More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6393 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6393  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 229 aa  456  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0255151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5582  TetR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 218 aa  171  6.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.431544 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1421  TetR family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 190 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.216023 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5237  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 233 aa  103  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.139236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3915  transcriptional regulator, TetR family  35.35 
 
 		 215 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2537  transcriptional regulator, TetR family  32.44 
 
 		 231 aa  91.3  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1609  TetR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 224 aa  82  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193721 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3427  transcriptional regulator, TetR family  38.35 
 
 		 216 aa  81.3  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3623  regulatory protein TetR  33.51 
 
 		 193 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.755125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3455  transcriptional regulator, TetR family  36.76 
 
 		 245 aa  75.1  0.0000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0532  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 424 aa  74.7  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  31.1 
 
 		 209 aa  73.6  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3598  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 222 aa  72  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.822043 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 208 aa  71.6  0.000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6592  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 225 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0908  transcriptional regulator, TetR family  36.28 
 
 		 207 aa  70.9  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.469028  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0731  TetR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 227 aa  70.9  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250469 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1869  TetR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 215 aa  70.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1945  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 225 aa  70.1  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  31.96 
 
 		 217 aa  69.3  0.00000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0787  regulatory protein, TetR  33.82 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 225 aa  67.8  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 207 aa  67.8  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4417  transcriptional regulator, TetR family  28.99 
 
 		 207 aa  67.4  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 236 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2237  TetR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 228 aa  67.4  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  34.82 
 
 		 213 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32320  transcriptional regulator, TetR family  42.47 
 
 		 200 aa  66.6  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.247928 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 228 aa  66.6  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11037  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 197 aa  66.2  0.0000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.102388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7734  TetR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 217 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  33.93 
 
 		 213 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 210 aa  65.9  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 228 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 218 aa  65.5  0.0000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4778  TetR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 217 aa  65.5  0.0000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 207 aa  65.1  0.0000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1947  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 197 aa  65.1  0.0000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1558  regulatory protein TetR  44.07 
 
 		 220 aa  64.7  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 217 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6188  TetR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 217 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.301672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3682  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 540 aa  64.3  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0191871  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0872  transcriptional regulator, TetR family  43.86 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.678947 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 204 aa  63.9  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  30.1 
 
 		 221 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1166  transcriptional regulator, TetR family  32.65 
 
 		 215 aa  63.9  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.522591  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 234 aa  64.3  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  36.75 
 
 		 222 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 214 aa  63.5  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0984  transcriptional regulator, TetR family  43.33 
 
 		 245 aa  63.5  0.000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.50937  hitchhiker  0.00233885 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 225 aa  63.5  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 208 aa  63.2  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 202 aa  63.5  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10145  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 280 aa  63.5  0.000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 214 aa  62.8  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  27.54 
 
 		 220 aa  63.2  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 217 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4626  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.734291 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 231 aa  62.8  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4247  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0639864  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4333  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.771402  normal  0.443044 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6530  transcriptional regulator, TetR family  38.54 
 
 		 219 aa  62.4  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.051486 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0931  transcriptional regulator, TetR family  43.1 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.588864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  34.55 
 
 		 236 aa  62  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  27.05 
 
 		 220 aa  62  0.000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0412  TetR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 216 aa  61.6  0.000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.742667  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3157  TetR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 330 aa  61.6  0.000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  33.62 
 
 		 210 aa  61.6  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0661  transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 		 205 aa  61.2  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 221 aa  61.2  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 215 aa  61.2  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3992  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 218 aa  61.6  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1709  TetR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 224 aa  61.2  0.00000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.400859  normal  0.0301663 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5065  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 202 aa  61.2  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174952  normal  0.51505 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2311  transcriptional regulator, TetR family  35.56 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0087  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0166  transcriptional regulator, TetR family  38.98 
 
 		 221 aa  60.8  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0611363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0096  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0589326 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  34.75 
 
 		 209 aa  60.8  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4046  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 222 aa  60.8  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.933953  normal  0.278605 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0077  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2444  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 217 aa  59.7  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30200  transcriptional regulator, TetR family  34.85 
 
 		 231 aa  59.7  0.00000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.296423  normal  0.124528 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  32.78 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  29.15 
 
 		 224 aa  59.7  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 		 220 aa  59.3  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2292  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 208 aa  59.3  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  58 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
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NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 201 aa  59.3  0.00000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  28.28 
 
 		 214 aa  58.9  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
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NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  26.7 
 
 		 208 aa  58.9  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010512  Bcenmc03_6292  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 210 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 259 aa  58.5  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  29.51 
 
 		 200 aa  58.2  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_013530  Xcel_2710  transcriptional regulator, TetR family  41.07 
 
 		 218 aa  58.5  0.00000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.448517  n/a   
 
 
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NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  40.2 
 
 		 204 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
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NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  35.14 
 
 		 224 aa  58.5  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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