175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1866 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



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Organism name
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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1866  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 199 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.922935  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3538  regulatory protein, TetR  76.88 
 
 		 200 aa  317  7.999999999999999e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0647727 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23170  transcriptional regulator, TetR family  39.16 
 
 		 206 aa  104  8e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.946487  normal  0.100375 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  38.95 
 
 		 203 aa  99  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3070  TetR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 211 aa  95.9  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519807  normal  0.499995 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4558  TetR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 184 aa  94.4  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4646  TetR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 184 aa  94.4  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.874384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4941  TetR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 184 aa  93.6  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.155489 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5135  TetR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 192 aa  92.4  4e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2633  transcriptional regulator, TetR family  35.39 
 
 		 204 aa  90.1  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.487613  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1618  TetR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 193 aa  89  5e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5476  TetR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 240 aa  86.7  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2539  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 196 aa  84.3  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2955  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 203 aa  84.7  9e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2233  transcriptional regulator, TetR family  34.09 
 
 		 196 aa  84.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.943574  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4081  transcriptional regulator, TetR family  34.71 
 
 		 206 aa  84  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0845  regulatory protein, TetR  35.37 
 
 		 188 aa  82.8  0.000000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.864607  normal  0.151441 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5718  transcriptional regulator, TetR family  36.52 
 
 		 212 aa  82.4  0.000000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.283499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1309  TetR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 222 aa  81.6  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.488116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1856  transcriptional regulator, TetR family  41.51 
 
 		 222 aa  80.9  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.906441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2896  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 150 aa  80.1  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335686 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4764  transcriptional regulator, TetR family  33.13 
 
 		 181 aa  79.7  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3204  TetR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.109794  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0262  transcriptional regulator, TetR family  36.07 
 
 		 199 aa  78.6  0.00000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.670528 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0788  TetR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 209 aa  78.6  0.00000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.285865  hitchhiker  0.00465255 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2900  transcriptional regulator, TetR family  33.73 
 
 		 201 aa  77.8  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4675  regulatory protein TetR  36.05 
 
 		 190 aa  77.4  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1032  transcriptional regulator, TetR family  35.59 
 
 		 207 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0580  TetR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 236 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.431523 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5643  putative TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 232 aa  76.3  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.375487 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3038  TetR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 186 aa  75.9  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.815569  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1369  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 208 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4250  transcriptional regulator, TetR family  41.51 
 
 		 194 aa  75.1  0.0000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.229004  normal  0.19782 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1098  regulatory protein TetR  35.68 
 
 		 206 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2448  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 204 aa  73.6  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0199857  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0014  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 205 aa  73.6  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1643  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 205 aa  73.6  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.420046  normal  0.359135 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5678  TetR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 217 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6042  TetR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 217 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0589764 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0252  transcriptional regulator  30.9 
 
 		 224 aa  72.8  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4167  transcriptional regulator, TetR family  35.48 
 
 		 244 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.570017  normal  0.0286956 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1596  hypothetical protein  29.76 
 
 		 205 aa  72.4  0.000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0318645  normal  0.570188 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1422  transcriptional regulator, TetR family  33.94 
 
 		 223 aa  72  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011757  Mchl_1227  transcriptional regulator, TetR family  35.67 
 
 		 206 aa  72  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.43068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1805  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 235 aa  70.9  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.604953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4758  TetR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 236 aa  70.5  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4154  TetR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0726195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6886  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 239 aa  70.5  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  0.0518769 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5863  transcriptional regulator, TetR family  39.67 
 
 		 222 aa  70.1  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2518  transcriptional regulator, TetR family  32.37 
 
 		 191 aa  70.1  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0208752  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3517  TetR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0435497  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1336  TetR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 200 aa  69.7  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010036 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2722  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 237 aa  68.9  0.00000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1304  transcriptional regulator, TetR family  31.36 
 
 		 234 aa  68.9  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2354  TetR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 205 aa  68.2  0.00000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0147944  normal  0.332572 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0481  transcriptional regulator, TetR family  32.11 
 
 		 225 aa  68.2  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.276366 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2169  TetR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 205 aa  67.8  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0813077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2830  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 208 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.514088 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2847  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 203 aa  65.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2263  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 222 aa  65.9  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.632681  normal  0.89343 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7473  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 217 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1537  TetR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 247 aa  64.7  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.313453  normal  0.341232 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01162  transcription regulator, TetR family protein  31.25 
 
 		 201 aa  64.7  0.0000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4523  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.382743 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1382  TetR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 205 aa  63.5  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2708  regulatory protein TetR  31.36 
 
 		 228 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.333826 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2935  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 208 aa  62.4  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.309221  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3105  TetR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 220 aa  62.4  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0790075  normal  0.372854 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0895  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 242 aa  61.6  0.000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6137  transcriptional regulator, TetR family  35.95 
 
 		 196 aa  61.2  0.000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.780623 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1611  regulatory protein TetR  32.97 
 
 		 222 aa  60.5  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2105  transcriptional regulator, TetR family  35.16 
 
 		 202 aa  60.5  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.143952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3579  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 202 aa  61.2  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5132  transcriptional regulator, TetR family  30.89 
 
 		 214 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.493019  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0017  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 208 aa  61.2  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4615  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 225 aa  59.3  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3222  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 		 204 aa  59.7  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.067896  hitchhiker  0.00000207795 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4026  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 234 aa  59.3  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.62673  normal  0.396268 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1314  TetR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 224 aa  58.9  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.6037  normal  0.969851 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1696  TetR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 202 aa  58.9  0.00000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.176236  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5606  putative transcriptional regulator, TetR family  37.76 
 
 		 189 aa  58.9  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0377477  normal  0.125627 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4103  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 216 aa  58.2  0.00000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2244  transcriptional regulator, TetR family  31.33 
 
 		 197 aa  58.2  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00000061933  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0283  transcriptional regulator, TetR family  35.34 
 
 		 211 aa  58.2  0.00000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0292147 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1066  transcriptional regulator, TetR family  47.27 
 
 		 214 aa  56.6  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.52451  normal  0.686522 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2111  TetR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 188 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.784305  normal  0.0160657 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4186  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 195 aa  54.7  0.0000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4058  TetR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 218 aa  54.7  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.555533  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 205 aa  54.7  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3824  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 234 aa  54.7  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_2974  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 225 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.995598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1375  regulatory protein TetR  30.3 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.852149 
 
 
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NC_013235  Namu_0090  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 216 aa  53.5  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2214  transcriptional regulator, TetR family  41.33 
 
 		 195 aa  53.1  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010803  Clim_0043  transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 		 244 aa  52.8  0.000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.343495  n/a   
 
 
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NC_009441  Fjoh_4298  TetR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 197 aa  52  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011060  Ppha_0758  transcriptional regulator, TetR family  24.27 
 
 		 229 aa  52  0.000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.685577  n/a   
 
 
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NC_009921  Franean1_4924  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 216 aa  51.6  0.000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0122195 
 
 
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NC_007794  Saro_0778  TetR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 200 aa  51.2  0.000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007974  Rmet_4723  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 230 aa  51.2  0.000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.72626  normal  0.852816 
 
 
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