289 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0758 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0758  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 229 aa  463  9.999999999999999e-131  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.685577  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0017  TetR family transcriptional regulator  60.27 
 
 		 235 aa  270  1e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.731504 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0043  transcriptional regulator, TetR family  56.52 
 
 		 244 aa  253  1.0000000000000001e-66  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.343495  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0060  TetR family transcriptional regulator  54.35 
 
 		 247 aa  238  8e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37020  transcriptional regulator, TetR family  34.43 
 
 		 276 aa  118  9e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.016957 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0380  transcriptional regulator, TetR family  34.88 
 
 		 216 aa  114  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.50033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3200  TetR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 232 aa  111  9e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2319  putative transcriptional regulator, TetR family  38.41 
 
 		 236 aa  109  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0550  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 283 aa  108  5e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8207  putative transcriptional regulator, TetR family  33.2 
 
 		 240 aa  108  5e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2316  transcriptional regulator, TetR family  29.28 
 
 		 234 aa  105  5e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3626  transcriptional regulator, TetR family  33.96 
 
 		 261 aa  105  5e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2982  TetR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 232 aa  105  6e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.435152  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2596  transcriptional regulator, TetR family  33.91 
 
 		 221 aa  105  6e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.269859  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4146  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 246 aa  104  9e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1166  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 278 aa  103  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0604682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5469  putative transcriptional regulator, TetR family  34.2 
 
 		 241 aa  103  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0200431 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3810  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 247 aa  102  3e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3609  transcriptional regulator, TetR family  34.39 
 
 		 228 aa  102  7e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3167  TetR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 236 aa  101  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0319866  normal  0.111754 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3414  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 226 aa  99.4  4e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0624049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0872  regulatory protein, TetR  35.47 
 
 		 230 aa  98.2  9e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.209107  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1265  transcriptional regulator, TetR family  32.59 
 
 		 249 aa  97.8  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0071426 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6613  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 254 aa  97.1  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3004  regulatory protein TetR  29.19 
 
 		 230 aa  94.7  1e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.587932  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1822  putative transcriptional regulator, TetR family  34.31 
 
 		 224 aa  94.4  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1142  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 260 aa  94.4  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0524  transcriptional regulator, TetR family  29.66 
 
 		 230 aa  94  2e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.576052  hitchhiker  0.0000164085 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05790  transcriptional regulator  38.58 
 
 		 215 aa  93.2  3e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.415819 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0655  TetR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 254 aa  93.2  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3766  transcriptional regulator, TetR family  31.05 
 
 		 237 aa  92.8  4e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11846  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 234 aa  92.8  4e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.360584  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4636  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 		 227 aa  90.9  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.100753  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2986  regulatory protein, TetR  36.57 
 
 		 241 aa  89  5e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2082  transcriptional regulator, TetR family  33.82 
 
 		 225 aa  86.7  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11960  transcriptional regulator, tetR family  31.03 
 
 		 251 aa  86.3  4e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.184104  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5775  hypothetical protein  28.24 
 
 		 227 aa  86.3  4e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3452  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 227 aa  85.5  7e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000897017  hitchhiker  0.00397123 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5555  putative transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 		 260 aa  84.3  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.620464  normal  0.438645 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16600  transcriptional regulator, tetR family  29.68 
 
 		 239 aa  84  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6490  transcriptional regulator, TetR family  28.63 
 
 		 243 aa  82.4  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0105405  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2394  transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 		 235 aa  80.9  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0168964  decreased coverage  0.00129293 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1731  hypothetical protein  29.41 
 
 		 227 aa  80.1  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.45511  normal  0.806677 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2858  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 217 aa  79  0.00000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2902  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 217 aa  79  0.00000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6363  transcriptional regulator, TetR family  29.21 
 
 		 222 aa  77.8  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.318357 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2330  TetR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 225 aa  76.3  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.389066  normal  0.980038 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22990  transcriptional regulator  31.94 
 
