177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0137 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0137  DNA-binding transcriptional repressor FabR  100 
 
 		 205 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00297198  normal  0.372296 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4711  DNA-binding transcriptional repressor FabR  96.06 
 
 		 204 aa  396  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000633687  normal  0.0908035 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4339  DNA-binding transcriptional repressor FabR  93.66 
 
 		 205 aa  393  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000022912  hitchhiker  0.00000127177 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0198  DNA-binding transcriptional repressor FabR  93.63 
 
 		 204 aa  387  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0177  DNA-binding transcriptional repressor FabR  93.63 
 
 		 204 aa  387  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0234685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0172  DNA-binding transcriptional repressor FabR  93.63 
 
 		 204 aa  387  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.291893  normal  0.0249459 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0178  DNA-binding transcriptional repressor FabR  93.63 
 
 		 204 aa  387  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00155373  normal  0.944765 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3541  DNA-binding transcriptional repressor FabR  94.12 
 
 		 204 aa  387  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.018845  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0179  DNA-binding transcriptional repressor FabR  93.63 
 
 		 204 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00396424  normal  0.0559762 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4078  DNA-binding transcriptional repressor FabR  93.63 
 
 		 204 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00684362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4180  DNA-binding transcriptional repressor FabR  93.63 
 
 		 204 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0026827  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0175  DNA-binding transcriptional repressor FabR  93.63 
 
 		 204 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0116142  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0163  DNA-binding transcriptional repressor FabR  92.61 
 
 		 225 aa  383  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000509997  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0192  DNA-binding transcriptional repressor FabR  91.09 
 
 		 204 aa  377  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0188643  normal  0.031406 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0230  DNA-binding transcriptional repressor FabR  89.71 
 
 		 205 aa  370  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220471  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0124  DNA-binding transcriptional repressor FabR  89.22 
 
 		 205 aa  366  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000427607  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002153  unsaturated fatty acid biosythesis repressor FabR  70.79 
 
 		 213 aa  280  2e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000110455  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00264  DNA-binding transcriptional repressor FabR  72.68 
 
 		 213 aa  279  2e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2369  DNA-binding transcriptional repressor FabR  69.76 
 
 		 213 aa  275  2e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123396  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4023  DNA-binding transcriptional repressor FabR  67.32 
 
 		 213 aa  274  6e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.23914  normal  0.0336938 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03848  DNA-binding transcriptional repressor  69.74 
 
 		 234 aa  272  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0143191  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4023  transcriptional regulator, TetR family  69.74 
 
 		 234 aa  272  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03797  hypothetical protein  69.74 
 
 		 234 aa  272  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0112282  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0189  DNA-binding transcriptional repressor FabR  67.65 
 
 		 213 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.368893  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4449  DNA-binding transcriptional repressor FabR  70.62 
 
 		 215 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.563556  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4410  DNA-binding transcriptional repressor FabR  69.74 
 
 		 234 aa  272  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0500651  normal  0.0177189 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5426  DNA-binding transcriptional repressor FabR  69.74 
 
 		 234 aa  272  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0614494  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4053  DNA-binding transcriptional repressor FabR  69.74 
 
 		 234 aa  272  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.506107  normal  0.0185922 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0195  DNA-binding transcriptional repressor FabR  67.16 
 
 		 213 aa  271  3e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.685771  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4197  DNA-binding transcriptional repressor FabR  70.1 
 
 		 215 aa  272  3e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00988726  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0129  DNA-binding transcriptional repressor FabR  67.82 
 
 		 218 aa  271  4.0000000000000004e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.555645  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4504  DNA-binding transcriptional repressor FabR  70.1 
 
 		 215 aa  271  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00559066  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4773  DNA-binding transcriptional repressor FabR  68.56 
 
 		 212 aa  270  1e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00222933  hitchhiker  0.00284138 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4076  DNA-binding transcriptional repressor FabR  68.04 
 
 		 211 aa  268  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0120  DNA-binding transcriptional repressor FabR  68.04 
 
 		 211 aa  268  2.9999999999999997e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102544  normal  0.553113 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0139  DNA-binding transcriptional repressor FabR  68.04 
 
 		 211 aa  268  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0390891  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3786  DNA-binding transcriptional repressor FabR  69.23 
 
 		 212 aa  268  4e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2889  DNA-binding transcriptional repressor FabR  67.36 
 
 		 232 aa  260  1e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0335  DNA-binding transcriptional repressor FabR  63.27 
 
