82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2780 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_2780  transcriptional regulator TetR family  100 
 
 
212 aa  422  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2493  transcriptional regulator, TetR family  71.77 
 
 
221 aa  300  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.464185 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2750  transcriptional regulator, TetR family  71.77 
 
 
216 aa  300  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.622504 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1963  TetR family transcriptional regulator  68.53 
 
 
215 aa  261  4.999999999999999e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.538053  normal  0.517781 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1495  TetR family transcriptional regulator  62.63 
 
 
219 aa  234  7e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.12027  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1381  TetR family transcriptional regulator  52.26 
 
 
213 aa  188  5.999999999999999e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.637245  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1338  TetR family transcriptional regulator  51.76 
 
 
213 aa  187  1e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00412049  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1812  TetR family transcriptional regulator  51.26 
 
 
213 aa  184  7e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.436202  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5326  TetR family transcriptional regulator  46.94 
 
 
218 aa  157  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.256565  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0360  transcriptional regulator, TetR family  46.12 
 
 
215 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0284  regulatory protein TetR  44.72 
 
 
215 aa  138  6e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0328  transcriptional regulator, TetR family  44.72 
 
 
215 aa  138  7e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.478904  normal  0.0897822 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0406  transcriptional regulator, TetR family  29.65 
 
 
206 aa  79  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0181245  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0097  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
207 aa  71.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1456  transcriptional regulator, TetR family  28.92 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0705  regulatory protein, TetR  29.17 
 
 
211 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  30.15 
 
 
218 aa  60.5  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 
210 aa  60.5  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 
207 aa  57  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  26.01 
 
 
212 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  27.94 
 
 
237 aa  55.5  0.0000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  24.35 
 
 
217 aa  54.3  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  24.21 
 
 
201 aa  53.5  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0509  TetR family transcriptional regulator  32.46 
 
 
191 aa  53.1  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 
208 aa  52.8  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  26.44 
 
 
212 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  24.23 
 
 
251 aa  51.2  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  27.71 
 
 
226 aa  50.4  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4359  transcriptional regulator, TetR family  34.31 
 
 
205 aa  50.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.23587 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
211 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 
213 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 
213 aa  48.9  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
208 aa  48.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  26.11 
 
 
223 aa  48.5  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  27.86 
 
 
214 aa  48.1  0.00009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  26.18 
 
 
213 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1641  transcriptional regulator, TetR family protein  22.66 
 
 
145 aa  47.8  0.0001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.216203  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  28.32 
 
 
211 aa  48.1  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  25.53 
 
 
228 aa  47  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0400  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
205 aa  47  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4942  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 
247 aa  47.4  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.134742  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 
209 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0093  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 
229 aa  46.6  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247373  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  25.84 
 
 
211 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  23.89 
 
 
289 aa  46.6  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1789  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
210 aa  45.4  0.0005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.484582  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
220 aa  45.1  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5223  TetR family transcriptional regulator  28.18 
 
 
197 aa  45.1  0.0007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.325156 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  23.12 
 
 
234 aa  45.1  0.0008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  28.37 
 
 
208 aa  45.1  0.0009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  26.16 
 
 
216 aa  45.1  0.0009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
198 aa  44.7  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1473  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 
207 aa  44.3  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.245471  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0136  transcriptional regulator, TetR family  41.51 
 
 
243 aa  44.7  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.30147  normal  0.0856805 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  29 
 
 
208 aa  45.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  24.5 
 
 
216 aa  44.3  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 
220 aa  44.7  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2292  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 
208 aa  43.5  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  25.44 
 
 
200 aa  43.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3140  transcriptional regulator, TetR family  38 
 
 
230 aa  43.1  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  25.44 
 
 
200 aa  43.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0120  transcription regulator protein  23.08 
 
 
209 aa  43.1  0.003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3704  TetR family transcriptional regulator  23.72 
 
 
202 aa  42.7  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  26.04 
 
 
209 aa  42.7  0.004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3063  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
192 aa  42.4  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.857011  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18820  transcriptional regulator  25 
 
 
225 aa  42.4  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.348199  normal  0.343375 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2548  TetR family transcriptional regulator  39.22 
 
 
236 aa  42.4  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000000944763  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3303  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
191 aa  42.4  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.916403  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05370  transcriptional regulator, TetR family  20 
 
 
205 aa  42.4  0.006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000643211  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0758  transcriptional regulator, TetR family  38 
 
 
229 aa  42  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.685577  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3134  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
220 aa  42.4  0.006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.471149  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  22.55 
 
 
200 aa  42  0.006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5159  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 
202 aa  42.4  0.006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3682  TetR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
540 aa  42  0.006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0191871  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1774  TetR family transcriptional regulator  22.84 
 
 
231 aa  42  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.277997  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 
222 aa  42  0.007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1053  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
255 aa  42  0.007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.65463  normal  0.0546108 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5356  transcriptional regulator, TetR family  29.29 
 
 
201 aa  42  0.007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04039  hypothetical protein  21.71 
 
 
215 aa  41.6  0.009  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000282396  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  27.93 
 
 
206 aa  41.6  0.009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  24.64 
 
 
220 aa  41.6  0.01  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3779  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 
194 aa  41.2  0.01  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>