277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1929 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1929  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 206 aa  424  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0439  TetR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 199 aa  132  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3010  transcriptional regulator, TetR family  37.02 
 
 		 196 aa  125  4.0000000000000003e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.798857 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3318  transcriptional regulator, TetR family  41.71 
 
 		 209 aa  115  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.706239  normal  0.445875 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0641  TetR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 208 aa  108  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1331  transcriptional regulator, TetR family  33.52 
 
 		 201 aa  102  4e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4024  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 207 aa  85.1  7e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.563014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2190  TetR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3894  regulatory protein TetR  28.57 
 
 		 206 aa  76.3  0.0000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6011  transcriptional regulator, TetR family  29.27 
 
 		 203 aa  72.8  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0868  transcriptional regulator, TetR family  31.06 
 
 		 230 aa  72.8  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.200185 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  28.28 
 
 		 203 aa  72.4  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0810  transcriptional regulator  26.83 
 
 		 206 aa  72  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.490663  normal  0.19914 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1336  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 200 aa  70.9  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010036 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1369  TetR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 208 aa  70.1  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0764  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 203 aa  70.5  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0005262  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0655  TetR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 254 aa  69.7  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2955  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 203 aa  69.7  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6443  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 202 aa  69.7  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20070  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 205 aa  69.3  0.00000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05540  transcriptional regulator  30.51 
 
 		 197 aa  67.4  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2260  regulatory protein TetR  26.92 
 
 		 199 aa  64.7  0.0000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.535255  normal  0.350629 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3929  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.459326  normal  0.170288 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6428  transcriptional regulator, TetR family  31.11 
 
 		 217 aa  64.7  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4250  transcriptional regulator, TetR family  30.87 
 
 		 194 aa  64.3  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.229004  normal  0.19782 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1314  TetR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.6037  normal  0.969851 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1375  regulatory protein TetR  25.4 
 
 		 199 aa  63.2  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.852149 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1425  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 208 aa  63.9  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0420  TetR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0999  transcriptional regulator, TetR family  28.98 
 
 		 204 aa  62.8  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.372995  normal  0.0457994 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2633  transcriptional regulator, TetR family  30.82 
 
 		 204 aa  62.8  0.000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.487613  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4298  TetR family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 197 aa  62.4  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1062  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 215 aa  62  0.000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.453034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  24.87 
 
 		 207 aa  62  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5162  transcriptional regulator, TetR family  26.85 
 
 		 193 aa  62  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.134912  normal  0.642196 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2655  TetR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 226 aa  62  0.000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4429  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 192 aa  61.6  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.247191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2319  putative transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 236 aa  61.2  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3164  transcriptional regulator, TetR family  29.09 
 
 		 208 aa  61.2  0.000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.859639  normal  0.0513104 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1405  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 212 aa  61.2  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.408275 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5327  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 219 aa  61.2  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0197  putative transcriptional regulator, TetR family  34.51 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2575  transcriptional regulator, TetR family  28.73 
 
 		 183 aa  60.5  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2464  transcriptional regulator, TetR family  29.7 
 
 		 193 aa  60.1  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.943089 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5699  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.393579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4671  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.235627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2974  TetR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1958  putative transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 208 aa  59.3  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.158698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0670  transcriptional regulator, TetR family  28.39 
 
 		 227 aa  58.9  0.00000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.591564 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01162  transcription regulator, TetR family protein  23.6 
 
 		 201 aa  59.3  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4675  regulatory protein TetR  29.55 
 
 		 190 aa  59.3  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3060  TetR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 203 aa  58.9  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3984  transcriptional regulator, TetR family  25.88 
 
 		 200 aa  58.9  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.562971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5392  transcriptional regulator, TetR family protein  23.12 
 
 		 190 aa  58.5  0.00000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1653  TetR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 248 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3613  putative transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 221 aa  58.5  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 257 aa  58.2  0.00000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2424  TetR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 195 aa  57.8  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.351018  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1534  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 211 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.114781  normal  0.468022 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0782  transcriptional regulator, TetR family  27.33 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.876045  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0395  transcriptional regulator  26.71 
 
 		 175 aa  56.6  0.0000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2900  transcriptional regulator, TetR family  28.96 
 
 		 201 aa  57.4  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6363  transcriptional regulator, TetR family  26.46 
 
 		 222 aa  57  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.318357 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2448  TetR family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0199857  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23170  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.946487  normal  0.100375 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1473  transcriptional regulator, TetR family  28.08 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.245471  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2132  TetR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 231 aa  56.6  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.273159  normal  0.36697 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0424  TetR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 200 aa  55.8  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1499  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.508077  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0758  transcriptional regulator, TetR family  24.15 
 
 		 229 aa  54.7  0.0000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.685577  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5283  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 184 aa  54.3  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.729406  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1968  TetR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000902359 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4764  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 181 aa  53.9  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4148  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 212 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190862  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5623  putative transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 180 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.118423  normal  0.282365 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25800  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 212 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.2464 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3070  TetR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519807  normal  0.499995 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2204  putative transcriptional regulator  27.37 
 
 		 212 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0262  transcriptional regulator, TetR family  27.96 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.670528 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3414  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 226 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0624049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6345  transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 		 241 aa  53.5  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3792  TetR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.161831 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4343  regulatory protein TetR  29.25 
 
 		 196 aa  52.8  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1638  TetR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 206 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.181149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3038  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 186 aa  53.1  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.815569  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4941  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 184 aa  52.8  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.155489 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0380  transcriptional regulator, TetR family  24.5 
 
 		 216 aa  52.4  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.50033  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  33.72 
 
 		 251 aa  52.4  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0440  TetR/AcrR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 203 aa  52.4  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1561  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 219 aa  52.4  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4558  TetR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 184 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4646  TetR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 184 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.874384  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3822  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 219 aa  52  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.526815  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4203  TetR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 216 aa  52  0.000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0570722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4241  hypothetical protein  33.1 
 
 		 206 aa  52  0.000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.22168 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1657  regulatory protein, TetR  26.97 
 
 		 220 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.184352 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37020  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 276 aa  51.6  0.000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.016957 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2221  transcriptional regulator, TetR family  30.66 
 
 		 264 aa  51.6  0.000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.104647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3105  TetR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 220 aa  51.2  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0790075  normal  0.372854 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2172  transcriptional regulator, TetR family  26.45 
 
 		 199 aa  51.2  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>