More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1499 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1499  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 211 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.508077  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1968  TetR family transcriptional regulator  99.05 
 
 		 211 aa  433  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000902359 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3792  TetR family transcriptional regulator  99.05 
 
 		 211 aa  433  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.161831 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1534  TetR family transcriptional regulator  98.58 
 
 		 211 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.114781  normal  0.468022 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1638  TetR family transcriptional regulator  98.06 
 
 		 206 aa  418  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.181149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4148  TetR family transcriptional regulator  96.15 
 
 		 212 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190862  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3822  transcriptional regulator, TetR family  94.66 
 
 		 219 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.526815  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1657  regulatory protein, TetR  92.52 
 
 		 220 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.184352 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25800  TetR family transcriptional regulator  91.75 
 
 		 212 aa  390  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.2464 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2204  putative transcriptional regulator  91.83 
 
 		 212 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1913  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 226 aa  93.2  3e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000580043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0891  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 227 aa  84  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.735718  normal  0.888939 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1531  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 227 aa  83.2  0.000000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.357864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2512  TetR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 220 aa  70.9  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00290305  normal  0.550501 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1681  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 216 aa  68.2  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.977422 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2172  transcriptional regulator, TetR family  29.48 
 
 		 199 aa  67.8  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 257 aa  65.9  0.0000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0810  transcriptional regulator  28.32 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.490663  normal  0.19914 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0999  transcriptional regulator, TetR family  27.12 
 
 		 204 aa  60.5  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.372995  normal  0.0457994 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 324 aa  60.1  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1609  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 239 aa  59.7  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 193 aa  59.3  0.00000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3459  putative transcriptional regulator  28.77 
 
 		 193 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.429515  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  34.96 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40790  putative transcriptional regulator  30.61 
 
 		 193 aa  58.9  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3717  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 191 aa  58.2  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4065  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 193 aa  57.4  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2716  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 212 aa  58.2  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.448471  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3104  TetR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.428011 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 211 aa  57  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3091  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1242  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000053734  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0349  transcriptional regulator, TetR family  38.67 
 
 		 237 aa  56.2  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1653  TetR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 248 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2155  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0354  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.774788 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3529  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 220 aa  56.2  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.270662  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1320  transcriptional regulator, TetR family  26.59 
 
 		 241 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767739  normal  0.281979 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3358  TetR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2497  transcriptional regulator, TetR family  29.25 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000693939 
 
 
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NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1039  TetR family transcriptional regulator  23.42 
 
 		 201 aa  55.8  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.747573 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1929  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 206 aa  55.8  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  45 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1062  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 215 aa  55.1  0.0000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.453034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6011  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 		 203 aa  55.1  0.0000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0353  transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 		 191 aa  54.7  0.0000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000439096  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2973  transcriptional regulator, TetR family  38.24 
 
 		 198 aa  54.3  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1515  regulatory protein, TetR  35.06 
 
 		 208 aa  54.7  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013730  Slin_6443  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 202 aa  54.3  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  46.15 
 
 		 183 aa  54.7  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3010  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 196 aa  54.3  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.798857 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00759  transcriptional regulator, TetR family protein  24.1 
 
 		 224 aa  54.3  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0936  transcriptional regulator, TetR family protein  27.55 
 
 		 206 aa  54.7  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3252  TetR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 200 aa  54.3  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1173  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 218 aa  54.3  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0421  transcriptional regulator, TetR family  27.71 
 
 		 198 aa  54.7  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1027  transcriptional regulator, TetR family  25.16 
 
 		 201 aa  53.5  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1538  TetR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 222 aa  53.5  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.891192  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0938  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 235 aa  53.9  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2434  TetR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 188 aa  53.9  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3239  TetR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 241 aa  53.9  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2089  transcriptional regulator, TetR family  30.33 
 
 		 220 aa  53.5  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0021127  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4481  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 216 aa  53.5  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.918639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3533  TetR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 237 aa  53.5  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0909277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  47.27 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4672  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 224 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.959951  normal  0.170381 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13232  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 228 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.414971 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1096  transcriptional regulator, TetR family  54 
 
 		 192 aa  53.1  0.000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1499  TetR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 203 aa  53.1  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0951967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  47.83 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5804  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 254 aa  53.1  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000100556  hitchhiker  0.000892453 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1681  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.371055  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 190 aa  53.1  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3333  TetR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 201 aa  52.8  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 209 aa  52.8  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2974  TetR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 209 aa  52.8  0.000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3684  TetR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 202 aa  52.8  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1405  transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.408275 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1795  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 224 aa  52.8  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141886 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5281  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 257 aa  52.4  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013510  Tcur_1204  transcriptional regulator, TetR family  30.84 
 
 		 206 aa  52.4  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.260768  n/a   
 
 
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NC_013730  Slin_2556  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 208 aa  52.4  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000489141  normal  0.182844 
 
 
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NC_008541  Arth_2775  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 228 aa  52.4  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0212844  n/a   
 
 
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NC_008726  Mvan_4572  TetR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 234 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224675 
 
 
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NC_008781  Pnap_3496  TetR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 223 aa  52.4  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.591625 
 
 
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NC_009632  SaurJH1_2746  regulatory protein TetR  32.99 
 
 		 186 aa  52.4  0.000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009669  Oant_4577  TetR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 247 aa  52  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010184  BcerKBAB4_2743  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 188 aa  52  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.673676  n/a   
 
 
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NC_009487  SaurJH9_2689  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 186 aa  52.4  0.000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013441  Gbro_3512  regulatory protein TetR  29.09 
 
 		 237 aa  52  0.000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  35.62 
 
 		 310 aa  52  0.000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011205  SeD_A0521  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  45.65 
 
 		 217 aa  51.6  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0327711  normal  1 
 
 
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NC_010681  Bphyt_3259  transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 		 219 aa  52  0.000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147915  normal  1 
 
 
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