250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1730 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_1730  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 201 aa  392  1e-108  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4816  TetR family transcriptional regulator  50.76 
 
 		 244 aa  191  6e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0244477 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1257  TetR family transcriptional regulator  51.53 
 
 		 224 aa  186  2e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1274  TetR family transcriptional regulator  51.53 
 
 		 224 aa  186  2e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.941811 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1626  TetR family transcriptional regulator  49.24 
 
 		 222 aa  186  2e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432632 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1283  TetR family transcriptional regulator  51.53 
 
 		 224 aa  186  2e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20735  normal  0.25464 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5663  transcriptional regulator, TetR family  51.01 
 
 		 214 aa  181  5.0000000000000004e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1578  regulatory protein TetR  41.15 
 
 		 231 aa  147  8e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.358729  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4916  TetR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 211 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00715752  hitchhiker  0.000000000695443 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4737  TetR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 222 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0397829  hitchhiker  0.000000987598 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4859  TetR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 211 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.203125  hitchhiker  0.0000563821 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4450  regulatory protein, TetR  37.81 
 
 		 210 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.870367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0564  TetR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 210 aa  122  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0896844  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4908  transcriptional regulator, TetR family  37.81 
 
 		 210 aa  122  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4652  TetR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 210 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104872  hitchhiker  0.00491998 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0359  transcriptional regulator, TetR family  40.1 
 
 		 233 aa  122  4e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1708  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.33 
 
 		 219 aa  114  6.9999999999999995e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000453712  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3068  TetR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 207 aa  109  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0906512  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64640  TetR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 209 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5613  hypothetical protein  34.3 
 
 		 209 aa  105  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0892  hypothetical protein  33.02 
 
 		 226 aa  105  7e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.303522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0667  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 232 aa  103  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.764927  normal  0.0361684 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4076  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.85 
 
 		 211 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1526  TetR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.97703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0139  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.85 
 
 		 211 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0390891  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0120  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.85 
 
 		 211 aa  103  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102544  normal  0.553113 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1912  TetR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 235 aa  103  2e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000376024  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03848  DNA-binding transcriptional repressor  34.63 
 
 		 234 aa  100  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0143191  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4023  transcriptional regulator, TetR family  34.63 
 
 		 234 aa  100  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03797  hypothetical protein  34.63 
 
 		 234 aa  100  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0112282  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4410  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.63 
 
 		 234 aa  100  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0500651  normal  0.0177189 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5426  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.63 
 
 		 234 aa  100  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0614494  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4053  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.63 
 
 		 234 aa  100  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.506107  normal  0.0185922 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0189  DNA-binding transcriptional repressor FabR  35.2 
 
 		 213 aa  100  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.368893  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4504  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.63 
 
 		 215 aa  100  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00559066  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4449  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.63 
 
 		 215 aa  100  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.563556  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4197  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.63 
 
 		 215 aa  100  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00988726  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4773  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.34 
 
 		 212 aa  99.4  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00222933  hitchhiker  0.00284138 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0195  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.85 
 
 		 213 aa  99.4  3e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.685771  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4023  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.34 
 
 		 213 aa  99.8  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.23914  normal  0.0336938 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0335  DNA-binding transcriptional repressor FabR  33.68 
 
 		 210 aa  99  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0129  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.04 
 
 		 218 aa  99  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.555645  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3786  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.17 
 
 		 212 aa  98.2  8e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0124  DNA-binding transcriptional repressor FabR  35.2 
 
 		 205 aa  94.7  8e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000427607  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0230  DNA-binding transcriptional repressor FabR  35.2 
 
 		 205 aa  93.2  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220471  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0198  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.38 
 
 		 204 aa  92  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0177  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.38 
 
 		 204 aa  92  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0234685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0172  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.38 
 
 		 204 aa  92  5e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.291893  normal  0.0249459 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03580  DNA-binding transcriptional repressor FabR  31.98 
 
