 
 
 		 234 aa  235  4e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5426  DNA-binding transcriptional repressor FabR  61.78 
 
 		 234 aa  235  4e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0614494  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4449  DNA-binding transcriptional repressor FabR  61.78 
 
 		 215 aa  235  4e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.563556  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03797  hypothetical protein  61.78 
 
 		 234 aa  235  4e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0112282  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4053  DNA-binding transcriptional repressor FabR  61.78 
 
 		 234 aa  235  4e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.506107  normal  0.0185922 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4410  DNA-binding transcriptional repressor FabR  61.78 
 
 		 234 aa  235  4e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0500651  normal  0.0177189 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4504  DNA-binding transcriptional repressor FabR  61.78 
 
 		 215 aa  235  4e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00559066  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0195  DNA-binding transcriptional repressor FabR  61.78 
 
 		 213 aa  234  5.0000000000000005e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.685771  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4197  DNA-binding transcriptional repressor FabR  61.78 
 
 		 215 aa  234  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00988726  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0129  DNA-binding transcriptional repressor FabR  61.98 
 
 		 218 aa  234  7e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.555645  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3786  DNA-binding transcriptional repressor FabR  63.02 
 
 		 212 aa  234  8e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2369  DNA-binding transcriptional repressor FabR  63.87 
 
 		 213 aa  233  1.0000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123396  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00264  DNA-binding transcriptional repressor FabR  63.87 
 
 		 213 aa  233  1.0000000000000001e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0335  DNA-binding transcriptional repressor FabR  59.18 
 
 		 210 aa  227  8e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1708  DNA-binding transcriptional repressor FabR  55.9 
 
 		 219 aa  216  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000453712  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0124  DNA-binding transcriptional repressor FabR  57.07 
 
 		 205 aa  215  4e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000427607  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0192  DNA-binding transcriptional repressor FabR  56.54 
 
 		 204 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0188643  normal  0.031406 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0198  DNA-binding transcriptional repressor FabR  56.54 
 
 		 204 aa  210  7.999999999999999e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0177  DNA-binding transcriptional repressor FabR  56.54 
 
 		 204 aa  210  7.999999999999999e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0234685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0172  DNA-binding transcriptional repressor FabR  56.54 
 
 		 204 aa  210  7.999999999999999e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.291893  normal  0.0249459 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0179  DNA-binding transcriptional repressor FabR  56.54 
 
 		 204 aa  210  9e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00396424  normal  0.0559762 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4078  DNA-binding transcriptional repressor FabR  56.54 
 
 		 204 aa  210  9e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00684362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4180  DNA-binding transcriptional repressor FabR  56.54 
 
 		 204 aa  210  9e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0026827  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0175  DNA-binding transcriptional repressor FabR  56.54 
 
 		 204 aa  210  9e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0116142  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0178  DNA-binding transcriptional repressor FabR  56.54 
 
 		 204 aa  210  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00155373  normal  0.944765 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4339  DNA-binding transcriptional repressor FabR  56.54 
 
 		 205 aa  210  1e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000022912  hitchhiker  0.00000127177 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0230  DNA-binding transcriptional repressor FabR  56.54 
 
 		 205 aa  209  2e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220471  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3541  DNA-binding transcriptional repressor FabR  56.54 
 
 		 204 aa  209  2e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.018845  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0137  DNA-binding transcriptional repressor FabR  55.5 
 
 		 205 aa  206  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00297198  normal  0.372296 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4711  DNA-binding transcriptional repressor FabR  54.97 
 
 		 204 aa  205  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000633687  normal  0.0908035 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0163  DNA-binding transcriptional repressor FabR  55.5 
 
 		 225 aa  204  5e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000509997  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1493  DNA-binding transcriptional repressor FabR  49.21 
 
 		 202 aa  182  3e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.132494  normal  0.0684627 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03880  transcriptional regulator TetR family  45.79 
 
 		 226 aa  146  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.568548  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2287  transcriptional regulator, TetR family  42.02 
 
