More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1638 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1638  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 206 aa  424  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.181149  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1968  TetR family transcriptional regulator  98.54 
 
 		 211 aa  420  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000902359 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3792  TetR family transcriptional regulator  98.54 
 
 		 211 aa  420  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.161831 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1534  TetR family transcriptional regulator  97.57 
 
 		 211 aa  416  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.114781  normal  0.468022 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1499  TetR family transcriptional regulator  98.06 
 
 		 211 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.508077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4148  TetR family transcriptional regulator  97.09 
 
 		 212 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190862  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3822  transcriptional regulator, TetR family  96.12 
 
 		 219 aa  410  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.526815  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1657  regulatory protein, TetR  95.63 
 
 		 220 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.184352 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2204  putative transcriptional regulator  93.2 
 
 		 212 aa  394  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25800  TetR family transcriptional regulator  92.72 
 
 		 212 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.2464 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1913  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 226 aa  95.1  6e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000580043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0891  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 227 aa  86.3  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.735718  normal  0.888939 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1531  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 227 aa  85.5  5e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.357864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2512  TetR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 220 aa  73.9  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00290305  normal  0.550501 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1681  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 216 aa  71.2  0.000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.977422 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2172  transcriptional regulator, TetR family  27.75 
 
 		 199 aa  64.7  0.0000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 257 aa  64.3  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0999  transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 		 204 aa  62.4  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.372995  normal  0.0457994 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 193 aa  62  0.000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1609  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 239 aa  62  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1320  transcriptional regulator, TetR family  27.75 
 
 		 241 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767739  normal  0.281979 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  36.29 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3104  TetR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.428011 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0349  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 237 aa  59.3  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3529  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 220 aa  58.9  0.00000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.270662  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1242  TetR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000053734  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2716  TetR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.448471  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3717  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 191 aa  58.9  0.00000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0810  transcriptional regulator  27.75 
 
 		 206 aa  58.2  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.490663  normal  0.19914 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3091  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 224 aa  58.2  0.00000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3459  putative transcriptional regulator  28.77 
 
 		 193 aa  58.2  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.429515  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40790  putative transcriptional regulator  30.61 
 
 		 193 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2775  TetR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 228 aa  57.4  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0212844  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 324 aa  57.8  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 211 aa  57  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2497  transcriptional regulator, TetR family  29.79 
 
 		 221 aa  57  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000693939 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  47.69 
 
 		 183 aa  56.6  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3358  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 190 aa  57.4  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3239  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 241 aa  57  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1653  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 248 aa  57  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0354  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 214 aa  57.4  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.774788 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4065  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 193 aa  57.4  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1039  TetR family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.747573 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  34.68 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  45 
 
 		 213 aa  55.1  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3010  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 196 aa  55.1  0.0000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.798857 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0353  transcriptional regulator, TetR family  31.68 
 
 		 191 aa  55.1  0.0000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000439096  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6011  transcriptional regulator, TetR family  27.49 
 
 		 203 aa  55.1  0.0000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4572  TetR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224675 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3496  TetR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 223 aa  55.1  0.0000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.591625 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0938  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 235 aa  54.7  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2030  TetR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 238 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0233695  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2155  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 195 aa  54.3  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3333  TetR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 201 aa  54.3  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3259  transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 		 219 aa  54.3  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147915  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2973  transcriptional regulator, TetR family  38.24 
 
 		 198 aa  54.3  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1515  regulatory protein, TetR  35.06 
 
 		 208 aa  54.3  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1173  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 218 aa  54.3  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0936  transcriptional regulator, TetR family protein  27.55 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1062  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 215 aa  54.7  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.453034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1027  transcriptional regulator, TetR family  25.83 
 
 		 201 aa  53.9  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 211 aa  53.5  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1096  transcriptional regulator, TetR family  54 
 
 		 192 aa  53.1  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1313  transcriptional regulator TetR family  30.2 
 
 		 213 aa  53.5  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2974  TetR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 209 aa  53.9  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 211 aa  53.5  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3533  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 237 aa  53.1  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0909277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2527  TetR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 194 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.490074  normal  0.267005 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  47.27 
 
 		 211 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6443  transcriptional regulator, TetR family  27.84 
 
 		 202 aa  53.5  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4167  TetR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 247 aa  53.5  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.884497  normal  0.10012 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0537  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  47.83 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1941  transcriptional regulator, TetR family  29.29 
 
 		 189 aa  53.1  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.842083  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2286  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 188 aa  52.8  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000280215 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0580  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0809226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4025  TetR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 219 aa  53.1  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.272144  normal  0.300768 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0521  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0327711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0518  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  40 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35266  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4024  TetR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 207 aa  53.1  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.563014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1929  TetR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 206 aa  53.1  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1006  TetR family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 189 aa  52.8  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2089  transcriptional regulator, TetR family  30.33 
 
 		 220 aa  52.8  0.000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0021127  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1681  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 217 aa  52.8  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.371055  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5804  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 254 aa  52.8  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000100556  hitchhiker  0.000892453 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4170  TetR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 220 aa  52.8  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0130344  normal  0.052898 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0641  TetR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 208 aa  52.8  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2954  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 188 aa  52.8  0.000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.68265  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1965  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 206 aa  52.4  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0526053  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2434  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 188 aa  52.4  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  38.81 
 
 		 215 aa  52.4  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  38.81 
 
 		 215 aa  52.4  0.000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.81 
 
 		 215 aa  52.4  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  38.81 
 
 		 215 aa  52.4  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>