110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1963 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1963  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 215 aa  419  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.538053  normal  0.517781 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2493  transcriptional regulator, TetR family  71.7 
 
 		 221 aa  284  5e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.464185 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2750  transcriptional regulator, TetR family  73.04 
 
 		 216 aa  281  4.0000000000000003e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.622504 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2780  transcriptional regulator TetR family  68.53 
 
 		 212 aa  261  4.999999999999999e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1495  TetR family transcriptional regulator  66.5 
 
 		 219 aa  250  9.000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.12027  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1812  TetR family transcriptional regulator  53.27 
 
 		 213 aa  195  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.436202  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1338  TetR family transcriptional regulator  53.54 
 
 		 213 aa  194  6e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00412049  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1381  TetR family transcriptional regulator  53.54 
 
 		 213 aa  192  3e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.637245  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5326  TetR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 218 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.256565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0284  regulatory protein TetR  46.26 
 
 		 215 aa  157  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0328  transcriptional regulator, TetR family  46.26 
 
 		 215 aa  156  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.478904  normal  0.0897822 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0360  transcriptional regulator, TetR family  44.81 
 
 		 215 aa  154  7e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0097  TetR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 207 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0406  transcriptional regulator, TetR family  28.07 
 
 		 206 aa  75.9  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0181245  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 212 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  28.79 
 
 		 212 aa  65.1  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  30.5 
 
 		 218 aa  64.7  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0705  regulatory protein, TetR  26.47 
 
 		 211 aa  62  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1456  transcriptional regulator, TetR family  29.29 
 
 		 211 aa  62  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 208 aa  59.7  0.00000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 213 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 213 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  26.47 
 
 		 207 aa  55.5  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0093  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 229 aa  55.5  0.0000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247373  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 220 aa  55.1  0.0000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 207 aa  54.7  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1053  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 255 aa  54.7  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.65463  normal  0.0546108 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 		 214 aa  53.1  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 200 aa  53.1  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  23.86 
 
 		 226 aa  52.8  0.000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 222 aa  52.8  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  27.01 
 
 		 211 aa  52  0.000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 209 aa  52  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 210 aa  51.2  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0509  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 191 aa  51.2  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 217 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5582  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 218 aa  49.3  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.431544 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5159  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 202 aa  49.3  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21800  transcriptional regulator  29.35 
 
 		 265 aa  49.3  0.00005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.391718  normal  0.223847 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  21.43 
 
 		 217 aa  48.5  0.00008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 211 aa  48.1  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 198 aa  47.8  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 217 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  26.9 
 
 		 209 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6188  TetR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 217 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.301672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  22.5 
 
 		 201 aa  47.8  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2292  TetR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 208 aa  47  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  21.54 
 
 		 251 aa  47.4  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  24.48 
 
 		 200 aa  46.6  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5356  transcriptional regulator, TetR family  32.41 
 
 		 201 aa  46.6  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  24.48 
 
 		 200 aa  46.6  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3063  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 192 aa  46.2  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.857011  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  27.8 
 
 		 223 aa  46.2  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  29.32 
 
 		 219 aa  46.2  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6158  TetR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 212 aa  45.8  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.488727  normal  0.104212 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  25.73 
 
 		 220 aa  45.8  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  25.86 
 
 		 237 aa  45.8  0.0005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  25.73 
 
 		 220 aa  45.4  0.0006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1467  hypothetical protein  31.63 
 
 		 213 aa  45.4  0.0007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.165444  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3303  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 191 aa  45.1  0.0007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.916403  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3151  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 202 aa  45.4  0.0007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 234 aa  45.1  0.0007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3482  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 248 aa  45.4  0.0007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0660414  normal  0.032442 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4359  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 205 aa  45.1  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.23587 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 289 aa  45.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 207 aa  44.3  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 216 aa  44.7  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  29.41 
 
 		 213 aa  44.3  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  28.68 
 
 		 213 aa  44.3  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0136  transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 243 aa  44.7  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.30147  normal  0.0856805 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 208 aa  45.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  24.88 
 
 		 220 aa  44.7  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2237  transcriptional regulator, TetR family  34.29 
 
 		 214 aa  44.3  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00985462  hitchhiker  0.00000967235 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7734  TetR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 217 aa  43.5  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0300  TetR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 214 aa  43.9  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  0.297799 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0871  TetR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 202 aa  43.5  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 207 aa  43.9  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2548  TetR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 236 aa  43.1  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000000944763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0120  transcription regulator protein  22.66 
 
 		 209 aa  43.1  0.003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  29.56 
 
 		 258 aa  43.1  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4245  regulatory protein, TetR  38.67 
 
 		 221 aa  43.1  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.933468  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1597  putative transcriptional regulator, TetR family  33.93 
 
 		 174 aa  43.1  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1516  transcriptional regulator, TetR family  35.29 
 
 		 203 aa  43.5  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1442  transcriptional regulator, TetR family  32.63 
 
 		 167 aa  43.1  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.111459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4942  transcriptional regulator, TetR family  38.18 
 
 		 247 aa  43.1  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.134742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1536  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 217 aa  42.7  0.004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000773904  normal  0.689031 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4216  transcriptional regulator, TetR family  24.85 
 
 		 215 aa  42.7  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 210 aa  42.7  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1551  transcription regulator protein  22.66 
 
 		 205 aa  42.7  0.004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000200418  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1196  TetR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 214 aa  42.7  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.228936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 225 aa  42.7  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0547  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 249 aa  42.4  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 257 aa  42.4  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0758  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 229 aa  42.4  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.685577  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0400  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 205 aa  42  0.007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>