 		 218 aa  141  7e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.101004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4916  TetR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 211 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00715752  hitchhiker  0.000000000695443 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4737  TetR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 222 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0397829  hitchhiker  0.000000987598 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4859  TetR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 211 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.203125  hitchhiker  0.0000563821 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4652  TetR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 210 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104872  hitchhiker  0.00491998 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4450  regulatory protein, TetR  38.19 
 
 		 210 aa  118  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.870367  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4908  transcriptional regulator, TetR family  38.19 
 
 		 210 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0667  TetR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 232 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.764927  normal  0.0361684 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0564  TetR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 210 aa  114  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0896844  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3068  TetR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 207 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0906512  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64640  TetR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 209 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5613  hypothetical protein  34.34 
 
 		 209 aa  104  8e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1257  TetR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 224 aa  102  5e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1274  TetR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 224 aa  102  5e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.941811 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1283  TetR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 224 aa  102  5e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20735  normal  0.25464 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1578  regulatory protein TetR  34.16 
 
 		 231 aa  101  7e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.358729  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1626  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 222 aa  100  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432632 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4816  TetR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 244 aa  97.1  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0244477 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5663  transcriptional regulator, TetR family  43.28 
 
 		 214 aa  95.1  6e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44540  hypothetical protein  35.57 
 
 		 284 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.508928  normal  0.389288 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3792  hypothetical protein  35.57 
 
 		 279 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1730  regulatory protein, TetR  31.98 
 
 		 201 aa  92  5e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0359  transcriptional regulator, TetR family  34.01 
 
 		 233 aa  87.4  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0892  hypothetical protein  34.29 
 
 		 226 aa  82  0.000000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.303522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1526  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 226 aa  80.9  0.00000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.97703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1912  TetR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 235 aa  79  0.00000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000376024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3820  TetR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 212 aa  78.2  0.00000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2619  TetR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 235 aa  78.2  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0254896  normal  0.89864 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1957  TetR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 229 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0421083  normal  0.138407 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2300  transcriptional regulator, TetR family  30.34 
 
 		 229 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1272  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 226 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1032  transcriptional regulator, TetR family  32.46 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1827  TetR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 246 aa  54.7  0.0000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1874  TetR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 246 aa  54.7  0.0000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0418563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1808  TetR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 246 aa  54.7  0.0000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.229482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 212 aa  53.1  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0444  TetR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 220 aa  53.1  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.275459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1098  regulatory protein TetR  33.33 
 
 		 206 aa  52  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0305  transcriptional regulator, TetR family  22.1 
 
 		 215 aa  52  0.000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.437849  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13066  AsnC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 246 aa  51.2  0.000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.117427 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2204  regulatory protein, TetR  26.47 
 
 		 235 aa  50.1  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0381  TetR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.336534  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5132  transcriptional regulator, TetR family  49.09 
 
 		 211 aa  49.3  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.60522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2056  TetR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 253 aa  49.3  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.391496 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2656  transcriptional regulator, TetR family  27.5 
 
 		 212 aa  48.9  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000478919  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0782  transcriptional regulator, TetR family  39.44 
 
 		 295 aa  48.9  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.876045  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2778  TetR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 205 aa  48.9  0.00005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1405  transcriptional regulator, TetR family  29.46 
 
 		 212 aa  48.5  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.408275 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2134  transcriptional regulator, TetR family  26.15 
 
 		 219 aa  48.5  0.00006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00399747  normal  0.0273951 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1265  transcriptional regulator, TetR family  32.41 
 
 		 249 aa  48.5  0.00006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0071426 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3195  regulatory protein  35.09 
 
 		 181 aa  48.5  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0784  transcriptional regulator, TetR family  32.73 
 
 		 197 aa  48.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4290  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 246 aa  48.1  0.00008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.362272  normal  0.446856 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0005  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 195 aa  48.1  0.00009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0931339  normal  0.381518 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2993  TetR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 206 aa  47.8  0.00009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0994  transcriptional regulator, TetR family  24.16 
 
 		 271 aa  47.4  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>