 		 197 aa  92  6e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.163329  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2889  DNA-binding transcriptional repressor FabR  32.99 
 
 		 232 aa  92  6e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0178  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.38 
 
 		 204 aa  91.7  8e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00155373  normal  0.944765 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4078  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.38 
 
 		 204 aa  90.9  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00684362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4180  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.38 
 
 		 204 aa  90.9  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0026827  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0175  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.38 
 
 		 204 aa  90.9  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0116142  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0179  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.38 
 
 		 204 aa  90.9  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00396424  normal  0.0559762 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3541  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.38 
 
 		 204 aa  90.9  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.018845  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00264  DNA-binding transcriptional repressor FabR  30.96 
 
 		 213 aa  89.7  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002153  unsaturated fatty acid biosythesis repressor FabR  31.12 
 
 		 213 aa  89.4  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000110455  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0192  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.54 
 
 		 204 aa  88.6  5e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0188643  normal  0.031406 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0137  DNA-binding transcriptional repressor FabR  33.68 
 
 		 205 aa  87.8  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00297198  normal  0.372296 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2369  DNA-binding transcriptional repressor FabR  30.96 
 
 		 213 aa  85.9  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123396  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4031  DNA-binding transcriptional repressor FabR  32.51 
 
 		 199 aa  85.9  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.224768  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4711  DNA-binding transcriptional repressor FabR  32.29 
 
 		 204 aa  85.1  6e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000633687  normal  0.0908035 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0163  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.92 
 
 		 225 aa  85.1  6e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000509997  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2287  transcriptional regulator, TetR family  32.49 
 
 		 218 aa  84  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.101004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4339  DNA-binding transcriptional repressor FabR  31.25 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000022912  hitchhiker  0.00000127177 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03880  transcriptional regulator TetR family  32.28 
 
 		 226 aa  80.1  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.568548  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1493  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.23 
 
 		 202 aa  75.9  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.132494  normal  0.0684627 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3792  hypothetical protein  28.57 
 
 		 279 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44540  hypothetical protein  29.17 
 
 		 284 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.508928  normal  0.389288 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2300  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 229 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2619  TetR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 235 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0254896  normal  0.89864 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  39.68 
 
 		 203 aa  51.2  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0868  transcriptional regulator, TetR family  36.99 
 
 		 230 aa  50.1  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.200185 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3533  TetR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 237 aa  50.1  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0909277  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 207 aa  50.1  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5146  transcriptional regulator PhaD  28.15 
 
 		 204 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2048  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 249 aa  49.3  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3820  TetR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 212 aa  49.7  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0391  TetR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 206 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.799275  normal  0.207381 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1957  TetR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 229 aa  49.3  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0421083  normal  0.138407 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0655  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 254 aa  48.9  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5718  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 212 aa  48.9  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.283499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2591  transcriptional regulator, TetR family  34.26 
 
 		 192 aa  48.5  0.00006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.266738 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1336  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 200 aa  48.5  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010036 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0042  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 219 aa  48.5  0.00006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.664551  normal  0.814156 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0444  TetR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 220 aa  48.5  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.275459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2754  regulatory protein, TetR  44.44 
 
 		 219 aa  48.1  0.00008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.396057  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0458  TetR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 204 aa  48.1  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1156  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 193 aa  48.1  0.00009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.813518  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0515  transcriptional regulator, TetR family  35.82 
 
 		 211 aa  48.1  0.00009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 291 aa  47.8  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2285  transcriptional regulator, TetR family  33.98 
 
 		 213 aa  47.8  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3221  TetR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 232 aa  47.8  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0982  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 193 aa  47.4  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0971  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 193 aa  47.4  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1864  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 204 aa  47  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.370614  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1088  transcriptional regulator, TetR family  40.32 
 
 		 193 aa  47  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1052  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 193 aa  47.4  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4409  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 220 aa  47  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.182996  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>