More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3623 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3623  regulatory protein TetR  100 
 
 		 193 aa  387  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.755125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3915  transcriptional regulator, TetR family  97.93 
 
 		 215 aa  380  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5237  TetR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 233 aa  115  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.139236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  36.02 
 
 		 213 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  37.34 
 
 		 209 aa  90.1  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  33.94 
 
 		 213 aa  87.8  9e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5582  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 218 aa  79.7  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.431544 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 211 aa  79  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3455  transcriptional regulator, TetR family  36.22 
 
 		 245 aa  79  0.00000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  32.62 
 
 		 224 aa  77.4  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1421  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 190 aa  76.6  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.216023 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2537  transcriptional regulator, TetR family  30.48 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6592  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 225 aa  75.1  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6393  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 229 aa  75.1  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0255151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4313  transcriptional regulator, TetR family  31.52 
 
 		 238 aa  70.1  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3517  transcriptional regulator protein  31.15 
 
 		 208 aa  68.9  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.873146  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 228 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  37.5 
 
 		 219 aa  67.8  0.00000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 259 aa  67.4  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 221 aa  67.4  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 219 aa  66.6  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  32.31 
 
 		 218 aa  65.9  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 242 aa  65.5  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  28.48 
 
 		 246 aa  65.1  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  32.77 
 
 		 209 aa  64.7  0.0000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1609  TetR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 224 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193721 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 208 aa  64.3  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0747  TetR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  37.6 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3427  transcriptional regulator, TetR family  35.4 
 
 		 216 aa  63.5  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 214 aa  62.8  0.000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0716  TetR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.281964  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 221 aa  62.4  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 208 aa  62.4  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3682  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 540 aa  62  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0191871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 220 aa  61.6  0.000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2599  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 233 aa  61.6  0.000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87329  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3129  transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 		 191 aa  61.6  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  30.47 
 
 		 230 aa  60.8  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1166  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 215 aa  61.2  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.522591  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 232 aa  60.8  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 203 aa  60.5  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 213 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 214 aa  60.5  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 198 aa  60.1  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  29.2 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 243 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 228 aa  60.1  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  29.2 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 217 aa  59.7  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 226 aa  59.3  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3598  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 222 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.822043 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 231 aa  59.7  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 222 aa  58.5  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1447  TetR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 214 aa  58.5  0.00000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.268108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 237 aa  58.5  0.00000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 257 aa  58.5  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 209 aa  58.2  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 204 aa  58.2  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3720  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 225 aa  57.4  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.984063  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  31.48 
 
 		 215 aa  57.4  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 224 aa  57.8  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0940  transcriptional regulator  40.68 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00130273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3896  transcriptional regulator, TetR family  39.22 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  32.23 
 
 		 208 aa  57.8  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  31.4 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3273  TetR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.346529  normal  0.756983 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4417  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2292  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 209 aa  56.6  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  26.13 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  26.13 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  38.18 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3317  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.305506  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4044  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  33.62 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
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NC_007794  Saro_0532  TetR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 424 aa  55.5  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012912  Dd1591_0123  transcriptional regulator, TetR family  26.52 
 
 		 224 aa  55.8  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 225 aa  55.8  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
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NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  32.65 
 
 		 226 aa  55.8  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 234 aa  55.5  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
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NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
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NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 188 aa  55.1  0.0000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009921  Franean1_4046  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 222 aa  55.1  0.0000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.933953  normal  0.278605 
 
 
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NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  29.82 
 
 		 236 aa  55.1  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  35.78 
 
 		 220 aa  55.1  0.0000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
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NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  25.89 
 
 		 208 aa  55.1  0.0000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  32.41 
 
 		 207 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
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