More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_2459 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 		 250 aa  508  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  93.2 
 
 		 649 aa  485  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  81.2 
 
 		 571 aa  421  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  81.2 
 
 		 585 aa  421  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  81.6 
 
 		 557 aa  421  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  81.2 
 
 		 559 aa  421  1e-117  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  81.2 
 
 		 559 aa  421  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  81.2 
 
 		 574 aa  421  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  81.2 
 
 		 563 aa  421  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  83.13 
 
 		 624 aa  420  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  81.53 
 
 		 249 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  79.2 
 
 		 690 aa  411  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  79.2 
 
 		 646 aa  411  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  78.4 
 
 		 623 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  78.4 
 
 		 669 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  78.8 
 
 		 650 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  78.4 
 
 		 669 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  78.31 
 
 		 249 aa  385  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  65.6 
 
 		 421 aa  333  2e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.05 
 
 		 360 aa  329  2e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.52 
 
 		 264 aa  329  2e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  65.23 
 
 		 694 aa  328  4e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  62.92 
 
 		 273 aa  326  2.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  65.35 
 
 		 674 aa  326  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  65.35 
 
 		 627 aa  326  3e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  64.96 
 
 		 610 aa  325  4.0000000000000003e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  62.25 
 
 		 248 aa  323  1e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  62.65 
 
 		 591 aa  322  3e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  64.96 
 
 		 631 aa  320  9.999999999999999e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  65.86 
 
 		 266 aa  319  1.9999999999999998e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  62.31 
 
 		 304 aa  318  5e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.05 
 
 		 305 aa  317  1e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  63.2 
 
 		 380 aa  313  9.999999999999999e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  63.86 
 
 		 278 aa  309  2.9999999999999997e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.5 
 
 		 416 aa  303  2.0000000000000002e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  60.64 
 
 		 243 aa  298  4e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  62 
 
 		 245 aa  296  2e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  60.91 
 
 		 234 aa  290  2e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  59.2 
 
 		 245 aa  287  1e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  59.6 
 
 		 245 aa  286  2e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  59.2 
 
 		 379 aa  268  5e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  45.93 
 
 		 255 aa  199  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  47.81 
 
 		 252 aa  190  2e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.77 
 
 		 267 aa  171  9e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  36.98 
 
 		 266 aa  166  4e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  39.36 
 
 		 236 aa  164  8e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.6 
 
 		 266 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  38.55 
 
 		 236 aa  155  8e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  41.41 
 
 		 249 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  36.14 
 
 		 236 aa  151  8e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  35.55 
 
 		 262 aa  151  8e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  36.55 
 
 		 236 aa  150  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  32.79 
 
 		 227 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  35.77 
 
 		 384 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.65 
 
 		 247 aa  146  3e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  37.25 
 
 		 248 aa  145  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  35.37 
 
 		 385 aa  145  5e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.29 
 
 		 236 aa  145  6e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  35.22 
 
 		 298 aa  143  2e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  35.22 
 
 		 298 aa  142  4e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1191  S4 domain-containing protein  36.14 
 
 		 236 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  34.15 
 
 		 340 aa  139  3.9999999999999997e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  35.46 
 
 		 318 aa  139  4.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  36.14 
 
 		 236 aa  137  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4225  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.34 
 
 		 236 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1222  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.74 
 
 		 247 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  34.26 
 
 		 266 aa  137  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  35.86 
 
 		 239 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  35.46 
 
 		 266 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  37.75 
 
 		 236 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  39.04 
 
 		 251 aa  135  4e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.8 
 
 		 247 aa  136  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  34.26 
 
 		 317 aa  133  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  33.06 
 
 		 314 aa  132  5e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4018  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.73 
 
 		 252 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119907 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  36.76 
 
 		 274 aa  132  6e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  34.14 
 
 		 389 aa  131  7.999999999999999e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0873  RNA-binding S4 domain protein  33.86 
 
 		 237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  33.6 
 
 		 248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.77 
 
 		 251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  36.61 
 
 		 271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  33.73 
 
 		 236 aa  129  3e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  31.5 
 
 		 242 aa  129  6e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  33.2 
 
 		 248 aa  126  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  31.1 
 
 		 242 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.05 
 
 		 236 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.1 
 
 		 242 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.1 
 
 		 242 aa  125  5e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  31.1 
 
 		 242 aa  125  5e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.1 
 
 		 242 aa  125  5e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3971  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.25 
 
 		 286 aa  125  6e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.1 
 
 		 242 aa  125  6e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.94 
 
 		 239 aa  125  6e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2192  RNA-binding S4 domain-containing protein  31.85 
 
 		 235 aa  125  6e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731966  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  31.33 
 
 		 235 aa  124  1e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.1 
 
 		 242 aa  124  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  31.1 
 
 		 242 aa  124  1e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.1 
 
 		 242 aa  124  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  31.5 
 
 		 242 aa  124  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  32.79 
 
 		 230 aa  123  2e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>