184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4103 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_4103  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 216 aa  421  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4769  TetR family transcriptional regulator  79 
 
 		 219 aa  308  5e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4723  TetR family transcriptional regulator  72.28 
 
 		 230 aa  274  8e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.72626  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4615  TetR family transcriptional regulator  65.02 
 
 		 225 aa  248  5e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4409  transcriptional regulator, TetR family  66.34 
 
 		 220 aa  244  9e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.182996  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4571  transcriptional regulator, TetR family  69.23 
 
 		 214 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.281671  normal  0.592331 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3499  transcriptional regulator, TetR family  69.23 
 
 		 214 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.553383  normal  0.3226 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2263  TetR family transcriptional regulator  62.2 
 
 		 222 aa  240  1e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.632681  normal  0.89343 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4058  TetR family transcriptional regulator  67.46 
 
 		 218 aa  239  2e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.555533  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03880  putative transcription regulator protein  67.79 
 
 		 214 aa  236  2e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.778917  normal  0.557481 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1611  regulatory protein TetR  61.72 
 
 		 222 aa  236  2e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4026  TetR family transcriptional regulator  63.94 
 
 		 234 aa  211  7.999999999999999e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.62673  normal  0.396268 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0090  transcriptional regulator, TetR family  46.15 
 
 		 216 aa  155  3e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6821  transcriptional regulator, TetR family  44.24 
 
 		 230 aa  151  5.9999999999999996e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3274  transcriptional regulator, TetR family  44.71 
 
 		 233 aa  144  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.570938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00920  transcriptional regulator, tetR family  43.22 
 
 		 240 aa  135  7.000000000000001e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3565  transcriptional regulator, TetR family  44.57 
 
 		 191 aa  134  9e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.534014  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02070  transcriptional regulator, tetR family  42.65 
 
 		 218 aa  133  1.9999999999999998e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0283  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 211 aa  126  2.0000000000000002e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0292147 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  36.41 
 
 		 203 aa  93.6  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
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NC_009341  Mflv_5603  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 231 aa  92.8  4e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.011293  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4675  regulatory protein TetR  37.3 
 
 		 190 aa  87.4  1e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1032  transcriptional regulator, TetR family  37.19 
 
 		 207 aa  87.4  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2518  transcriptional regulator, TetR family  36.41 
 
 		 191 aa  86.7  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0208752  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1309  TetR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 222 aa  85.9  4e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.488116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1098  regulatory protein TetR  34.34 
 
 		 206 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3579  TetR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 202 aa  84  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3038  TetR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 186 aa  83.6  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.815569  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1227  transcriptional regulator, TetR family  34.33 
 
 		 206 aa  79.3  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.43068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0017  TetR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 208 aa  77.4  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5678  TetR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 217 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6042  TetR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 217 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0589764 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7473  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 217 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2233  transcriptional regulator, TetR family  29.7 
 
 		 196 aa  73.6  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.943574  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2539  transcriptional regulator, TetR family  31.64 
 
 		 196 aa  73.9  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1596  hypothetical protein  30.69 
 
 		 205 aa  73.9  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0318645  normal  0.570188 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2955  TetR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 203 aa  73.6  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23170  transcriptional regulator, TetR family  30.45 
 
 		 206 aa  71.6  0.000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.946487  normal  0.100375 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2830  transcriptional regulator, TetR family  33.51 
 
 		 208 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.514088 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5643  putative TetR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 232 aa  70.5  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.375487 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0252  transcriptional regulator  32.58 
 
 		 224 aa  70.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2354  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 205 aa  69.7  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0147944  normal  0.332572 
 
 
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NC_013947  Snas_5718  transcriptional regulator, TetR family  32.97 
 
 		 212 aa  69.7  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.283499  normal  1 
 
 
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NC_010338  Caul_3204  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 211 aa  68.6  0.00000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.109794  normal  1 
 
 
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NC_008048  Sala_1696  TetR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 202 aa  68.2  0.00000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.176236  normal  1 
 
