100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_03880 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_03880  transcriptional regulator TetR family  100 
 
 		 226 aa  448  1e-125  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.568548  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2287  transcriptional regulator, TetR family  80.29 
 
 		 218 aa  326  2.0000000000000001e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.101004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1708  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.22 
 
 		 219 aa  146  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000453712  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03580  DNA-binding transcriptional repressor FabR  45.79 
 
 		 197 aa  146  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.163329  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0124  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.98 
 
 		 205 aa  135  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000427607  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0335  DNA-binding transcriptional repressor FabR  45.08 
 
 		 210 aa  135  5e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002153  unsaturated fatty acid biosythesis repressor FabR  45.5 
 
 		 213 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000110455  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0129  DNA-binding transcriptional repressor FabR  42.44 
 
 		 218 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.555645  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0230  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.81 
 
 		 205 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220471  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00264  DNA-binding transcriptional repressor FabR  44.97 
 
 		 213 aa  133  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0189  DNA-binding transcriptional repressor FabR  44.79 
 
 		 213 aa  132  5e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.368893  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2369  DNA-binding transcriptional repressor FabR  44.97 
 
 		 213 aa  131  7.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123396  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0195  DNA-binding transcriptional repressor FabR  44.27 
 
 		 213 aa  131  9e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.685771  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4031  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.98 
 
 		 199 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.224768  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2889  DNA-binding transcriptional repressor FabR  45.03 
 
 		 232 aa  129  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3786  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.23 
 
 		 212 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4023  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.75 
 
 		 213 aa  129  5.0000000000000004e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.23914  normal  0.0336938 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4410  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.75 
 
 		 234 aa  128  6e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0500651  normal  0.0177189 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5426  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.75 
 
 		 234 aa  128  6e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0614494  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4053  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.75 
 
 		 234 aa  128  6e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.506107  normal  0.0185922 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03848  DNA-binding transcriptional repressor  43.75 
 
 		 234 aa  128  6e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0143191  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03797  hypothetical protein  43.75 
 
 		 234 aa  128  6e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0112282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4023  transcriptional regulator, TetR family  43.75 
 
 		 234 aa  128  6e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4449  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.75 
 
 		 215 aa  128  7.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.563556  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4504  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.75 
 
 		 215 aa  128  7.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00559066  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4197  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.75 
 
 		 215 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00988726  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4773  DNA-binding transcriptional repressor FabR  41.87 
 
 		 212 aa  126  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00222933  hitchhiker  0.00284138 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0139  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.23 
 
 		 211 aa  125  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0390891  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4076  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.23 
 
 		 211 aa  125  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0120  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.23 
 
 		 211 aa  125  5e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102544  normal  0.553113 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0198  DNA-binding transcriptional repressor FabR  41.75 
 
 		 204 aa  125  5e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0178  DNA-binding transcriptional repressor FabR  41.75 
 
 		 204 aa  125  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00155373  normal  0.944765 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0172  DNA-binding transcriptional repressor FabR  41.75 
 
 		 204 aa  125  5e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.291893  normal  0.0249459 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0177  DNA-binding transcriptional repressor FabR  41.75 
 
 		 204 aa  125  5e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0234685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4180  DNA-binding transcriptional repressor FabR  41.03 
 
 		 204 aa  125  6e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0026827  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4078  DNA-binding transcriptional repressor FabR  41.03 
 
 		 204 aa  125  6e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00684362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0179  DNA-binding transcriptional repressor FabR  41.03 
 
 		 204 aa  125  6e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00396424  normal  0.0559762 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0175  DNA-binding transcriptional repressor FabR  41.03 
 
 		 204 aa  125  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0116142  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3541  DNA-binding transcriptional repressor FabR  41.75 
 
 		 204 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.018845  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0137  DNA-binding transcriptional repressor FabR  40.41 
 
 		 205 aa  122  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00297198  normal  0.372296 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4339  DNA-binding transcriptional repressor FabR  40.41 
 
 		 205 aa  122  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000022912  hitchhiker  0.00000127177 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0192  DNA-binding transcriptional repressor FabR  39.18 
 
