More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0252 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0252  transcriptional regulator  100 
 
 		 224 aa  459  9.999999999999999e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1309  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 222 aa  173  1.9999999999999998e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.488116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  38.19 
 
 		 203 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1032  transcriptional regulator, TetR family  44.38 
 
 		 207 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4675  regulatory protein TetR  42.01 
 
 		 190 aa  106  2e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1098  regulatory protein TetR  42.86 
 
 		 206 aa  105  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2539  transcriptional regulator, TetR family  37.65 
 
 		 196 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2518  transcriptional regulator, TetR family  43.6 
 
 		 191 aa  102  5e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0208752  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2233  transcriptional regulator, TetR family  36.57 
 
 		 196 aa  98.2  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.943574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1227  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 		 206 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.43068  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0262  transcriptional regulator, TetR family  39.52 
 
 		 199 aa  94.4  1e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.670528 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3579  TetR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 202 aa  94.7  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5476  TetR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 240 aa  93.2  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2900  transcriptional regulator, TetR family  47.75 
 
 		 201 aa  90.9  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2847  TetR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 203 aa  88.6  8e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2214  transcriptional regulator, TetR family  36.31 
 
 		 195 aa  88.2  9e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2448  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 204 aa  87  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0199857  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6886  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 239 aa  86.3  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  0.0518769 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2722  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 237 aa  85.5  6e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3038  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 186 aa  84.7  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.815569  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1369  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 208 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0017  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 208 aa  84.3  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3070  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 211 aa  83.6  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519807  normal  0.499995 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1696  TetR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 202 aa  84  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.176236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4758  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 236 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3517  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 236 aa  81.3  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0435497  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1382  TetR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 205 aa  80.9  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1596  hypothetical protein  31.12 
 
 		 205 aa  80.9  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0318645  normal  0.570188 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2424  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 195 aa  79.7  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.351018  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2955  TetR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 203 aa  79.7  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5718  transcriptional regulator, TetR family  35.03 
 
 		 212 aa  79.7  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.283499  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2633  transcriptional regulator, TetR family  28.25 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.487613  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7473  TetR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 217 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5643  putative TetR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 232 aa  77  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.375487 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3565  transcriptional regulator, TetR family  32.39 
 
 		 191 aa  76.6  0.0000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.534014  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2896  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 150 aa  76.3  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335686 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4154  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 234 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0726195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1805  TetR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 235 aa  75.9  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.604953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01162  transcription regulator, TetR family protein  26.44 
 
 		 201 aa  75.9  0.0000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3824  TetR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 234 aa  75.5  0.0000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1304  transcriptional regulator, TetR family  29.51 
 
 		 234 aa  75.5  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3538  regulatory protein, TetR  28.95 
 
 		 200 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0647727 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3204  TetR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 211 aa  75.1  0.0000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.109794  normal  1 
 
 
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NC_007493  RSP_0014  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 205 aa  74.7  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009049  Rsph17029_1643  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 205 aa  74.7  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.420046  normal  0.359135 
 
 
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NC_007348  Reut_B4058  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 218 aa  74.3  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.555533  n/a   
 
 
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NC_010511  M446_4523  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 216 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.382743 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02070  transcriptional regulator, tetR family  33.88 
 
 		 218 aa  74.7  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4723  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 230 aa  73.6  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.72626  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2169  TetR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 205 aa  73.6  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0813077  normal  1 
 
 
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NC_008062  Bcen_5678  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 217 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6042  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 217 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0589764 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0895  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 242 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007802  Jann_2354  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 205 aa  73.2  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0147944  normal  0.332572 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4081  transcriptional regulator, TetR family  30.59 
 
 		 206 aa  73.2  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009380  Strop_0845  regulatory protein, TetR  33.33 
 
 		 188 aa  73.2  0.000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.864607  normal  0.151441 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1866  transcriptional regulator, TetR family  30.9 
 
 		 199 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.922935  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23170  transcriptional regulator, TetR family  39.05 
 
 		 206 aa  72.8  0.000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.946487  normal  0.100375 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2708  regulatory protein TetR  30.32 
 
 		 228 aa  71.6  0.000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.333826 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3499  transcriptional regulator, TetR family  32.09 
 
 		 214 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.553383  normal  0.3226 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0778  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 200 aa  70.9  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4571  transcriptional regulator, TetR family  32.09 
 
 		 214 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.281671  normal  0.592331 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5132  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 214 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.493019  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2244  transcriptional regulator, TetR family  37.1 
 
 		 197 aa  71.6  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00000061933  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4250  transcriptional regulator, TetR family  38.76 
 
 		 194 aa  71.6  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.229004  normal  0.19782 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2935  transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 		 208 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.309221  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0090  transcriptional regulator, TetR family  32.57 
 
 		 216 aa  70.5  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2830  transcriptional regulator, TetR family  30.36 
 
 		 208 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.514088 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4769  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 219 aa  69.7  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4026  TetR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 234 aa  69.3  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.62673  normal  0.396268 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5135  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 192 aa  69.7  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1336  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 200 aa  69.7  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010036 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4103  TetR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 216 aa  69.3  0.00000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6137  transcriptional regulator, TetR family  31.18 
 
 		 196 aa  68.2  0.00000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.780623 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4615  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 225 aa  68.2  0.00000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1066  transcriptional regulator, TetR family  65.31 
 
 		 214 aa  68.2  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.52451  normal  0.686522 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0481  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 225 aa  67.4  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.276366 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3274  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 		 233 aa  67  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.570938  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0283  transcriptional regulator, TetR family  27.23 
 
 		 211 aa  67  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0292147 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4764  transcriptional regulator, TetR family  33.13 
 
 		 181 aa  66.6  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5863  transcriptional regulator, TetR family  36.19 
 
 		 222 aa  65.9  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4558  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 184 aa  65.5  0.0000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4646  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 184 aa  65.5  0.0000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.874384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4941  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 184 aa  65.1  0.0000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.155489 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1618  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 193 aa  65.1  0.0000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1856  transcriptional regulator, TetR family  32.09 
 
 		 222 aa  65.1  0.0000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.906441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3010  transcriptional regulator, TetR family  31.29 
 
 		 196 aa  64.3  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.798857 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4572  TetR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 234 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224675 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0788  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 209 aa  63.5  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.285865  hitchhiker  0.00465255 
 
 
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NC_003296  RS03880  putative transcription regulator protein  31.38 
 
 		 214 aa  63.2  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.778917  normal  0.557481 
 
 
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NC_012791  Vapar_4409  transcriptional regulator, TetR family  28.33 
 
 		 220 aa  62.8  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.182996  n/a   
 
 
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NC_011981  Avi_7086  transcriptional regulator TetR family  34.43 
 
 		 241 aa  62.8  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.546749  n/a   
 
 
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NC_007794  Saro_0784  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 204 aa  62.4  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.42035  n/a   
 
 
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NC_009664  Krad_2707  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 240 aa  62  0.000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008782  Ajs_2263  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 222 aa  60.8  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.632681  normal  0.89343 
 
 
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NC_007952  Bxe_B0580  TetR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 236 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.431523 
 
 
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NC_007802  Jann_3105  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0790075  normal  0.372854 
 
 
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NC_013131  Caci_5083  regulatory protein TetR  31.61 
 
 		 184 aa  59.7  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.749425  normal  0.163121 
 
 
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NC_013169  Ksed_21120  transcriptional regulator  23.91 
 
 		 203 aa  59.3  0.00000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010511  M446_2111  TetR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 188 aa  58.9  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.784305  normal  0.0160657 
 
 
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