 		 210 aa  252  3e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4031  DNA-binding transcriptional repressor FabR  59.9 
 
 		 199 aa  228  6e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.224768  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1708  DNA-binding transcriptional repressor FabR  56.65 
 
 		 219 aa  219  3e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000453712  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1493  DNA-binding transcriptional repressor FabR  53.33 
 
 		 202 aa  210  1e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.132494  normal  0.0684627 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03580  DNA-binding transcriptional repressor FabR  55.5 
 
 		 197 aa  206  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.163329  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2287  transcriptional regulator, TetR family  39.9 
 
 		 218 aa  129  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.101004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03880  transcriptional regulator TetR family  40.41 
 
 		 226 aa  122  4e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.568548  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0564  TetR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 210 aa  115  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0896844  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4450  regulatory protein, TetR  43.51 
 
 		 210 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.870367  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4908  transcriptional regulator, TetR family  43.51 
 
 		 210 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0667  TetR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 232 aa  104  8e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.764927  normal  0.0361684 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4816  TetR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0244477 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1626  TetR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 222 aa  101  6e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432632 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1578  regulatory protein TetR  37.62 
 
 		 231 aa  101  7e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.358729  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4916  TetR family transcriptional regulator  43.61 
 
 		 211 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00715752  hitchhiker  0.000000000695443 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4652  TetR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 210 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104872  hitchhiker  0.00491998 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4859  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 211 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.203125  hitchhiker  0.0000563821 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5663  transcriptional regulator, TetR family  44.79 
 
 		 214 aa  99.8  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4737  TetR family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 222 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0397829  hitchhiker  0.000000987598 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64640  TetR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 209 aa  99  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5613  hypothetical protein  34.98 
 
 		 209 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1257  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 224 aa  99  5e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1274  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 224 aa  99  5e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.941811 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1283  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 224 aa  99  5e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20735  normal  0.25464 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3068  TetR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 207 aa  95.9  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0906512  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0359  transcriptional regulator, TetR family  35.27 
 
 		 233 aa  92.4  4e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1730  regulatory protein, TetR  33.68 
 
 		 201 aa  87.8  9e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44540  hypothetical protein  32.93 
 
 		 284 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.508928  normal  0.389288 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3792  hypothetical protein  33.53 
 
 		 279 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1912  TetR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 235 aa  85.1  7e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000376024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0892  hypothetical protein  37.14 
 
 		 226 aa  83.2  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.303522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1526  TetR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 226 aa  82.8  0.000000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.97703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1957  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0421083  normal  0.138407 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2300  transcriptional regulator, TetR family  30.89 
 
 		 229 aa  71.2  0.000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1272  TetR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3820  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 212 aa  65.9  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2619  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 235 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0254896  normal  0.89864 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1827  TetR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 246 aa  58.5  0.00000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1874  TetR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 246 aa  58.5  0.00000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0418563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1808  TetR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 246 aa  58.5  0.00000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.229482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13066  AsnC family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 246 aa  58.5  0.00000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.117427 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3992  transcriptional regulator, TetR family  29.19 
 
 		 218 aa  53.1  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  30.48 
 
 		 203 aa  52.4  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1558  regulatory protein TetR  26.67 
 
 		 220 aa  52  0.000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2056  TetR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 253 aa  51.6  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.391496 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 207 aa  50.4  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0515  transcriptional regulator, TetR family  28.7 
 
 		 211 aa  50.1  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0646  TetR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 213 aa  49.3  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0412  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 216 aa  48.9  0.00005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.742667  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4290  TetR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 246 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.362272  normal  0.446856 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0787  regulatory protein, TetR  27.27 
 
 		 226 aa  48.9  0.00005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0444  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 220 aa  48.9  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.275459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1711  putative transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 208 aa  48.9  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.195446 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0731  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 227 aa  48.5  0.00006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250469 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1694  TetR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 219 aa  48.5  0.00006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0960426 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3579  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 202 aa  48.5  0.00006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0828  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 		 275 aa  48.1  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1032  transcriptional regulator, TetR family  31.3 
 
 		 207 aa  48.1  0.00009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4626  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 211 aa  47.8  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.110176  hitchhiker  0.00755279 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4596  transcriptional regulator, TetR family  27.03 
 
 		 421 aa  48.1  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.227831  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0166  transcriptional regulator, TetR family  25.75 
 
 		 221 aa  48.1  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0611363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  28.08 
 
 		 219 aa  47.8  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>