145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4859 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4859  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
211 aa  427  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.203125  hitchhiker  0.0000563821 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4737  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
222 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0397829  hitchhiker  0.000000987598 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4916  TetR family transcriptional regulator  98.56 
 
 
211 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00715752  hitchhiker  0.000000000695443 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4652  TetR family transcriptional regulator  91.9 
 
 
210 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104872  hitchhiker  0.00491998 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0564  TetR family transcriptional regulator  74.04 
 
 
210 aa  319  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0896844  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4450  regulatory protein, TetR  72.6 
 
 
210 aa  309  2e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.870367  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4908  transcriptional regulator, TetR family  72.6 
 
 
210 aa  308  5e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0667  TetR family transcriptional regulator  67.94 
 
 
232 aa  284  5.999999999999999e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.764927  normal  0.0361684 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5613  hypothetical protein  72.12 
 
 
209 aa  282  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64640  TetR family transcriptional regulator  72.55 
 
 
209 aa  281  5.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3068  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
207 aa  139  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0906512  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1578  regulatory protein TetR  39.81 
 
 
231 aa  127  9.000000000000001e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.358729  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03580  DNA-binding transcriptional repressor FabR  40.2 
 
 
197 aa  126  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.163329  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1730  regulatory protein, TetR  38.69 
 
 
201 aa  125  4.0000000000000003e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1708  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.1 
 
 
219 aa  123  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000453712  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4031  DNA-binding transcriptional repressor FabR  39.51 
 
 
199 aa  122  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.224768  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03848  DNA-binding transcriptional repressor  37.93 
 
 
234 aa  119  3e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0143191  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4023  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 
234 aa  119  3e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03797  hypothetical protein  37.93 
 
 
234 aa  119  3e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0112282  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4449  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38 
 
 
215 aa  119  3e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.563556  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5426  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.93 
 
 
234 aa  119  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0614494  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4504  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38 
 
 
215 aa  119  3e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00559066  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4053  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.93 
 
 
234 aa  119  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.506107  normal  0.0185922 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4410  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.93 
 
 
234 aa  119  3e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0500651  normal  0.0177189 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4197  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38 
 
 
215 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00988726  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4816  TetR family transcriptional regulator  35.78 
 
 
244 aa  118  7e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0244477 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4023  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.44 
 
 
213 aa  118  7.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.23914  normal  0.0336938 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3786  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.09 
 
 
212 aa  116  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0892  hypothetical protein  33.18 
 
 
226 aa  116  3e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.303522  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5663  transcriptional regulator, TetR family  41.9 
 
 
214 aa  115  3.9999999999999997e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0189  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.5 
 
 
213 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.368893  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0139  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.5 
 
 
211 aa  115  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0390891  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0120  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.5 
 
 
211 aa  115  5e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102544  normal  0.553113 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4076  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.5 
 
 
211 aa  115  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0195  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37 
 
 
213 aa  115  6e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.685771  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0335  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.06 
 
 
210 aa  114  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1526  TetR family transcriptional regulator  34.53 
 
 
226 aa  114  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.97703  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1626  TetR family transcriptional regulator  35.61 
 
 
222 aa  113  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0432632 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4773  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.5 
 
 
212 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00222933  hitchhiker  0.00284138 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0129  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.79 
 
 
218 aa  113  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.555645  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2889  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37 
 
 
232 aa  107  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002153  unsaturated fatty acid biosythesis repressor FabR  35.61 
 
 
213 aa  106  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000110455  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00264  DNA-binding transcriptional repressor FabR  35.12 
 
 
213 aa  106  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2369  DNA-binding transcriptional repressor FabR  35.64 
 
 
213 aa  105  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123396  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1257  TetR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
224 aa  104  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1274  TetR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
224 aa  104  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.941811 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1283  TetR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
224 aa  104  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20735  normal  0.25464 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0124  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.1 
 
 
205 aa  102  4e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000427607  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1912  TetR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
235 aa  101  8e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000376024  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0230  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.61 
 
 
205 aa  101  9e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220471  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0198  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.61 
 
 
204 aa  100  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4078  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.61 
 
 
204 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00684362  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0177  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.61 
 
 
204 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0234685  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0172  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.61 
 
