129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_0872 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_0872  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 230 aa  452  1.0000000000000001e-126  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.209107  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1166  TetR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 278 aa  241  5e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0604682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4146  transcriptional regulator, TetR family  53.22 
 
 		 246 aa  227  1e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2319  putative transcriptional regulator, TetR family  53.51 
 
 		 236 aa  220  9.999999999999999e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2316  transcriptional regulator, TetR family  52.02 
 
 		 234 aa  206  2e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1822  putative transcriptional regulator, TetR family  51.79 
 
 		 224 aa  204  9e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37020  transcriptional regulator, TetR family  51.75 
 
 		 276 aa  202  3e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.016957 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4636  transcriptional regulator, TetR family  51.53 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.100753  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3626  transcriptional regulator, TetR family  47.37 
 
 		 261 aa  176  3e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2986  regulatory protein, TetR  46.7 
 
 		 241 aa  171  5.999999999999999e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2596  transcriptional regulator, TetR family  49.34 
 
 		 221 aa  171  6.999999999999999e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.269859  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3810  TetR family transcriptional regulator  45.69 
 
 		 247 aa  168  8e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3004  regulatory protein TetR  47.53 
 
 		 230 aa  165  4e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.587932  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1142  transcriptional regulator, TetR family  44.93 
 
 		 260 aa  159  3e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2082  transcriptional regulator, TetR family  44.84 
 
 		 225 aa  154  8e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3452  transcriptional regulator, TetR family  48.34 
 
 		 227 aa  149  3e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000897017  hitchhiker  0.00397123 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3414  TetR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 226 aa  145  6e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0624049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3167  TetR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 236 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0319866  normal  0.111754 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2858  TetR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 217 aa  139  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2902  TetR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 217 aa  139  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1731  hypothetical protein  37.73 
 
 		 227 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.45511  normal  0.806677 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0655  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 254 aa  130  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0550  TetR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 283 aa  126  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11846  transcriptional regulator  40.54 
 
 		 234 aa  124  9e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.360584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2888  TetR family transcriptional regulator  42.13 
 
 		 217 aa  123  3e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2982  TetR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 232 aa  123  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.435152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6613  TetR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0380  transcriptional regulator, TetR family  42.08 
 
 		 216 aa  120  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.50033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5469  putative transcriptional regulator, TetR family  36.41 
 
 		 241 aa  115  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0200431 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5775  hypothetical protein  34.09 
 
 		 227 aa  115  6e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1265  transcriptional regulator, TetR family  37.9 
 
 		 249 aa  115  6.9999999999999995e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0071426 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8207  putative transcriptional regulator, TetR family  38.65 
 
 		 240 aa  114  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22990  transcriptional regulator  41.33 
 
 		 223 aa  114  1.0000000000000001e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0933864  normal  0.028216 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0017  TetR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 235 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.731504 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11960  transcriptional regulator, tetR family  38.46 
 
 		 251 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.184104  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3200  TetR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 232 aa  107  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3766  transcriptional regulator, TetR family  31.3 
 
 		 237 aa  104  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0060  TetR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 247 aa  103  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0043  transcriptional regulator, TetR family  35.41 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.343495  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5555  putative transcriptional regulator, TetR family  30.67 
 
 		 260 aa  102  7e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.620464  normal  0.438645 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0758  transcriptional regulator, TetR family  35.47 
 
 		 229 aa  101  8e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.685577  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3609  transcriptional regulator, TetR family  39.36 
 
 		 228 aa  101  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2330  TetR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 225 aa  95.9  5e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.389066  normal  0.980038 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0701  TetR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 261 aa  94.4  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.684816  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2845  transcriptional regulator, TetR family  32.33 
 
 		 260 aa  94  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05790  transcriptional regulator  43.44 
 
 		 215 aa  92.8  4e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.415819 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1913  putative transcriptional regulator  33.2 
 
 		 259 aa  90.9  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6490  transcriptional regulator, TetR family  33.94 
 
 		 243 aa  90.9  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0105405  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10720  transcriptional regulator  30.13 
 