 
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NC_007005  Psyr_3538  regulatory protein, TetR  31.07 
 
 		 200 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0647727 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1382  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 205 aa  66.6  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2111  TetR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 188 aa  65.9  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.784305  normal  0.0160657 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2974  TetR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 225 aa  65.1  0.0000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.995598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2708  regulatory protein TetR  31.91 
 
 		 228 aa  65.1  0.0000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.333826 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2132  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 231 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.273159  normal  0.36697 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6348  transcriptional regulator, TetR family  44.87 
 
 		 400 aa  64.7  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00107036  hitchhiker  0.00103053 
 
 
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NC_009719  Plav_2896  TetR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 150 aa  64.3  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335686 
 
 
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NC_013093  Amir_2214  transcriptional regulator, TetR family  44.58 
 
 		 195 aa  63.2  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3070  TetR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519807  normal  0.499995 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0014  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 205 aa  62  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1643  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 205 aa  62  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.420046  normal  0.359135 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2847  TetR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 203 aa  61.6  0.000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2244  transcriptional regulator, TetR family  52.54 
 
 		 197 aa  61.6  0.000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00000061933  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2633  transcriptional regulator, TetR family  27.47 
 
 		 204 aa  61.6  0.000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.487613  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3222  transcriptional regulator, TetR family  32.2 
 
 		 204 aa  60.8  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.067896  hitchhiker  0.00000207795 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2935  transcriptional regulator, TetR family  31.32 
 
 		 208 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.309221  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4572  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 234 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224675 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1866  transcriptional regulator, TetR family  32.11 
 
 		 199 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.922935  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0262  transcriptional regulator, TetR family  32.79 
 
 		 199 aa  60.5  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.670528 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2169  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 205 aa  60.5  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0813077  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1405  transcriptional regulator, TetR family  31.1 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.408275 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1805  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 235 aa  59.3  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.604953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3824  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 234 aa  59.3  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4523  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.382743 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2448  TetR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0199857  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4758  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 236 aa  58.5  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6886  TetR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 239 aa  58.5  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  0.0518769 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2900  transcriptional regulator, TetR family  32.42 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4154  TetR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 234 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0726195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4764  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 181 aa  57.4  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4558  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 184 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4646  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 184 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.874384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5132  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.493019  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4941  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 184 aa  56.2  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.155489 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1336  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 200 aa  55.8  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010036 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1561  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 219 aa  55.5  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7086  transcriptional regulator TetR family  29.17 
 
 		 241 aa  55.5  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.546749  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4083  transcriptional regulator, TetR family  28.34 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1331  transcriptional regulator, TetR family  31.05 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1304  transcriptional regulator, TetR family  33.63 
 
 		 234 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4186  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 195 aa  54.3  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0895  TetR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 242 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009052  Sbal_4185  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 203 aa  54.3  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01162  transcription regulator, TetR family protein  26.09 
 
 		 201 aa  53.9  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009972  Haur_1425  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 208 aa  53.9  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5863  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 222 aa  53.5  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3517  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 236 aa  52.8  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0435497  n/a   
 
 
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NC_008228  Patl_1369  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 208 aa  52.8  0.000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013730  Slin_6443  transcriptional regulator, TetR family  24.47 
 
 		 202 aa  52.8  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011365  Gdia_1856  transcriptional regulator, TetR family  36.13 
 
 		 222 aa  52.4  0.000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.906441  normal  1 
 
 
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NC_009665  Shew185_0170  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 203 aa  52  0.000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009997  Sbal195_0174  TetR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 203 aa  52  0.000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.22854 
 
 
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NC_014210  Ndas_4250  transcriptional regulator, TetR family  33.83 
 
 		 194 aa  51.6  0.000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.229004  normal  0.19782 
 
 
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NC_013521  Sked_37010  transcriptional regulator  49.28 
 
 		 195 aa  51.6  0.000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.545642 
 
 
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