74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1196 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1196  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 214 aa  427  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.228936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3415  TetR family transcriptional regulator  71.07 
 
 		 207 aa  268  2.9999999999999997e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.573909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3680  TetR family transcriptional regulator  71.07 
 
 		 207 aa  268  2.9999999999999997e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3310  hypothetical protein  65.99 
 
 		 212 aa  254  9e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.106528 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0944  TetR family transcriptional regulator  99.19 
 
 		 123 aa  246  3e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.335834  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4824  transcriptional regulator, TetR family  57 
 
 		 209 aa  240  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.870424 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4912  transcriptional regulator, TetR family  56.04 
 
 		 209 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.095587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4888  TetR family transcriptional regulator  58.29 
 
 		 209 aa  232  3e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4754  TetR family transcriptional regulator  53.81 
 
 		 215 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000397464  hitchhiker  0.00227458 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3138  TetR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 207 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.293904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1479  TetR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 231 aa  145  6e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3681  TetR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.966495  normal  0.60312 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1527  TetR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 204 aa  138  7e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2407  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 177 aa  94.7  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0993242  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0946  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 206 aa  92.8  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.826877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2981  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 180 aa  87  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42260  TetR family regulatory protein  30.68 
 
 		 198 aa  83.6  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1299  TetR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 202 aa  80.9  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.808118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3623  transcriptional regulator, TetR family  31.93 
 
 		 217 aa  80.9  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1421  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 199 aa  81.3  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3251  regulatory protein, TetR  32.52 
 
 		 205 aa  80.9  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000584066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4700  transcriptional regulator, TetR family  31.93 
 
 		 217 aa  80.9  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.804657  normal  0.0108792 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1901  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 187 aa  79  0.00000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1596  TetR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 192 aa  76.6  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000620531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5846  TetR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 205 aa  75.1  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.472138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5303  TetR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 187 aa  73.2  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398356  normal  0.30324 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1468  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 186 aa  72  0.000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.781673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0513  transcriptional regulator, TetR family  31.36 
 
 		 188 aa  71.6  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1872  TetR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 194 aa  71.6  0.000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1619  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 188 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.776591 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1595  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 211 aa  69.7  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.201593  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5117  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 211 aa  67.4  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4123  hypothetical protein  28.67 
 
 		 189 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.39248 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5497  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 211 aa  67.4  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2656  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754114  normal  0.0141418 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5206  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 211 aa  67.4  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0301  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 180 aa  66.6  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.246546 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1565  TetR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 192 aa  65.5  0.0000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5294  TetR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 188 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0307229 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4460  TetR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 187 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.20619 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1210  regulatory protein, TetR  29.49 
 
 		 207 aa  63.9  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0802  regulatory protein, TetR  31.85 
 
 		 182 aa  62.8  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334843  normal  0.796776 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2269  transcriptional regulator, TetR family  28.04 
 
 		 197 aa  62  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0883  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 185 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476269  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2100  regulatory protein TetR  27.78 
 
 		 191 aa  60.1  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.726154  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01665  transcriptional regulator  28.48 
 
 		 202 aa  57  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.152407  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3062  transcriptional regulator, TetR family  29.83 
 
 		 199 aa  57  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0638813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4608  TetR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 182 aa  55.1  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.582977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5605  transcriptional regulator, TetR family  39.71 
 
 		 184 aa  55.1  0.0000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3960  transcriptional regulator, TetR family  34.23 
 
 		 210 aa  54.7  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.879503  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6023  transcriptional regulator, TetR family  32.03 
 
 		 184 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620449  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2657  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 202 aa  53.9  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.613192  normal  0.699424 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3817  TetR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 209 aa  53.5  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.287238  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0086  TetR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 205 aa  52  0.000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0095  TetR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 205 aa  52  0.000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0333517 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0282  TetR family regulatory protein  35.78 
 
 		 238 aa  52  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.381975  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0076  TetR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 205 aa  51.6  0.000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.548175 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1312  TetR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 238 aa  51.6  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1726  transcriptional regulator, TetR family protein  35.78 
 
 		 238 aa  51.6  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0513672  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1810  transcriptional regulator, TetR family protein  35.78 
 
 		 238 aa  51.6  0.000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976243  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0284  TetR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 238 aa  51.6  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0846937  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1007  TetR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 238 aa  51.6  0.000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.85068  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3873  regulatory protein TetR  31.97 
 
 		 208 aa  49.3  0.00005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2251  putative transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 187 aa  47.4  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0745  TetR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 188 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3891  TetR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 207 aa  44.7  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.75762  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0809  transcriptional regulator, TetR family  27.67 
 
 		 214 aa  43.5  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1359  TetR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 218 aa  43.5  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1666  transcriptional regulator, TetR family  35.94 
 
 		 209 aa  43.5  0.002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.40268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0102  TetR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 188 aa  43.5  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.508709  normal  0.486637 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2750  transcriptional regulator, TetR family  36.17 
 
 		 216 aa  42.4  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.622504 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1963  TetR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 215 aa  42.7  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.538053  normal  0.517781 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5723  transcriptional regulator, TetR family  32.69 
 
 		 177 aa  42  0.007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00322286 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3711  TetR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 420 aa  42  0.008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0336995  n/a   
 
 
-
 
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