278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_2111 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_2111  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
188 aa  351  4e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.784305  normal  0.0160657 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1309  TetR family transcriptional regulator  43.5 
 
 
222 aa  119  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.488116  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3038  TetR family transcriptional regulator  51.69 
 
 
186 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.815569  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1032  transcriptional regulator, TetR family  45.79 
 
 
207 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2539  transcriptional regulator, TetR family  42.51 
 
 
196 aa  111  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2955  TetR family transcriptional regulator  42.35 
 
 
203 aa  110  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1098  regulatory protein TetR  46.81 
 
 
206 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4764  transcriptional regulator, TetR family  42.01 
 
 
181 aa  108  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 
203 aa  108  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1227  transcriptional regulator, TetR family  46.81 
 
 
206 aa  107  9.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.43068  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2233  transcriptional regulator, TetR family  41.34 
 
 
196 aa  106  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.943574  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3070  TetR family transcriptional regulator  44.57 
 
 
211 aa  105  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519807  normal  0.499995 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1336  TetR family transcriptional regulator  33.88 
 
 
200 aa  104  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00010036 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4026  TetR family transcriptional regulator  43.01 
 
 
234 aa  98.2  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.62673  normal  0.396268 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2847  TetR family transcriptional regulator  40.35 
 
 
203 aa  98.2  7e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23170  transcriptional regulator, TetR family  39.31 
 
 
206 aa  97.8  9e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.946487  normal  0.100375 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1304  transcriptional regulator, TetR family  37.71 
 
 
234 aa  97.1  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2722  TetR family transcriptional regulator  38.86 
 
 
237 aa  96.7  2e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4758  TetR family transcriptional regulator  39.2 
 
 
236 aa  97.1  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3517  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
236 aa  96.7  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0435497  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4675  regulatory protein TetR  41.76 
 
 
190 aa  96.3  2e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1596  hypothetical protein  37.57 
 
 
205 aa  96.7  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0318645  normal  0.570188 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2900  transcriptional regulator, TetR family  41.92 
 
 
201 aa  95.9  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0014  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
205 aa  95.1  5e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1643  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
205 aa  95.1  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.420046  normal  0.359135 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1805  TetR family transcriptional regulator  38.29 
 
 
235 aa  94.7  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.604953  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1856  transcriptional regulator, TetR family  41.57 
 
 
222 aa  94.7  8e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.906441  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3204  TetR family transcriptional regulator  40.59 
 
 
211 aa  94.4  8e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.109794  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5135  TetR family transcriptional regulator  43.2 
 
 
192 aa  93.6  1e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0252  transcriptional regulator  36.72 
 
 
224 aa  93.2  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2354  TetR family transcriptional regulator  37.43 
 
 
205 aa  93.2  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0147944  normal  0.332572 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4769  TetR family transcriptional regulator  43.43 
 
 
219 aa  93.2  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1382  TetR family transcriptional regulator  38.55 
 
 
205 aa  93.2  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2633  transcriptional regulator, TetR family  36.69 
 
 
204 aa  92.8  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.487613  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2518  transcriptional regulator, TetR family  42.94 
 
 
191 aa  92.8  3e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0208752  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4103  TetR family transcriptional regulator  43.09 
 
 
216 aa  92.4  4e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1369  TetR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
208 aa  92  4e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0017  TetR family transcriptional regulator  41.05 
 
 
208 aa  92  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4615  TetR family transcriptional regulator  40.56 
 
 
225 aa  91.7  6e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2214  transcriptional regulator, TetR family  39.78 
 
 
195 aa  91.3  8e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4154  TetR family transcriptional regulator  36.16 
 
 
234 aa  90.1  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0726195  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3579  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
202 aa  89.7  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2263  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 
222 aa  88.2  6e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.632681  normal  0.89343 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5718  transcriptional regulator, TetR family  40.98 
 
 
212 aa  88.2  7e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.283499  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2169  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
205 aa  87.8  8e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0813077  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4558  TetR family transcriptional regulator  39.64 
 
 
184 aa  87  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0845  regulatory protein, TetR  41.86 
 
 
188 aa  87  1e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.864607  normal  0.151441 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2105  transcriptional regulator, TetR family  38.67 
 
 
202 aa  87  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.143952  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4646  TetR family transcriptional regulator  39.64 
 
 
184 aa  87  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.874384  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4941  TetR family transcriptional regulator  40.24 
 
 
184 aa  87.4  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.155489 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6886  TetR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
239 aa  87.4  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  0.0518769 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4723  TetR family transcriptional regulator  41.4 
 
 
230 aa  86.3  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.72626  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4250  transcriptional regulator, TetR family  40.2 
 
 
194 aa  86.7  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.229004  normal  0.19782 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1696  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
202 aa  85.9  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.176236  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4081  transcriptional regulator, TetR family  39.39 
 
