More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_6055 on replicon NC_008062
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_2042  RNA-binding S4 domain-containing protein  87.86 
 
 		 650 aa  906    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5332  pseudouridine synthase, Rsu  83.48 
 
 		 623 aa  914    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1924  RNA-binding S4 domain-containing protein  76.85 
 
 		 646 aa  916    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257028 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6055  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 669 aa  1296    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597355  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2055  pseudouridine synthase, Rsu  77.29 
 
 		 690 aa  915    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2022  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 669 aa  1296    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2586  pseudouridine synthase family protein  62.07 
 
 		 585 aa  503  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2497  RNA pseudouridine synthase family protein  62.37 
 
 		 571 aa  504  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142989  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2440  RNA pseudouridine synthase family protein  61.75 
 
 		 574 aa  500  1e-140  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2024  pseudouridine synthase family protein  71.79 
 
 		 557 aa  499  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3251  RNA pseudouridine synthase family protein  59.8 
 
 		 563 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.9005  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1332  RNA pseudouridine synthase family protein  59.8 
 
 		 559 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.126858  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2060  RNA pseudouridine synthase family protein  59.8 
 
 		 559 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.239559  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1678  pseudouridine synthase, Rsu  49.72 
 
 		 649 aa  478  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151173  normal  0.0771799 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1558  pseudouridine synthase family protein  89.16 
 
 		 249 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1254  RNA-binding S4 domain-containing protein  91.57 
 
 		 249 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0063069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1341  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.96 
 
 		 624 aa  436  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1275  RNA-binding S4 domain protein  48.76 
 
 		 674 aa  425  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.206781 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1884  pseudouridine synthase, Rsu  45.06 
 
 		 694 aa  422  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433738  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1401  hypothetical protein  47.43 
 
 		 631 aa  419  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1339  RNA-binding S4 domain protein  48.52 
 
 		 627 aa  413  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.476364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2459  RNA-binding S4 domain protein  78.4 
 
 		 250 aa  404  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0124526  hitchhiker  0.000345164 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1432  pseudouridine synthase, Rsu  48.31 
 
 		 610 aa  376  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000648222 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1168  pseudouridine synthase  52.14 
 
 		 591 aa  348  2e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2033  putative arginine/proline rich protein  67.2 
 
 		 421 aa  343  5.999999999999999e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0619869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0474  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.75 
 
 		 360 aa  328  2.0000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2529  pseudouridine synthase, Rsu  65.2 
 
 		 380 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1913  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.55 
 
 		 416 aa  319  1e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162231 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0606  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  65.46 
 
 		 266 aa  317  3e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000119564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0465  RNA-binding S4 domain protein  63.45 
 
 		 248 aa  317  5e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.117084  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0485  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.45 
 
 		 305 aa  316  9e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4291  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.7 
 
 		 264 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4985  RNA-binding S4 domain protein  60.3 
 
 		 273 aa  313  4.999999999999999e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33907  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3544  RNA-binding S4  58.89 
 
 		 304 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.824299  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3595  pseudouridine synthase  62.25 
 
 		 278 aa  300  5e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  61.2 
 
 		 245 aa  284  4.0000000000000003e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0263  pseudouridine synthase, Rsu  58.63 
 
 		 243 aa  280  5e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539496  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3468  pseudouridine synthase, Rsu  59.6 
 
 		 379 aa  277  5e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.242566  normal  0.43397 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1753  RNA-binding S4 domain protein  58.2 
 
 		 245 aa  273  1e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.577127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2035  pseudouridine synthase  58.2 
 
 		 245 aa  270  8.999999999999999e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1106  pseudouridine synthase  59.67 
 
 		 234 aa  268  2e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0733925  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1692  pseudouridine synthase  47.15 
 
 		 255 aa  204  3e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10768  predicted protein  47.22 
 
 		 252 aa  187  6e-46  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0792  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.15 
 
 		 267 aa  161  4e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.543217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4261  hypothetical protein  42.17 
 
 		 236 aa  160  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.28575  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50030  hypothetical protein  39.76 
 
 		 236 aa  156  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.596266  normal  0.0284198 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  35.48 
 
 		 227 aa  152  2e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4021  S4 domain protein  38.74 
 
 		 236 aa  150  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1128  RNA-binding S4  40.08 
 
 		 248 aa  149  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1390  RNA-binding S4  38.34 
 
 		 236 aa  148  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.553705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3457  RNA-binding S4  36.72 
 
 		 262 aa  148  4.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  35.89 
 
 		 385 aa  142  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  36.29 
 
 		 384 aa  140  6e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  30.66 
 
 		 784 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3002  RNA-binding S4 domain protein  35.09 
 
 		 266 aa  139  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  32.31 
 
 		 736 aa  139  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16880  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  39.6 
 
 		 236 aa  139  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3692  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.72 
 
 		 266 aa  137  6.0000000000000005e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_6806  predicted protein  38.43 
 
 		 249 aa  137  7.000000000000001e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  35.22 
 
 		 298 aa  136  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  35.22 
 
 		 298 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  34.39 
 
 		 624 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  29.74 
 
 		 472 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1189  RNA-binding S4  39.13 
 
 		 236 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  34.92 
 
 		 556 aa  132  3e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  34.68 
 
 		 340 aa  131  4.0000000000000003e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  33.87 
 
 		 355 aa  130  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  34.4 
 
 		 389 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1707  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.68 
 
 		 236 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.067954 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  33.73 
 
 		 567 aa  126  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  33.07 
 
 		 477 aa  126  1e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  31.34 
 
 		 690 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  29.33 
 
 		 795 aa  124  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3362  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.35 
 
 		 251 aa  124  7e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  28.09 
 
 		 516 aa  123  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  34.14 
 
 		 314 aa  122  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  31.05 
 
 		 348 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.71 
 
 		 258 aa  122  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1451  RNA-binding S4 domain-containing protein  34 
 
 		 247 aa  121  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  29.13 
 
 		 555 aa  121  3.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  33.6 
 
 		 248 aa  120  7.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1889  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.38 
 
 		 264 aa  120  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  0.35019 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 271 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  35.43 
 
 		 239 aa  120  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  37.3 
 
 		 274 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  33.07 
 
 		 317 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  29.53 
 
 		 638 aa  119  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.71 
 
 		 247 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  33.86 
 
 		 266 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  30.68 
 
 		 562 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  33.07 
 
 		 266 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  32.81 
 
 		 235 aa  118  3e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4604  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.25 
 
 		 289 aa  118  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  35.46 
 
 		 290 aa  117  5e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  35.46 
 
 		 290 aa  117  5e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  35.46 
 
 		 290 aa  117  5e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4405  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.4 
 
 		 289 aa  117  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.15276 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  32.41 
 
 		 230 aa  117  6e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4530  23S rRNA pseudouridine synthase F  36.4 
 
 		 289 aa  117  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.115437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  33.21 
 
 		 318 aa  117  6e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>