199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0335 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0335  DNA-binding transcriptional repressor FabR  100 
 
 		 210 aa  419  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00264  DNA-binding transcriptional repressor FabR  66.34 
 
 		 213 aa  270  1e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2369  DNA-binding transcriptional repressor FabR  69.07 
 
 		 213 aa  268  4e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123396  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002153  unsaturated fatty acid biosythesis repressor FabR  66.34 
 
 		 213 aa  268  5.9999999999999995e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000110455  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4023  DNA-binding transcriptional repressor FabR  68.37 
 
 		 213 aa  265  4e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.23914  normal  0.0336938 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1493  DNA-binding transcriptional repressor FabR  65.02 
 
 		 202 aa  262  2e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.132494  normal  0.0684627 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4773  DNA-binding transcriptional repressor FabR  68.56 
 
 		 212 aa  262  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00222933  hitchhiker  0.00284138 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4197  DNA-binding transcriptional repressor FabR  69.07 
 
 		 215 aa  262  4e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00988726  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03848  DNA-binding transcriptional repressor  68.56 
 
 		 234 aa  261  4.999999999999999e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0143191  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4023  transcriptional regulator, TetR family  68.56 
 
 		 234 aa  261  4.999999999999999e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4410  DNA-binding transcriptional repressor FabR  68.56 
 
 		 234 aa  261  4.999999999999999e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0500651  normal  0.0177189 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03797  hypothetical protein  68.56 
 
 		 234 aa  261  4.999999999999999e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0112282  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0189  DNA-binding transcriptional repressor FabR  68.56 
 
 		 213 aa  261  4.999999999999999e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.368893  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4504  DNA-binding transcriptional repressor FabR  68.56 
 
 		 215 aa  261  4.999999999999999e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00559066  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5426  DNA-binding transcriptional repressor FabR  68.56 
 
 		 234 aa  261  4.999999999999999e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0614494  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0120  DNA-binding transcriptional repressor FabR  68.04 
 
 		 211 aa  261  4.999999999999999e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102544  normal  0.553113 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4076  DNA-binding transcriptional repressor FabR  68.04 
 
 		 211 aa  261  4.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4053  DNA-binding transcriptional repressor FabR  68.56 
 
 		 234 aa  261  4.999999999999999e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.506107  normal  0.0185922 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0139  DNA-binding transcriptional repressor FabR  68.04 
 
 		 211 aa  261  4.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0390891  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4449  DNA-binding transcriptional repressor FabR  68.04 
 
 		 215 aa  260  8e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.563556  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0195  DNA-binding transcriptional repressor FabR  67.53 
 
 		 213 aa  259  2e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.685771  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0129  DNA-binding transcriptional repressor FabR  68.21 
 
 		 218 aa  258  4e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.555645  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3786  DNA-binding transcriptional repressor FabR  68.72 
 
 		 212 aa  257  9e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0198  DNA-binding transcriptional repressor FabR  64.43 
 
 		 204 aa  252  3e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0177  DNA-binding transcriptional repressor FabR  64.43 
 
 		 204 aa  252  3e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0234685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0172  DNA-binding transcriptional repressor FabR  64.43 
 
 		 204 aa  252  3e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.291893  normal  0.0249459 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0178  DNA-binding transcriptional repressor FabR  64.43 
 
 		 204 aa  252  3e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00155373  normal  0.944765 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0230  DNA-binding transcriptional repressor FabR  65.46 
 
 		 205 aa  251  4.0000000000000004e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220471  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0192  DNA-binding transcriptional repressor FabR  63.92 
 
 		 204 aa  251  4.0000000000000004e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0188643  normal  0.031406 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0137  DNA-binding transcriptional repressor FabR  63.27 
 
 		 205 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00297198  normal  0.372296 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3541  DNA-binding transcriptional repressor FabR  64.43 
 
 		 204 aa  251  4.0000000000000004e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.018845  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4078  DNA-binding transcriptional repressor FabR  64.43 
 
 		 204 aa  251  7e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00684362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0179  DNA-binding transcriptional repressor FabR  64.43 
 
 		 204 aa  251  7e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00396424  normal  0.0559762 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4180  DNA-binding transcriptional repressor FabR  64.43 
 
 		 204 aa  251  7e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0026827  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0175  DNA-binding transcriptional repressor FabR  64.43 
 
 		 204 aa  251  7e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0116142  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0124  DNA-binding transcriptional repressor FabR  65.46 
 
 		 205 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000427607  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2889  DNA-binding transcriptional repressor FabR  63.05 
 