 
204 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.291893  normal  0.0249459 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0178  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.61 
 
 
204 aa  100  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00155373  normal  0.944765 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4180  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.61 
 
 
204 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0026827  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3541  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.61 
 
 
204 aa  100  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.018845  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0175  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.61 
 
 
204 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0116142  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0179  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.61 
 
 
204 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00396424  normal  0.0559762 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0137  DNA-binding transcriptional repressor FabR  42.86 
 
 
205 aa  99.4  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00297198  normal  0.372296 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4339  DNA-binding transcriptional repressor FabR  44.72 
 
 
205 aa  99.4  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000022912  hitchhiker  0.00000127177 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4711  DNA-binding transcriptional repressor FabR  42.86 
 
 
204 aa  99  5e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000633687  normal  0.0908035 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0163  DNA-binding transcriptional repressor FabR  42.86 
 
 
225 aa  98.6  6e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000509997  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3792  hypothetical protein  29.3 
 
 
279 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0192  DNA-binding transcriptional repressor FabR  42.11 
 
 
204 aa  96.7  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0188643  normal  0.031406 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0359  transcriptional regulator, TetR family  39.64 
 
 
233 aa  96.7  2e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44540  hypothetical protein  28.84 
 
 
284 aa  95.5  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.508928  normal  0.389288 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03880  transcriptional regulator TetR family  32 
 
 
226 aa  89.7  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.568548  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1493  DNA-binding transcriptional repressor FabR  32.35 
 
 
202 aa  89.4  4e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.132494  normal  0.0684627 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2287  transcriptional regulator, TetR family  32.82 
 
 
218 aa  82.8  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.101004  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2619  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
235 aa  81.6  0.000000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0254896  normal  0.89864 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2300  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 
229 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1957  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 
229 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0421083  normal  0.138407 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3820  TetR family transcriptional regulator  23.89 
 
 
212 aa  60.8  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1493  TetR family transcriptional regulator  40.79 
 
 
200 aa  54.3  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2444  transcriptional regulator, TetR family  39.74 
 
 
211 aa  52.4  0.000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0505938 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1272  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 
226 aa  52.8  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0144  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 
224 aa  51.2  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.522541  decreased coverage  0.0000264507 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35560  transcriptional regulator  40 
 
 
200 aa  48.9  0.00005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1467  transcriptional regulator, TetR family  41.79 
 
 
217 aa  48.5  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0138  TetR family transcriptional regulator  27.86 
 
 
218 aa  47.4  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1225  TetR family transcriptional regulator  44.12 
 
 
208 aa  46.2  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.657492  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5023  TetR family transcriptional regulator  32.91 
 
 
202 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1709  transcriptional regulator, TetR family  27.21 
 
 
198 aa  45.8  0.0005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1458  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 
209 aa  45.8  0.0005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.121951 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1596  hypothetical protein  26.32 
 
 
205 aa  45.4  0.0007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0318645  normal  0.570188 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0438  transcriptional regulator, TetR family  30.61 
 
 
219 aa  44.7  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.275927  normal  0.867846 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0360  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 
193 aa  44.7  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2515  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 
202 aa  44.7  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.326335 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5311  transcriptional regulator, TetR family  38.67 
 
 
210 aa  43.5  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4869  regulatory protein, TetR  38.67 
 
 
224 aa  43.9  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0170  transcriptional regulator, TetR family  41.38 
 
 
201 aa  43.9  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.307357  hitchhiker  0.00190078 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2094  transcriptional regulator, TetR family  32.81 
 
 
186 aa  43.5  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000324065 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1260  transcriptional regulator, TetR family  41.07 
 
 
222 aa  43.5  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.194739 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5718  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 
212 aa  43.5  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.283499  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1972  transcriptional regulator, TetR family  35.78 
 
 
203 aa  43.5  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000120212  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3036  regulatory protein, TetR  42.19 
 
 
216 aa  43.1  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0300267  normal  0.0658454 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2354  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 
205 aa  43.1  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0147944  normal  0.332572 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1728  TetR family transcriptional regulator  36.51 
 
 
214 aa  43.1  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.689181 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  48.15 
 
 
203 aa  43.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>