More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4021 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  100 
 
 		 236 aa  486  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  96.61 
 
 		 236 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  75.42 
 
 		 236 aa  358  5e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4225  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.97 
 
 		 236 aa  277  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1191  S4 domain-containing protein  52.54 
 
 		 236 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1222  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.12 
 
 		 247 aa  270  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4018  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.54 
 
 		 252 aa  269  2e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119907 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  52.12 
 
 		 236 aa  268  4e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.27 
 
 		 236 aa  263  2e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  52.97 
 
 		 236 aa  256  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  51.27 
 
 		 236 aa  256  2e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  48.58 
 
 		 248 aa  241  9e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  47.97 
 
 		 262 aa  240  1e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  49 
 
 		 251 aa  235  4e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.86 
 
 		 266 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  42.91 
 
 		 266 aa  212  3.9999999999999995e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.03 
 
 		 267 aa  206  2e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  41 
 
 		 380 aa  185  7e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.43 
 
 		 247 aa  170  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  37.96 
 
 		 245 aa  170  2e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1889  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.53 
 
 		 264 aa  169  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  0.35019 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  38.37 
 
 		 245 aa  168  6e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  39.43 
 
 		 245 aa  166  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2950  RNA-binding S4 domain protein  39.92 
 
 		 232 aa  167  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138382 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0873  RNA-binding S4 domain protein  39.06 
 
 		 237 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  36.84 
 
 		 234 aa  161  7e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  39.02 
 
 		 243 aa  159  5e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.06 
 
 		 264 aa  157  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  37.35 
 
 		 557 aa  155  4e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  36.55 
 
 		 249 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.95 
 
 		 249 aa  154  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  37.6 
 
 		 421 aa  154  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  36.95 
 
 		 574 aa  153  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  36.95 
 
 		 559 aa  153  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  36.95 
 
 		 559 aa  153  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  36.95 
 
 		 571 aa  153  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  36.95 
 
 		 585 aa  153  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  36.95 
 
 		 563 aa  153  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.37 
 
 		 416 aa  152  4e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  36.61 
 
 		 631 aa  152  5e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  38.74 
 
 		 669 aa  151  7e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  38.74 
 
 		 669 aa  151  7e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.75 
 
 		 646 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  36.55 
 
 		 250 aa  150  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  37.75 
 
 		 690 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.74 
 
 		 650 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  38.34 
 
 		 623 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.75 
 
 		 624 aa  149  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  35.97 
 
 		 610 aa  149  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  35.02 
 
 		 273 aa  147  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  36.25 
 
 		 379 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  36.36 
 
 		 694 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  35.48 
 
 		 248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.48 
 
 		 360 aa  145  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  36.55 
 
 		 649 aa  142  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  35.04 
 
 		 627 aa  142  6e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  35.04 
 
 		 674 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  33.06 
 
 		 591 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.86 
 
 		 305 aa  133  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  34 
 
 		 266 aa  132  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  33.6 
 
 		 278 aa  130  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  32.21 
 
 		 304 aa  129  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  32.5 
 
 		 252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  30.96 
 
 		 255 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  24.35 
 
 		 227 aa  94.7  1e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30 
 
 		 247 aa  94  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  29.17 
 
 		 258 aa  89  6e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  28.51 
 
 		 298 aa  87  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  26.56 
 
 		 340 aa  85.9  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  27.8 
 
 		 384 aa  85.9  5e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  28.81 
 
 		 298 aa  85.5  7e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  26.5 
 
 		 385 aa  84.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  28.39 
 
 		 235 aa  84  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00765  putative ribosomal large subunit pseudouridine synthase  26.5 
 
 		 259 aa  84.3  0.000000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.385176  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  27.57 
 
 		 249 aa  84  0.000000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  25.7 
 
 		 274 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  27.92 
 
 		 251 aa  82  0.000000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  28.33 
 
 		 241 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  26.64 
 
 		 253 aa  79.7  0.00000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1384  RNA-binding S4 domain-containing protein  22.45 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176082  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  27.71 
 
 		 239 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  25.21 
 
 		 233 aa  78.2  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  28.74 
 
 		 251 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  27.43 
 
 		 309 aa  75.5  0.0000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  28.57 
 
 		 236 aa  75.1  0.0000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  26.34 
 
 		 266 aa  75.1  0.0000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  29.11 
 
 		 234 aa  74.7  0.000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000212834  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  26.16 
 
 		 274 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  27.8 
 
 		 271 aa  74.7  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  25.93 
 
 		 266 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  29.76 
 
 		 268 aa  73.9  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  25.1 
 
 		 562 aa  73.6  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3042  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  24.36 
 
 		 233 aa  73.9  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.412823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  27.8 
 
 		 237 aa  74.3  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  23.97 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0430  hypothetical protein  24.89 
 
 		 252 aa  73.2  0.000000000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.877766 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  28.1 
 
 		 355 aa  72.4  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  26.21 
 
 		 250 aa  72  0.000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  25.83 
 
 		 249 aa  71.6  0.000000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  23.36 
 
 		 251 aa  71.6  0.00000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>