179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03880 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03880  putative transcription regulator protein  100 
 
 		 214 aa  415  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.778917  normal  0.557481 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3499  transcriptional regulator, TetR family  89.25 
 
 		 214 aa  342  2e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.553383  normal  0.3226 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4571  transcriptional regulator, TetR family  89.25 
 
 		 214 aa  342  2e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.281671  normal  0.592331 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4723  TetR family transcriptional regulator  76.12 
 
 		 230 aa  295  3e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.72626  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4058  TetR family transcriptional regulator  72.9 
 
 		 218 aa  282  3.0000000000000004e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.555533  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4615  TetR family transcriptional regulator  68.63 
 
 		 225 aa  250  9.000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4103  TetR family transcriptional regulator  67.79 
 
 		 216 aa  248  3e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4769  TetR family transcriptional regulator  66.21 
 
 		 219 aa  247  8e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2263  TetR family transcriptional regulator  63.16 
 
 		 222 aa  237  1e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.632681  normal  0.89343 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4409  transcriptional regulator, TetR family  65.85 
 
 		 220 aa  232  3e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.182996  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1611  regulatory protein TetR  62.68 
 
 		 222 aa  232  3e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4026  TetR family transcriptional regulator  65.07 
 
 		 234 aa  212  2.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.62673  normal  0.396268 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02070  transcriptional regulator, tetR family  50 
 
 		 218 aa  152  5e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3274  transcriptional regulator, TetR family  45.93 
 
 		 233 aa  148  5e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.570938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0090  transcriptional regulator, TetR family  46.57 
 
 		 216 aa  146  3e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00920  transcriptional regulator, tetR family  44.21 
 
 		 240 aa  137  8.999999999999999e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6821  transcriptional regulator, TetR family  43.87 
 
 		 230 aa  134  7.000000000000001e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0283  transcriptional regulator, TetR family  42.03 
 
 		 211 aa  129  3e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0292147 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3565  transcriptional regulator, TetR family  43.96 
 
 		 191 aa  122  3e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.534014  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  37.56 
 
 		 203 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1309  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 222 aa  93.2  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.488116  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2518  transcriptional regulator, TetR family  36.7 
 
 		 191 aa  87.4  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0208752  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3038  TetR family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 186 aa  86.3  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.815569  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4675  regulatory protein TetR  38.12 
 
 		 190 aa  80.5  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1032  transcriptional regulator, TetR family  34.92 
 
 		 207 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1596  hypothetical protein  32.96 
 
 		 205 aa  80.1  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0318645  normal  0.570188 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1098  regulatory protein TetR  36.55 
 
 		 206 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5718  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.283499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2233  transcriptional regulator, TetR family  32.66 
 
 		 196 aa  77.8  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.943574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5603  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 231 aa  77.4  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.011293  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2354  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 205 aa  75.5  0.0000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0147944  normal  0.332572 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2847  TetR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 203 aa  75.5  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1227  transcriptional regulator, TetR family  36.04 
 
 		 206 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.43068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2955  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 203 aa  74.3  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0017  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 208 aa  73.6  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2539  transcriptional regulator, TetR family  33.7 
 
 		 196 aa  73.9  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0252  transcriptional regulator  31.38 
 
 		 224 aa  72  0.000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3204  TetR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 211 aa  70.1  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.109794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1696  TetR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 202 aa  69.7  0.00000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.176236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0014  TetR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 205 aa  69.3  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1643  TetR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 205 aa  69.3  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.420046  normal  0.359135 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3579  TetR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 202 aa  68.9  0.00000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2244  transcriptional regulator, TetR family  58.21 
 
 		 197 aa  68.2  0.00000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00000061933  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1382  TetR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 205 aa  67.4  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2830  transcriptional regulator, TetR family  32.54 
 
 		 208 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.514088 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23170  transcriptional regulator, TetR family  33.51 
 
 		 206 aa  65.5  0.0000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.946487  normal  0.100375 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2214  transcriptional regulator, TetR family  30.96 
 
 		 195 aa  65.5  0.0000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2633  transcriptional regulator, TetR family  28.34 
 
 		 204 aa  65.1  0.0000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.487613  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5643  putative TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 232 aa  64.7  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.375487 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7473  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 217 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1805  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.604953  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0262  transcriptional regulator, TetR family  33.52 
 
 		 199 aa  63.9  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.670528 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2169  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 205 aa  63.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0813077  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4764  transcriptional regulator, TetR family  31.89 
 
 		 181 aa  63.2  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2708  regulatory protein TetR  32.45 
 
 		 228 aa  63.2  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.333826 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4154  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 234 aa  62  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0726195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5678  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 217 aa  62  0.000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6042  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 217 aa  62  0.000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0589764 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4758  TetR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 236 aa  61.6  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4572  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224675 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2132  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 231 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.273159  normal  0.36697 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2896  TetR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 150 aa  61.2  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335686 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4343  regulatory protein TetR  29.63 
 
 		 196 aa  60.8  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1304  transcriptional regulator, TetR family  30.9 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2111  TetR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 188 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.784305  normal  0.0160657 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6363  transcriptional regulator, TetR family  30.34 
 
 		 222 aa  60.8  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.318357 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6348  transcriptional regulator, TetR family  44.87 
 
 		 400 aa  59.7  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00107036  hitchhiker  0.00103053 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2935  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 208 aa  59.3  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.309221  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1369  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 208 aa  58.9  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5132  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 214 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.493019  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3517  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 236 aa  58.5  0.00000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0435497  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01162  transcription regulator, TetR family protein  28.09 
 
 		 201 aa  58.5  0.00000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2448  TetR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0199857  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2722  TetR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 237 aa  57  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1561  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 219 aa  57.4  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1314  TetR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.6037  normal  0.969851 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2900  transcriptional regulator, TetR family  34.27 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5135  TetR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 192 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3070  TetR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519807  normal  0.499995 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0895  TetR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 242 aa  56.2  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1336  TetR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 200 aa  55.8  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010036 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4523  TetR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 216 aa  55.8  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.382743 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0677  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 238 aa  55.5  0.0000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6011  transcriptional regulator, TetR family  23.49 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2974  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 225 aa  55.5  0.0000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.995598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4558  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 184 aa  55.1  0.0000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4646  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 184 aa  55.1  0.0000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.874384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4941  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 184 aa  55.1  0.0000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.155489 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1405  transcriptional regulator, TetR family  32.65 
 
 		 212 aa  54.3  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.408275 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6886  TetR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 239 aa  54.7  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  0.0518769 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1331  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 201 aa  54.3  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1866  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 199 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.922935  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0778  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 200 aa  53.9  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3824  TetR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 234 aa  54.3  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1422  transcriptional regulator, TetR family  31.84 
 
 		 223 aa  53.1  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2655  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 226 aa  52.4  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3222  transcriptional regulator, TetR family  28.9 
 
 		 204 aa  52.4  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.067896  hitchhiker  0.00000207795 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0172  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 203 aa  52  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.194351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1265  transcriptional regulator, TetR family  42.37 
 
 		 249 aa  52  0.000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0071426 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0580  TetR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 236 aa  51.6  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.431523 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>