More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1382 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1382  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 205 aa  412  1e-114  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007802  Jann_2354  TetR family transcriptional regulator  76.1 
 
 		 205 aa  320  9.999999999999999e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0147944  normal  0.332572 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1596  hypothetical protein  74.63 
 
 		 205 aa  315  4e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0318645  normal  0.570188 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2169  TetR family transcriptional regulator  74.51 
 
 		 205 aa  293  9e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0813077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0014  TetR family transcriptional regulator  70.73 
 
 		 205 aa  293  2e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1643  TetR family transcriptional regulator  70.73 
 
 		 205 aa  293  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.420046  normal  0.359135 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2847  TetR family transcriptional regulator  54.23 
 
 		 203 aa  216  2.9999999999999998e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4758  TetR family transcriptional regulator  48.5 
 
 		 236 aa  184  6e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1805  TetR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 235 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.604953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1304  transcriptional regulator, TetR family  48.26 
 
 		 234 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2722  TetR family transcriptional regulator  48.5 
 
 		 237 aa  181  5.0000000000000004e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3517  TetR family transcriptional regulator  48 
 
 		 236 aa  181  7e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0435497  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4154  TetR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 234 aa  181  8.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0726195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6886  TetR family transcriptional regulator  49.01 
 
 		 239 aa  179  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  0.0518769 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3070  TetR family transcriptional regulator  46.7 
 
 		 211 aa  171  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519807  normal  0.499995 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5132  transcriptional regulator, TetR family  39.2 
 
 		 214 aa  111  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.493019  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4523  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 216 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.382743 
 
 
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NC_011757  Mchl_2935  transcriptional regulator, TetR family  52.29 
 
 		 208 aa  108  6e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.309221  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2830  transcriptional regulator, TetR family  39.5 
 
 		 208 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.514088 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2708  regulatory protein TetR  52.29 
 
 		 228 aa  107  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.333826 
 
 
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NC_013093  Amir_2900  transcriptional regulator, TetR family  39.52 
 
 		 201 aa  101  7e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2974  TetR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 225 aa  95.5  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.995598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  41.04 
 
 		 203 aa  92.8  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4941  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 184 aa  87.4  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.155489 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4558  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 184 aa  87  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4646  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 184 aa  87  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.874384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2896  TetR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 150 aa  82.4  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335686 
 
 
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NC_010725  Mpop_1032  transcriptional regulator, TetR family  36.22 
 
 		 207 aa  82  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2539  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 		 196 aa  81.6  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009952  Dshi_0252  transcriptional regulator  39.81 
 
 		 224 aa  80.9  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1309  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 222 aa  80.1  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.488116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00920  transcriptional regulator, tetR family  42.11 
 
 		 240 aa  79  0.00000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3204  TetR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 211 aa  78.6  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.109794  normal  1 
 
 
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NC_009338  Mflv_1618  TetR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 193 aa  77.8  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2233  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 		 196 aa  76.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.943574  normal  1 
 
 
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NC_010172  Mext_1098  regulatory protein TetR  35.68 
 
 		 206 aa  75.9  0.0000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5135  TetR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 192 aa  75.1  0.0000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3538  regulatory protein, TetR  34.33 
 
 		 200 aa  74.7  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0647727 
 
 
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NC_013093  Amir_2214  transcriptional regulator, TetR family  34.41 
 
 		 195 aa  74.3  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23170  transcriptional regulator, TetR family  31.16 
 
 		 206 aa  73.6  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.946487  normal  0.100375 
 
 
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NC_013947  Snas_5718  transcriptional regulator, TetR family  32.58 
 
 		 212 aa  73.9  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.283499  normal  1 
 
 
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NC_009427  Saro_3579  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 202 aa  73.2  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011365  Gdia_1856  transcriptional regulator, TetR family  39.64 
 
 		 222 aa  72.8  0.000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.906441  normal  1 
 
 
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NC_007948  Bpro_3824  TetR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011757  Mchl_1227  transcriptional regulator, TetR family  38.02 
 
 		 206 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.43068  normal  1 
 
 
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NC_013093  Amir_4764  transcriptional regulator, TetR family  28.99 
 
 		 181 aa  70.5  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012880  Dd703_2633  transcriptional regulator, TetR family  36.21 
 
 		 204 aa  70.5  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.487613  n/a   
 
 
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NC_013441  Gbro_4675  regulatory protein TetR  30.95 
 
 		 190 aa  69.7  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_014210  Ndas_4250  transcriptional regulator, TetR family  31.22 
 