 
206 aa  85.5  4e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2896  TetR family transcriptional regulator  47.71 
 
 
150 aa  85.1  5e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000335686 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5643  putative TetR family transcriptional regulator  38.6 
 
 
232 aa  84.7  7e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.375487 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2830  transcriptional regulator, TetR family  39.43 
 
 
208 aa  84.7  7e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.514088 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1866  transcriptional regulator, TetR family  36.61 
 
 
199 aa  84.3  9e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.922935  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3538  regulatory protein, TetR  35.03 
 
 
200 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0647727 
 
 
-
 
NC_003296  RS03880  putative transcription regulator protein  43.26 
 
 
214 aa  82.8  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.778917  normal  0.557481 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01162  transcription regulator, TetR family protein  34.29 
 
 
201 aa  83.6  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5863  transcriptional regulator, TetR family  41.01 
 
 
222 aa  83.2  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3499  transcriptional regulator, TetR family  40.88 
 
 
214 aa  82.8  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.553383  normal  0.3226 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4571  transcriptional regulator, TetR family  40.88 
 
 
214 aa  82.8  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.281671  normal  0.592331 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1611  regulatory protein TetR  41.05 
 
 
222 aa  82.4  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1618  TetR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
193 aa  82.4  0.000000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3222  transcriptional regulator, TetR family  38.69 
 
 
204 aa  82  0.000000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.067896  hitchhiker  0.00000207795 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0788  TetR family transcriptional regulator  42.69 
 
 
209 aa  82.4  0.000000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.285865  hitchhiker  0.00465255 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0090  transcriptional regulator, TetR family  38.1 
 
 
216 aa  82  0.000000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3824  TetR family transcriptional regulator  35.68 
 
 
234 aa  81.3  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2448  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 
204 aa  80.9  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0199857  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7473  TetR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
217 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4058  TetR family transcriptional regulator  42.55 
 
 
218 aa  78.6  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.555533  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3105  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
220 aa  77.4  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0790075  normal  0.372854 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2708  regulatory protein TetR  39.64 
 
 
228 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.333826 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5476  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
240 aa  76.6  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5132  transcriptional regulator, TetR family  38.29 
 
 
214 aa  76.3  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.493019  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4523  TetR family transcriptional regulator  37.99 
 
 
216 aa  75.9  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.382743 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6821  transcriptional regulator, TetR family  35.98 
 
 
230 aa  76.3  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0262  transcriptional regulator, TetR family  40.48 
 
 
199 aa  75.1  0.0000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.670528 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5283  transcriptional regulator, TetR family  38.04 
 
 
184 aa  75.1  0.0000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.729406  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2260  regulatory protein TetR  27.33 
 
 
199 aa  74.7  0.0000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.535255  normal  0.350629 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2935  transcriptional regulator, TetR family  37.71 
 
 
208 aa  74.3  0.0000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.309221  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5678  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
217 aa  74.3  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008544  Bcen2424_6042  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
217 aa  74.3  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0589764 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2974  TetR family transcriptional regulator  39.44 
 
 
225 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.995598  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0778  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 
200 aa  72  0.000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2636  TetR family transcriptional regulator  36.65 
 
 
196 aa  72.4  0.000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2681  TetR family transcriptional regulator  36.65 
 
 
196 aa  72.4  0.000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.160159 
 
 
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NC_009077  Mjls_2665  TetR family transcriptional regulator  36.65 
 
 
196 aa  72.4  0.000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_014158  Tpau_3565  transcriptional regulator, TetR family  35.96 
 
 
191 aa  71.2  0.000000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.534014  n/a   
 
 
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NC_013739  Cwoe_1422  transcriptional regulator, TetR family  39.76 
 
 
223 aa  70.5  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_007802  Jann_2424  TetR family transcriptional regulator  29.24 
 
 
195 aa  70.1  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.351018  normal  0.169274 
 
 
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NC_013595  Sros_5606  putative transcriptional regulator, TetR family  35.14 
 
 
189 aa  68.9  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0377477  normal  0.125627 
 
 
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NC_012791  Vapar_4409  transcriptional regulator, TetR family  38.55 
 
 
220 aa  68.6  0.00000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.182996  n/a   
 
 
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NC_013441  Gbro_4343  regulatory protein TetR  35.4 
 
 
196 aa  67  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
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NC_013739  Cwoe_0481  transcriptional regulator, TetR family  37.35 
 
 
225 aa  66.2  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.276366 
 
 
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NC_013131  Caci_3274  transcriptional regulator, TetR family  36.72 
 
 
233 aa  65.5  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.570938  normal 
 
 
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NC_007952  Bxe_B0580  TetR family transcriptional regulator  35.2 
 
 
236 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.431523 
 
 
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