173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4450 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_4450  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 210 aa  424  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.870367  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4908  transcriptional regulator, TetR family  99.05 
 
 		 210 aa  421  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0564  TetR family transcriptional regulator  79.52 
 
 		 210 aa  344  5e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0896844  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4916  TetR family transcriptional regulator  73.08 
 
 		 211 aa  311  6.999999999999999e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00715752  hitchhiker  0.000000000695443 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4737  TetR family transcriptional regulator  72.6 
 
 		 222 aa  310  1e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0397829  hitchhiker  0.000000987598 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4859  TetR family transcriptional regulator  72.6 
 
 		 211 aa  309  2e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.203125  hitchhiker  0.0000563821 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4652  TetR family transcriptional regulator  73.56 
 
 		 210 aa  309  2e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104872  hitchhiker  0.00491998 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5613  hypothetical protein  73.04 
 
 		 209 aa  288  3e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64640  TetR family transcriptional regulator  72.55 
 
 		 209 aa  285  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0667  TetR family transcriptional regulator  68.27 
 
 		 232 aa  284  5e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.764927  normal  0.0361684 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3068  TetR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 207 aa  130  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0906512  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4816  TetR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 244 aa  129  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0244477 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1578  regulatory protein TetR  37.75 
 
 		 231 aa  129  4.0000000000000003e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.358729  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1708  DNA-binding transcriptional repressor FabR  40.4 
 
 		 219 aa  129  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000453712  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4031  DNA-binding transcriptional repressor FabR  40.48 
 
 		 199 aa  125  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.224768  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1626  TetR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 222 aa  124  8.000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432632 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1730  regulatory protein, TetR  37.81 
 
 		 201 aa  124  1e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0335  DNA-binding transcriptional repressor FabR  39.9 
 
 		 210 aa  122  4e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5663  transcriptional regulator, TetR family  39.71 
 
 		 214 aa  121  9e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0189  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.5 
 
 		 213 aa  120  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.368893  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0195  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.5 
 
 		 213 aa  119  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.685771  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2889  DNA-binding transcriptional repressor FabR  40.1 
 
 		 232 aa  119  3.9999999999999996e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03580  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.19 
 
 		 197 aa  118  6e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.163329  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0139  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.5 
 
 		 211 aa  118  6e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0390891  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0120  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.5 
 
 		 211 aa  118  6e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102544  normal  0.553113 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4076  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.5 
 
 		 211 aa  118  6e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1257  TetR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 224 aa  117  9e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1274  TetR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 224 aa  117  9e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.941811 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1283  TetR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 224 aa  117  9e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20735  normal  0.25464 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03848  DNA-binding transcriptional repressor  37.93 
 
 		 234 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0143191  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4023  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 		 234 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4410  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.93 
 
 		 234 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0500651  normal  0.0177189 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4053  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.93 
 
 		 234 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.506107  normal  0.0185922 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4449  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38 
 
 		 215 aa  117  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.563556  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5426  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.93 
 
 		 234 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0614494  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03797  hypothetical protein  37.93 
 
 		 234 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0112282  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4504  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.93 
 
 		 215 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00559066  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4197  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.93 
 
 		 215 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00988726  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4773  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.5 
 
 		 212 aa  116  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00222933  hitchhiker  0.00284138 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002153  unsaturated fatty acid biosythesis repressor FabR  46.32 
 
 		 213 aa  116  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000110455  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0129  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.24 
 
 		 218 aa  116  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.555645  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4023  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.93 
 
 		 213 aa  115  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.23914  normal  0.0336938 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00264  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.83 
 
 		 213 aa  116  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2369  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.54 
 
 		 213 aa  115  3.9999999999999997e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123396  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0230  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.75 
 
 		 205 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220471  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4339  DNA-binding transcriptional repressor FabR  44.16 
 
 		 205 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000022912  hitchhiker  0.00000127177 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0124  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.75 
 
 		 205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000427607  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3786  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.31 
 
 		 212 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0163  DNA-binding transcriptional repressor FabR  44.16 
 
 		 225 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000509997  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0892  hypothetical protein  33.18 
 
 		 226 aa  113  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.303522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0137  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.51 
 
