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for query gene Dfer_0999 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0999  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 204 aa  426  1e-118  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.372995  normal  0.0457994 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3984  transcriptional regulator, TetR family  45.81 
 
 		 200 aa  190  1e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.562971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6011  transcriptional regulator, TetR family  40.11 
 
 		 203 aa  169  4e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6443  transcriptional regulator, TetR family  40.31 
 
 		 202 aa  151  8e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1653  TetR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 248 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1741  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 307 aa  104  9e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 		 207 aa  104  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2496  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 333 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4024  TetR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 207 aa  103  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.563014  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3060  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 203 aa  101  8e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1561  TetR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 219 aa  100  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0420  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 215 aa  98.6  6e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0764  TetR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 203 aa  97.8  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0005262  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1425  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 208 aa  94.4  9e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1062  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 215 aa  91.3  8e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.453034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0354  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 214 aa  91.3  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.774788 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2172  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 199 aa  89  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5083  regulatory protein TetR  30.9 
 
 		 184 aa  87.4  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.749425  normal  0.163121 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2190  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 223 aa  86.3  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0440  TetR/AcrR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 203 aa  82.8  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4572  TetR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 234 aa  83.2  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224675 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3010  transcriptional regulator, TetR family  30.64 
 
 		 196 aa  82.4  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.798857 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 		 203 aa  82  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1473  transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 		 207 aa  81.6  0.000000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.245471  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3198  TetR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 215 aa  81.3  0.000000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00193732  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1375  regulatory protein TetR  29.95 
 
 		 199 aa  80.5  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.852149 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5392  transcriptional regulator, TetR family protein  32.2 
 
 		 190 aa  80.5  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 257 aa  81.3  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20070  transcriptional regulator, TetR family  26.54 
 
 		 205 aa  80.1  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0510  TetR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 222 aa  77  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.673095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2974  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 209 aa  75.5  0.0000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2716  TetR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 212 aa  75.5  0.0000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.448471  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1331  transcriptional regulator, TetR family  30.54 
 
 		 201 aa  74.7  0.0000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3314  TetR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 214 aa  75.1  0.0000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1242  TetR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 212 aa  73.9  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000053734  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0782  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 295 aa  74.3  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.876045  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5132  transcriptional regulator, TetR family  24 
 
 		 214 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.493019  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3091  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 224 aa  72.8  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6363  transcriptional regulator, TetR family  25.15 
 
 		 222 aa  72  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.318357 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2495  transcriptional regulator, TetR family  36.56 
 
 		 287 aa  72  0.000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0937177  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5718  transcriptional regulator, TetR family  26.7 
 
 		 212 aa  71.6  0.000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.283499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3297  TetR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 98 aa  71.6  0.000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.368335  normal  0.535572 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4863  transcriptional regulator, TetR family  25.5 
 
 		 209 aa  71.6  0.000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3164  transcriptional regulator, TetR family  26.99 
 
 		 208 aa  71.6  0.000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.859639  normal  0.0513104 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0242  transcriptional regulator, TetR family  33.04 
 
 		 197 aa  71.2  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013441  Gbro_3894  regulatory protein TetR  26.32 
 
 		 206 aa  71.6  0.000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0302  putative transcriptional regulator, TetR family  32.22 
 
 		 195 aa  71.6  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.475945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1039  TetR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 213 aa  70.9  0.00000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0390412  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4343  regulatory protein TetR  27.38 
 
 		 196 aa  70.1  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4298  TetR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 197 aa  70.1  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1309  TetR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 222 aa  69.7  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.488116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0688  TetR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.987458 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2655  TetR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0868  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 230 aa  68.6  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.200185 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2132  TetR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 231 aa  68.2  0.00000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.273159  normal  0.36697 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4523  TetR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 216 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.382743 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0017  TetR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 235 aa  67.4  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.731504 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1958  putative transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 		 208 aa  67  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.158698  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1405  transcriptional regulator, TetR family  26.26 
 
 		 212 aa  66.6  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.408275 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4538  putative transcriptional regulator, TetR family  25.56 
 
 		 243 aa  67  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.530779  normal  0.432727 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1613  regulatory protein TetR  29.41 
 
 		 221 aa  66.6  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6428  transcriptional regulator, TetR family  22.29 
 
 		 217 aa  65.5  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5162  transcriptional regulator, TetR family  25.58 
 
 		 193 aa  65.1  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.134912  normal  0.642196 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2636  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 196 aa  64.7  0.0000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2681  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 196 aa  64.7  0.0000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2665  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 196 aa  64.7  0.0000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3822  transcriptional regulator, TetR family  28.25 
 
 		 219 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.526815  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3204  TetR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 211 aa  64.3  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.109794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4758  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 236 aa  63.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0930  transcriptional regulator, TetR family  27.23 
 
 		 194 aa  63.9  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0262  transcriptional regulator, TetR family  25.25 
 
 		 199 aa  64.3  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.670528 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0677  transcriptional regulator, TetR family  25.14 
 
 		 238 aa  64.7  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0758  transcriptional regulator, TetR family  26.03 
 
 		 229 aa  63.5  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.685577  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0670  transcriptional regulator, TetR family  31.33 
 
 		 227 aa  63.2  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.591564 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1657  regulatory protein, TetR  27.68 
 
 		 220 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.184352 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4148  TetR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1304  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 234 aa  62.8  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3517  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 236 aa  62.8  0.000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0435497  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2935  transcriptional regulator, TetR family  22.62 
 
 		 208 aa  62.4  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.309221  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2955  TetR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 203 aa  62.4  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1929  TetR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 206 aa  62.8  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2708  regulatory protein TetR  22.62 
 
 		 228 aa  62.8  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.333826 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1638  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 206 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.181149  normal  1 
 
 
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NC_013093  Amir_4105  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 232 aa  62.4  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2830  transcriptional regulator, TetR family  23.12 
 
 		 208 aa  61.6  0.000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.514088 
 
 
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NC_009921  Franean1_2330  TetR family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 225 aa  62  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.389066  normal  0.980038 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1534  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 211 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.114781  normal  0.468022 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6886  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 239 aa  61.6  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  0.0518769 
 
 
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NC_013131  Caci_6361  transcriptional regulator, TetR family  21.95 
 
 		 229 aa  61.2  0.000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.529564  normal  0.439154 
 
 
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NC_013093  Amir_5283  transcriptional regulator, TetR family  29.01 
 
 		 184 aa  61.2  0.000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.729406  n/a   
 
 
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NC_002947  PP_1968  TetR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 211 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000902359 
 
 
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NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 242 aa  61.2  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
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NC_007406  Nwi_2722  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 237 aa  61.2  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008228  Patl_4186  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 195 aa  60.8  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_25800  TetR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.2464 
 
 
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NC_009656  PSPA7_2204  putative transcriptional regulator  27.12 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
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NC_009512  Pput_3792  TetR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 211 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.161831 
 
 
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NC_011138  MADE_00523  transcriptional regulator, TetR family protein  25.26 
 
 		 200 aa  60.5  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012669  Bcav_2464  transcriptional regulator, TetR family  25.99 
 
 		 193 aa  60.5  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.943089 
 
 
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NC_009338  Mflv_2110  TetR family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 218 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.722857  normal  0.248102 
 
 
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