187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4061 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4061  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 195 aa  390  1e-108  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0655  TetR family transcriptional regulator  54.4 
 
 		 254 aa  189  2e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2319  putative transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3766  transcriptional regulator, TetR family  40.12 
 
 		 237 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1166  TetR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 278 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0604682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4146  transcriptional regulator, TetR family  43.84 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2316  transcriptional regulator, TetR family  41.14 
 
 		 234 aa  108  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0017  TetR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 235 aa  106  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.731504 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1822  putative transcriptional regulator, TetR family  43.66 
 
 		 224 aa  103  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4636  transcriptional regulator, TetR family  41.15 
 
 		 227 aa  103  2e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.100753  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3167  TetR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 236 aa  100  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0319866  normal  0.111754 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3626  transcriptional regulator, TetR family  37.34 
 
 		 261 aa  98.6  6e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6613  TetR family transcriptional regulator  43.57 
 
 		 254 aa  96.7  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3200  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 232 aa  95.9  4e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1142  transcriptional regulator, TetR family  47.17 
 
 		 260 aa  94  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2596  transcriptional regulator, TetR family  49.12 
 
 		 221 aa  93.2  2e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.269859  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8207  putative transcriptional regulator, TetR family  43.33 
 
 		 240 aa  89.7  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37020  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 276 aa  89.4  3e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.016957 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0872  regulatory protein, TetR  39.87 
 
 		 230 aa  89  5e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.209107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3810  TetR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 247 aa  88.2  7e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5555  putative transcriptional regulator, TetR family  46.9 
 
 		 260 aa  88.2  7e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.620464  normal  0.438645 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2986  regulatory protein, TetR  39.74 
 
 		 241 aa  87.8  9e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2982  TetR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 232 aa  87  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.435152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2394  transcriptional regulator, TetR family  41.22 
 
 		 235 aa  87  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0168964  decreased coverage  0.00129293 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2858  TetR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 217 aa  86.3  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2902  TetR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 217 aa  86.3  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2845  transcriptional regulator, TetR family  44.17 
 
 		 260 aa  85.5  4e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2082  transcriptional regulator, TetR family  44.25 
 
 		 225 aa  85.9  4e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22990  transcriptional regulator  40 
 
 		 223 aa  85.5  4e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0933864  normal  0.028216 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3414  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 226 aa  85.1  7e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0624049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0550  TetR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 283 aa  84.7  7e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0701  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 261 aa  84.3  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.684816  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1913  putative transcriptional regulator  38.38 
 
 		 259 aa  83.2  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11846  transcriptional regulator  33.56 
 
 		 234 aa  83.2  0.000000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.360584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2330  TetR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 225 aa  83.6  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.389066  normal  0.980038 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0380  transcriptional regulator, TetR family  37.82 
 
 		 216 aa  83.6  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.50033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1265  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 249 aa  82.8  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0071426 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3452  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 227 aa  82.4  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000897017  hitchhiker  0.00397123 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05790  transcriptional regulator  44.25 
 
 		 215 aa  82  0.000000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.415819 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0043  transcriptional regulator, TetR family  31.85 
 
 		 244 aa  82  0.000000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.343495  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7073  transcriptional regulator, TetR family  44.83 
 
 		 248 aa  81.6  0.000000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.672487  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3609  transcriptional regulator, TetR family  35.22 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0524  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.576052  hitchhiker  0.0000164085 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5469  putative transcriptional regulator, TetR family  44.25 
 
 		 241 aa  79.3  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0200431 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0758  transcriptional regulator, TetR family  32.05 
 
 		 229 aa  79  0.00000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.685577  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3004  regulatory protein TetR  31.85 
 
 		 230 aa  79.3  0.00000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.587932  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2888  TetR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 217 aa  77.4  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16600  transcriptional regulator, tetR family  37.61 
 
 		 239 aa  76.6  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10720  transcriptional regulator  40.87 
 
 		 242 aa  76.3  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.676593 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0060  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 247 aa  73.2  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11960  transcriptional regulator, tetR family  39.17 
 
 		 251 aa  73.2  0.000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.184104  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5129  transcriptional regulator, TetR family  42.98 
 
 		 255 aa  68.2  0.00000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.287917  normal  0.539505 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35360  transcriptional regulator  38.46 
 
 		 250 aa  67  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6490  transcriptional regulator, TetR family  35.66 
 
 		 243 aa  66.2  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0105405  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0868  transcriptional regulator, TetR family  32.05 
 
 		 230 aa  64.7  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.200185 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0095  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 244 aa  64.3  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.222409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1561  TetR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 219 aa  63.5  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5132  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 214 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.493019  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5775  hypothetical protein  28.67 
 
 		 227 aa  63.9  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1731  hypothetical protein  30 
 
 		 227 aa  62.4  0.000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.45511  normal  0.806677 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4343  regulatory protein TetR  38.66 
 
 		 196 aa  62  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2233  transcriptional regulator, TetR family  37.84 
 
 		 196 aa  62  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.943574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4154  TetR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0726195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1304  transcriptional regulator, TetR family  30.53 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6363  transcriptional regulator, TetR family  32.19 
 
 		 222 aa  60.1  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.318357 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1805  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 235 aa  59.3  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.604953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1425  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 208 aa  58.9  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2172  transcriptional regulator, TetR family  29.46 
 
 		 199 aa  58.5  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1375  regulatory protein TetR  25.81 
 
 		 199 aa  58.5  0.00000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.852149 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4758  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 236 aa  57.4  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0242  transcriptional regulator, TetR family  31.86 
 
 		 197 aa  57  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1653  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 248 aa  57  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2539  transcriptional regulator, TetR family  31.29 
 
 		 196 aa  56.6  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2708  regulatory protein TetR  34.21 
 
 		 228 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.333826 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1741  transcriptional regulator, TetR family  33.94 
 
 		 307 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2722  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 237 aa  55.8  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1596  hypothetical protein  29.93 
 
 		 205 aa  55.8  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0318645  normal  0.570188 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4523  TetR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 216 aa  55.5  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.382743 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2830  transcriptional regulator, TetR family  29.26 
 
 		 208 aa  55.8  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.514088 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2847  TetR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4869  regulatory protein, TetR  39.36 
 
 		 224 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2496  TetR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 333 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2935  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 208 aa  55.1  0.0000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.309221  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5311  transcriptional regulator, TetR family  39.36 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3984  transcriptional regulator, TetR family  26.45 
 
 		 200 aa  53.9  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.562971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3070  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519807  normal  0.499995 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4816  TetR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 244 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0244477 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3517  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 236 aa  53.1  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0435497  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2955  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 203 aa  52  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2354  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0147944  normal  0.332572 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1382  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3164  transcriptional regulator, TetR family  32.79 
 
 		 208 aa  50.8  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.859639  normal  0.0513104 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2633  transcriptional regulator, TetR family  31.37 
 
 		 204 aa  50.1  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.487613  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  31.72 
 
 		 203 aa  49.7  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5409  TetR family transcriptional regulator  38 
 
 		 208 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.394363  hitchhiker  0.00700115 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4024  TetR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 207 aa  48.9  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.563014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2214  transcriptional regulator, TetR family  45.16 
 
 		 195 aa  48.9  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0810  transcriptional regulator  37.04 
 
 		 206 aa  48.9  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.490663  normal  0.19914 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6886  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 239 aa  48.5  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  0.0518769 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1586  transcriptional regulator, TetR family  25.87 
 
 		 197 aa  48.5  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.66794  normal  0.155541 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>