 		 242 aa  90.5  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.676593 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4061  TetR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 195 aa  87.4  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7073  transcriptional regulator, TetR family  28.86 
 
 		 248 aa  85.1  9e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.672487  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5129  transcriptional regulator, TetR family  28.51 
 
 		 255 aa  80.9  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.287917  normal  0.539505 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16600  transcriptional regulator, tetR family  28.45 
 
 		 239 aa  78.2  0.00000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2394  transcriptional regulator, TetR family  33.66 
 
 		 235 aa  78.2  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0168964  decreased coverage  0.00129293 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0095  TetR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 244 aa  74.3  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.222409  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35360  transcriptional regulator  26.52 
 
 		 250 aa  67  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0524  transcriptional regulator, TetR family  28.08 
 
 		 230 aa  64.7  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.576052  hitchhiker  0.0000164085 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2655  TetR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 226 aa  55.8  0.0000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0420  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3222  transcriptional regulator, TetR family  34.51 
 
 		 204 aa  53.9  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.067896  hitchhiker  0.00000207795 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1561  TetR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 219 aa  53.5  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00523  transcriptional regulator, TetR family protein  27.61 
 
 		 200 aa  53.5  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3164  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 208 aa  52.8  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.859639  normal  0.0513104 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2233  transcriptional regulator, TetR family  33.94 
 
 		 196 aa  52.4  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.943574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3579  TetR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 202 aa  51.6  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2633  transcriptional regulator, TetR family  25.68 
 
 		 204 aa  51.6  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.487613  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6361  transcriptional regulator, TetR family  27.03 
 
 		 229 aa  51.2  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.529564  normal  0.439154 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3104  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 194 aa  50.4  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.428011 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2539  transcriptional regulator, TetR family  33.03 
 
 		 196 aa  50.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0868  transcriptional regulator, TetR family  36.27 
 
 		 230 aa  50.8  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.200185 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0810  transcriptional regulator  38.89 
 
 		 206 aa  49.7  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.490663  normal  0.19914 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2955  TetR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 203 aa  48.9  0.00006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7965  transcriptional regulator, TetR family  34.41 
 
 		 192 aa  48.9  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1958  putative transcriptional regulator, TetR family  29.25 
 
 		 208 aa  47.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.158698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2194  TetR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 193 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.789913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4343  regulatory protein TetR  26.91 
 
 		 196 aa  47.8  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3060  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 203 aa  47.4  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  31.4 
 
 		 203 aa  47  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21920  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 191 aa  47  0.0002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.048177  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3140  transcriptional regulator, TetR family  32.77 
 
 		 230 aa  47.4  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4942  transcriptional regulator, TetR family  36.96 
 
 		 247 aa  47.8  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.134742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6386  regulatory protein, TetR  42.65 
 
 		 510 aa  46.6  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1929  TetR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 206 aa  46.6  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0782  transcriptional regulator, TetR family  30.97 
 
 		 295 aa  46.6  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.876045  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0787  TetR family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 192 aa  46.2  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0101484 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5699  TetR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 206 aa  46.2  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.393579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3894  regulatory protein TetR  30.88 
 
 		 206 aa  46.2  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3204  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 211 aa  45.8  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.109794  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6363  transcriptional regulator, TetR family  26.39 
 
 		 222 aa  45.8  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.318357 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3756  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 193 aa  45.4  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1696  TetR family transcriptional regulator  46 
 
 		 202 aa  45.4  0.0007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.176236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2007  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 193 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2190  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 223 aa  44.7  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  29.55 
 
 		 207 aa  44.3  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4328  transcriptional regulator, TetR family  49.02 
 
 		 477 aa  45.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0701267  normal  0.0216349 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4438  transcriptional regulator, TetR family  49.02 
 
 		 477 aa  45.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.829211  normal  0.875845 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4326  TetR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 202 aa  44.3  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0424  TetR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 200 aa  43.9  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1653  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 248 aa  43.9  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05540  transcriptional regulator  26.04 
 
 		 197 aa  43.9  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>