 		 223 aa  75.5  0.0000000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0933864  normal  0.028216 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4061  TetR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 195 aa  74.3  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2464  transcriptional regulator, TetR family  33.69 
 
 		 193 aa  73.2  0.000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.943089 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4343  regulatory protein TetR  28.71 
 
 		 196 aa  71.2  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3010  transcriptional regulator, TetR family  27.8 
 
 		 196 aa  70.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.798857 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2110  TetR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 218 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.722857  normal  0.248102 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2260  regulatory protein TetR  27.36 
 
 		 199 aa  68.9  0.00000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.535255  normal  0.350629 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3894  regulatory protein TetR  27.32 
 
 		 206 aa  68.9  0.00000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  27.46 
 
 		 203 aa  68.9  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6443  transcriptional regulator, TetR family  25.5 
 
 		 202 aa  68.6  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5129  transcriptional regulator, TetR family  25.45 
 
 		 255 aa  67.8  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.287917  normal  0.539505 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0701  TetR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 261 aa  67.8  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.684816  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2888  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 217 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1375  regulatory protein TetR  30.07 
 
 		 199 aa  67.8  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.852149 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1231  transcriptional regulator, TetR family  31.22 
 
 		 212 aa  65.9  0.0000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.814793  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0868  transcriptional regulator, TetR family  26.15 
 
 		 230 aa  64.3  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.200185 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2845  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 260 aa  63.5  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0999  transcriptional regulator, TetR family  26.03 
 
 		 204 aa  63.5  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.372995  normal  0.0457994 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7073  transcriptional regulator, TetR family  26.94 
 
 		 248 aa  63.9  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.672487  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35360  transcriptional regulator  27.04 
 
 		 250 aa  63.9  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1561  TetR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 219 aa  63.5  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3105  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 220 aa  63.2  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0790075  normal  0.372854 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1314  TetR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.6037  normal  0.969851 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2233  transcriptional regulator, TetR family  29.02 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.943574  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2539  transcriptional regulator, TetR family  29.15 
 
 		 196 aa  62  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2172  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 199 aa  61.2  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2955  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 203 aa  61.2  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3164  transcriptional regulator, TetR family  26.77 
 
 		 208 aa  61.2  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.859639  normal  0.0513104 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2190  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1913  putative transcriptional regulator  28.64 
 
 		 259 aa  59.3  0.00000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4675  regulatory protein TetR  27.69 
 
 		 190 aa  59.3  0.00000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5863  transcriptional regulator, TetR family  36.11 
 
 		 222 aa  58.9  0.00000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0764  TetR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 203 aa  58.9  0.00000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0005262  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1597  putative transcriptional regulator, TetR family  26.54 
 
 		 174 aa  58.5  0.00000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0782  transcriptional regulator, TetR family  31.33 
 
 		 295 aa  58.2  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.876045  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2518  transcriptional regulator, TetR family  29.21 
 
 		 191 aa  57.8  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0208752  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6361  transcriptional regulator, TetR family  26 
 
 		 229 aa  57.8  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.529564  normal  0.439154 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2169  TetR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 205 aa  57.8  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0813077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4298  TetR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 197 aa  57.8  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1653  TetR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3517  TetR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 236 aa  57.4  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0435497  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4024  TetR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 207 aa  57.4  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.563014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5132  transcriptional regulator, TetR family  27.84 
 
 		 214 aa  57  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.493019  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4105  transcriptional regulator, TetR family  26.27 
 
 		 232 aa  57  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2655  TetR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 226 aa  57.8  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3824  TetR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2974  TetR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 209 aa  57  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0845  regulatory protein, TetR  29.28 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.864607  normal  0.151441 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2132  TetR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.273159  normal  0.36697 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4523  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.382743 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2214  transcriptional regulator, TetR family  26.8 
 
 		 195 aa  55.8  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5699  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 206 aa  55.8  0.0000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.393579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1596  hypothetical protein  27.61 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0318645  normal  0.570188 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>