 		 232 aa  251  8.000000000000001e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4339  DNA-binding transcriptional repressor FabR  62.76 
 
 		 205 aa  250  1e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000022912  hitchhiker  0.00000127177 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4711  DNA-binding transcriptional repressor FabR  62.24 
 
 		 204 aa  248  4e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000633687  normal  0.0908035 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0163  DNA-binding transcriptional repressor FabR  60.89 
 
 		 225 aa  248  5e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000509997  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4031  DNA-binding transcriptional repressor FabR  61.86 
 
 		 199 aa  227  8e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.224768  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03580  DNA-binding transcriptional repressor FabR  59.18 
 
 		 197 aa  227  9e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.163329  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1708  DNA-binding transcriptional repressor FabR  55.22 
 
 		 219 aa  206  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000453712  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03880  transcriptional regulator TetR family  45.08 
 
 		 226 aa  135  5e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.568548  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2287  transcriptional regulator, TetR family  41.58 
 
 		 218 aa  134  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.101004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0564  TetR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 210 aa  123  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0896844  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4450  regulatory protein, TetR  39.9 
 
 		 210 aa  122  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.870367  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4908  transcriptional regulator, TetR family  39.9 
 
 		 210 aa  121  8e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4816  TetR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 244 aa  117  9.999999999999999e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0244477 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4916  TetR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 211 aa  115  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00715752  hitchhiker  0.000000000695443 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4859  TetR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 211 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.203125  hitchhiker  0.0000563821 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3068  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 207 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0906512  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4737  TetR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 222 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0397829  hitchhiker  0.000000987598 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0667  TetR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 232 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.764927  normal  0.0361684 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1626  TetR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 222 aa  112  6e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432632 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5663  transcriptional regulator, TetR family  39.8 
 
 		 214 aa  111  8.000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4652  TetR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 210 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104872  hitchhiker  0.00491998 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64640  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 209 aa  109  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5613  hypothetical protein  35.82 
 
 		 209 aa  109  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1578  regulatory protein TetR  35.68 
 
 		 231 aa  106  2e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.358729  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1257  TetR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 224 aa  105  5e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0359  transcriptional regulator, TetR family  37.06 
 
 		 233 aa  105  5e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1274  TetR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 224 aa  105  5e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.941811 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1283  TetR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 224 aa  105  5e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20735  normal  0.25464 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1730  regulatory protein, TetR  33.68 
 
 		 201 aa  99  4e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0892  hypothetical protein  33.33 
 
 		 226 aa  86.3  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.303522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1526  TetR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 226 aa  86.7  3e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.97703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44540  hypothetical protein  36.36 
 
 		 284 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.508928  normal  0.389288 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1912  TetR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 235 aa  84  0.000000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000376024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3792  hypothetical protein  35.82 
 
 		 279 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2300  transcriptional regulator, TetR family  35.82 
 
 		 229 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1957  TetR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 229 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0421083  normal  0.138407 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3820  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 212 aa  66.6  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2619  TetR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 235 aa  64.7  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0254896  normal  0.89864 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1272  TetR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 226 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1827  TetR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 246 aa  56.2  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1874  TetR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 246 aa  56.2  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0418563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1808  TetR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 246 aa  56.2  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.229482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2778  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1204  transcriptional regulator, TetR family  26.95 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.260768  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13066  AsnC family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 246 aa  56.2  0.0000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.117427 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4588  transcriptional regulator, TetR family  26.61 
 
 		 206 aa  54.7  0.0000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.112472 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3020  transcriptional regulator, TetR family  24.32 
 
 		 213 aa  52  0.000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000370253  normal  0.25528 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4290  TetR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 246 aa  51.6  0.000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.362272  normal  0.446856 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4672  TetR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 224 aa  51.6  0.000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.959951  normal  0.170381 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1795  TetR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 224 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141886 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0130  TetR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2190  TetR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 223 aa  50.4  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2993  TetR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 206 aa  49.7  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  40.3 
 
 		 207 aa  49.3  0.00004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3756  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 193 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 212 aa  48.5  0.00006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2056  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 253 aa  48.9  0.00006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.391496 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1397  TetR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 224 aa  48.5  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.515474  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1415  TetR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 224 aa  48.5  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2486  transcriptional regulator, TetR family  26.87 
 
 		 200 aa  48.5  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00165208  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2007  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 193 aa  48.5  0.00008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1451  TetR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 224 aa  48.1  0.00009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9154  putative transcriptional regulator, TetR family  41.94 
 
 		 226 aa  47.4  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.231214  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1972  transcriptional regulator, TetR family  47.92 
 
 		 203 aa  47.8  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000120212  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>