 		 204 aa  121  8e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0188643  normal  0.031406 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4711  DNA-binding transcriptional repressor FabR  39.9 
 
 		 204 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000633687  normal  0.0908035 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0163  DNA-binding transcriptional repressor FabR  41.67 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000509997  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1493  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.17 
 
 		 202 aa  100  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.132494  normal  0.0684627 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4908  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 210 aa  98.6  7e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3068  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 207 aa  98.2  8e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0906512  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4450  regulatory protein, TetR  34.13 
 
 		 210 aa  98.2  9e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.870367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0667  TetR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 232 aa  91.7  8e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.764927  normal  0.0361684 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4916  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 211 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00715752  hitchhiker  0.000000000695443 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4652  TetR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 210 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104872  hitchhiker  0.00491998 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4859  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 211 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.203125  hitchhiker  0.0000563821 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4737  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 222 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0397829  hitchhiker  0.000000987598 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5663  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 		 214 aa  86.3  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1626  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 222 aa  82  0.000000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432632 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0564  TetR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 210 aa  82  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0896844  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1730  regulatory protein, TetR  32.28 
 
 		 201 aa  80.1  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0359  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 233 aa  77.8  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4816  TetR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 244 aa  77.8  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0244477 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1283  TetR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20735  normal  0.25464 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1257  TetR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1274  TetR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.941811 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1578  regulatory protein TetR  28.64 
 
 		 231 aa  73.2  0.000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.358729  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3820  TetR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 212 aa  68.9  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44540  hypothetical protein  27.54 
 
 		 284 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.508928  normal  0.389288 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3792  hypothetical protein  27.35 
 
 		 279 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1957  TetR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 229 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0421083  normal  0.138407 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2300  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 229 aa  67  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5613  hypothetical protein  28.78 
 
 		 209 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64640  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 209 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0892  hypothetical protein  28.99 
 
 		 226 aa  61.6  0.00000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.303522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1526  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 226 aa  61.2  0.00000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.97703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1912  TetR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 235 aa  58.2  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000376024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1272  TetR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 226 aa  54.3  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2619  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 235 aa  52  0.000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0254896  normal  0.89864 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0130  TetR family transcriptional regulator  23.5 
 
 		 212 aa  50.8  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2480  transcriptional regulator, TetR family  26.2 
 
 		 221 aa  48.1  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0883171  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1040  regulatory protein TetR  43.33 
 
 		 219 aa  48.1  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.591621  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2565  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 248 aa  47  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000672076  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3378  regulatory protein TetR  34.31 
 
 		 196 aa  47  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2209  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 205 aa  46.2  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.539658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0515  transcriptional regulator, TetR family  28.04 
 
 		 211 aa  44.7  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0865  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 211 aa  44.3  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1045  transcriptional regulator, TetR family  30.59 
 
 		 203 aa  43.9  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00830488  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 211 aa  43.5  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1972  transcriptional regulator, TetR family  45.83 
 
 		 203 aa  43.1  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000120212  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3020  transcriptional regulator, TetR family  24.32 
 
 		 213 aa  42.7  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000370253  normal  0.25528 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3274  transcriptional regulator, TetR family  42.65 
 
 		 233 aa  42.7  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.570938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5084  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 193 aa  42.7  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0832  transcriptional regulator, TetR family  32.79 
 
 		 196 aa  42.4  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3410  TetR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 196 aa  42.4  0.006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000655293  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0646  TetR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 213 aa  42.4  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3307  transcriptional regulator, TetR family  22.02 
 
 		 180 aa  42  0.007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0386151  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0641  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 208 aa  42  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3209  TetR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 224 aa  41.6  0.009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3262  TetR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 224 aa  41.6  0.009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.376016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3200  TetR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 224 aa  41.6  0.009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.415485  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2301  transcriptional regulator, TetR family  39.62 
 
 		 197 aa  41.6  0.009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6164  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 285 aa  41.6  0.01  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0223  transcriptional regulator, TetR family  31.15 
 
 		 195 aa  41.6  0.01  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000853805  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>