 		 194 aa  68.6  0.00000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.229004  normal  0.19782 
 
 
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NC_008752  Aave_4615  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 225 aa  68.2  0.00000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009484  Acry_3038  TetR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 186 aa  68.2  0.00000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.815569  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_5476  TetR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 240 aa  67.4  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010581  Bind_0017  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 208 aa  67.8  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014151  Cfla_0262  transcriptional regulator, TetR family  34.34 
 
 		 199 aa  66.6  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.670528 
 
 
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NC_013093  Amir_2244  transcriptional regulator, TetR family  36.51 
 
 		 197 aa  67  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00000061933  n/a   
 
 
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NC_007974  Rmet_4723  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 230 aa  67  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.72626  normal  0.852816 
 
 
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NC_007348  Reut_B4058  TetR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 218 aa  66.2  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.555533  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4081  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 206 aa  66.2  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4343  regulatory protein TetR  36.11 
 
 		 196 aa  66.2  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
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NC_010002  Daci_4026  TetR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 234 aa  66.2  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.62673  normal  0.396268 
 
 
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NC_007912  Sde_1314  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 224 aa  65.5  0.0000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.6037  normal  0.969851 
 
 
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NC_012669  Bcav_0283  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 211 aa  65.1  0.0000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0292147 
 
 
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NC_009972  Haur_2955  TetR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 203 aa  65.1  0.0000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7086  transcriptional regulator TetR family  35.65 
 
 		 241 aa  65.5  0.0000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.546749  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0845  regulatory protein, TetR  35.04 
 
 		 188 aa  65.1  0.0000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.864607  normal  0.151441 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4103  TetR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010678  Rpic_4571  transcriptional regulator, TetR family  28.31 
 
 		 214 aa  63.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.281671  normal  0.592331 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0895  TetR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 242 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3499  transcriptional regulator, TetR family  28.31 
 
 		 214 aa  63.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.553383  normal  0.3226 
 
 
-
 
NC_003296  RS03880  putative transcription regulator protein  28.92 
 
 		 214 aa  63.9  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.778917  normal  0.557481 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1866  transcriptional regulator, TetR family  34.58 
 
 		 199 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.922935  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1611  regulatory protein TetR  35.59 
 
 		 222 aa  63.9  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2263  TetR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 222 aa  63.5  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.632681  normal  0.89343 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3565  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 191 aa  63.2  0.000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.534014  n/a   
 
 
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NC_014158  Tpau_2518  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 191 aa  62  0.000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0208752  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02070  transcriptional regulator, tetR family  36.11 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011138  MADE_01162  transcription regulator, TetR family protein  30.71 
 
 		 201 aa  60.5  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1369  TetR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 208 aa  59.7  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5678  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 217 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6042  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 217 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0589764 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2448  TetR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 204 aa  58.5  0.00000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0199857  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1696  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 202 aa  58.5  0.00000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.176236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4769  TetR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 219 aa  58.2  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1336  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 200 aa  58.2  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010036 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3222  transcriptional regulator, TetR family  34.55 
 
 		 204 aa  57.8  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.067896  hitchhiker  0.00000207795 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2111  TetR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 188 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.784305  normal  0.0160657 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5643  putative TetR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 232 aa  57.8  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.375487 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0395  transcriptional regulator  25.69 
 
 		 175 aa  57.4  0.0000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7473  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 217 aa  57  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  29.13 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
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NC_013739  Cwoe_1066  transcriptional regulator, TetR family  52 
 
 		 214 aa  57  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.52451  normal  0.686522 
 
 
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NC_013235  Namu_0090  transcriptional regulator, TetR family  31.53 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013131  Caci_3274  transcriptional regulator, TetR family  32.11 
 
 		 233 aa  56.6  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.570938  normal  1 
 
 
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NC_013131  Caci_6363  transcriptional regulator, TetR family  30.49 
 
 		 222 aa  56.2  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.318357 
 
 
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NC_013061  Phep_1375  regulatory protein TetR  24.35 
 
 		 199 aa  55.8  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.852149 
 
 
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NC_007794  Saro_0778  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_6821  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 230 aa  55.1  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014210  Ndas_2105  transcriptional regulator, TetR family  35.38 
 
 		 202 aa  55.1  0.0000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.143952  normal  1 
 
 
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NC_010803  Clim_0043  transcriptional regulator, TetR family  27.41 
 
 		 244 aa  54.3  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.343495  n/a   
 
 
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NC_009953  Sare_0788  TetR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 209 aa  54.7  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.285865  hitchhiker  0.00465255 
 
 
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