 		 205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00297198  normal  0.372296 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4711  DNA-binding transcriptional repressor FabR  43.51 
 
 		 204 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000633687  normal  0.0908035 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0198  DNA-binding transcriptional repressor FabR  49.18 
 
 		 204 aa  112  6e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1526  TetR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 226 aa  111  6e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.97703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0177  DNA-binding transcriptional repressor FabR  49.18 
 
 		 204 aa  112  6e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0234685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0172  DNA-binding transcriptional repressor FabR  49.18 
 
 		 204 aa  112  6e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.291893  normal  0.0249459 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0178  DNA-binding transcriptional repressor FabR  49.18 
 
 		 204 aa  112  6e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00155373  normal  0.944765 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3541  DNA-binding transcriptional repressor FabR  49.18 
 
 		 204 aa  112  6e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.018845  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0359  transcriptional regulator, TetR family  36.95 
 
 		 233 aa  111  7.000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4180  DNA-binding transcriptional repressor FabR  49.18 
 
 		 204 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0026827  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4078  DNA-binding transcriptional repressor FabR  49.18 
 
 		 204 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00684362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0175  DNA-binding transcriptional repressor FabR  49.18 
 
 		 204 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0116142  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0179  DNA-binding transcriptional repressor FabR  49.18 
 
 		 204 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00396424  normal  0.0559762 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0192  DNA-binding transcriptional repressor FabR  48.36 
 
 		 204 aa  109  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0188643  normal  0.031406 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1912  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 235 aa  101  8e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000376024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03880  transcriptional regulator TetR family  34.13 
 
 		 226 aa  98.2  8e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.568548  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1493  DNA-binding transcriptional repressor FabR  35.88 
 
 		 202 aa  97.1  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.132494  normal  0.0684627 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2287  transcriptional regulator, TetR family  33.67 
 
 		 218 aa  96.3  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.101004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3792  hypothetical protein  28.96 
 
 		 279 aa  85.5  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44540  hypothetical protein  27.32 
 
 		 284 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.508928  normal  0.389288 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2300  transcriptional regulator, TetR family  32.53 
 
 		 229 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1957  TetR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0421083  normal  0.138407 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1272  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 226 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3820  TetR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2619  TetR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 235 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0254896  normal  0.89864 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0515  transcriptional regulator, TetR family  40.98 
 
 		 211 aa  50.8  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1493  TetR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 200 aa  50.8  0.00001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0444  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 220 aa  50.8  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.275459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1467  transcriptional regulator, TetR family  43.28 
 
 		 217 aa  48.9  0.00006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1709  transcriptional regulator, TetR family  34.85 
 
 		 198 aa  48.9  0.00006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5318  transcriptional regulator, TetR family  28.86 
 
 		 197 aa  47.8  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25170  transcriptional regulator, tetR family  30.56 
 
 		 222 aa  48.1  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193218  normal  0.642579 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4581  TetR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 215 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0138954  normal  0.0554322 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1100  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 194 aa  46.6  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0669836  normal  0.61487 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2354  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 205 aa  46.6  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0147944  normal  0.332572 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35560  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 200 aa  46.6  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1225  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 208 aa  45.8  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.657492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1653  TetR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 248 aa  46.2  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 207 aa  45.8  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2444  transcriptional regulator, TetR family  31.18 
 
 		 211 aa  45.8  0.0005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0505938 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0170  transcriptional regulator, TetR family  36.92 
 
 		 201 aa  45.4  0.0006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.307357  hitchhiker  0.00190078 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 204 aa  45.4  0.0007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2515  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 202 aa  45.4  0.0007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.326335 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0880  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 212 aa  45.1  0.0008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.987052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2048  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 249 aa  45.1  0.0008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2936  transcriptional regulator, TetR family  26.36 
 
 		 266 aa  45.1  0.0009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.273782 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3885  TetR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 242 aa  44.3  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3129  transcriptional regulator, TetR family  31.37 
 
 		 195 aa  44.7  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.534094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1260  transcriptional regulator, TetR family  46 
 
 		 222 aa  44.7  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.194739 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2373  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 205 aa  44.3  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>